转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 39 / 152 下载 TSV

上一页 39 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005747 Chr01 NC_080387.1:73555174-73555192promoter 内 1813-1831 bp + 2170 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 73557362-73558285(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTCGCCAACCACCAAATA
SmilChr03G000461 Chr03 NC_080389.1:4922017-4922035promoter 内 1790-1808 bp - 2193 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 4911930-4919824(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTCGCCAACCACCAAATA
SmilChr01G002878 Chr01 NC_080387.1:47378892-47378910promoter 内 1787-1805 bp - 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47381106-47389482(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTCGAAGTGGTTGATGTTG
SmilChr01G006053 Chr01 NC_080387.1:76021418-76021436promoter 内 1756-1774 bp - 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 76018001-76019191(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACAAGCCAACCACCACCCT
SmilChr01G001055 Chr01 NC_080387.1:21893478-21893496promoter 内 1655-1673 bp + 2328 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 21887929-21891150(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCCAGGTGGTTGGAAAGC
SmilChr05G001543 Chr05 NC_080391.1:14127548-14127566promoter 内 1525-1543 bp + 2458 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 14130024-14133923(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTACCCCAACCACTACGAA
SmilChr04G000512 Chr04 NC_080390.1:5621710-5621728promoter 内 1493-1511 bp - 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5615271-5619220(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTTTCCAACCACCTGGGA
SmilChr02G003415 Chr02 NC_080388.1:55394783-55394801promoter 内 1464-1482 bp - 2519 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55397320-55400201(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGCAGGTGGTTGAACTGA
SmilChr02G004141 Chr02 NC_080388.1:63735271-63735289promoter 内 1381-1399 bp - 2602 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 63731730-63732669(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACACCCAACTACCTTTTA
SmilChr03G000805 Chr03 NC_080389.1:9218679-9218697promoter 内 1318-1336 bp + 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 9213395-9216014(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAATTGTGGTTGGAGTTG
SmilChr01G001386 Chr01 NC_080387.1:27259014-27259032promoter 内 1271-1289 bp - 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 27261744-27264782(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAATAGGTGGTTGTGGTGG
SmilChr01G000093 Chr01 NC_080387.1:1667209-1667227promoter 内 1270-1288 bp + 2713 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 1661439-1664496(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTTGGTGGTTGGCGACG
SmilChr04G002733 Chr04 NC_080390.1:42999403-42999421promoter 内 1229-1247 bp + 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 43002175-43002248(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACACCCAACCACTTTATT
SmilChr01G001265 Chr01 NC_080387.1:25348521-25348539promoter 内 1168-1186 bp - 2815 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25343733-25345706(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCTTCCAACAACCTCATT
SmilChr02G003627 Chr02 NC_080388.1:57607254-57607272promoter 内 1093-1111 bp + 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57610162-57614313(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACACCCAACCACTTTATT
SmilChr05G000395 Chr05 NC_080391.1:2974805-2974823promoter 内 1035-1053 bp - 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 2970134-2971857(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GACCGCCAACCACCATTAA
SmilChr03G001716 Chr03 NC_080389.1:23011601-23011619promoter 内 1020-1038 bp + 2963 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23006394-23008638(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAACAGGTGGTTGATGATG
SmilChr04G002210 Chr04 NC_080390.1:35765948-35765966promoter 内 992-1010 bp - 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 35768957-35769506(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGAGGGTGGTTGTAATGG
SmilChr03G002804 Chr03 NC_080389.1:44512844-44512862promoter 内 953-971 bp - 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 44515892-44518232(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACATTAGTGGTTGGGACCT
SmilChr01G002721 Chr01 NC_080387.1:45486934-45486952promoter 内 912-930 bp - 3071 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 45490023-45490384(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATATGGTGGTTGAAATTG
SmilChr02G002790 Chr02 NC_080388.1:47953957-47953975promoter 内 792-810 bp - 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47957166-47958823(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGAGGTGGTGGGGATAG
SmilChr01G006171 Chr01 NC_080387.1:77206474-77206492promoter 内 618-636 bp + 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 77209857-77211371(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AACTTTCAACCACCGCAAC
SmilChr01G002818 Chr01 NC_080387.1:46747876-46747894promoter 内 600-618 bp - 3383 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 46751277-46755300(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGAGAGTGGTTGGATGCG
SmilChr01G001056 Chr01 NC_080387.1:21893478-21893496promoter 内 534-552 bp + 3449 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 21896945-21899951(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTTTCCAACCACCTGGGA
SmilChr03G001910 Chr03 NC_080389.1:26732090-26732108promoter 内 527-545 bp - 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26735564-26736589(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAATGGTGGTTGGGCCCT
SmilChr03G000216 Chr03 NC_080389.1:2510325-2510343promoter 内 493-511 bp + 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 2513833-2516724(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGTCGCCAACCACCAAATA
SmilChr01G000745 Chr01 NC_080387.1:16468698-16468716promoter 内 345-363 bp - 3638 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 16472354-16473132(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCAAGAGTGGTTGGAGAAA
SmilChr04G000641 Chr04 NC_080390.1:7276456-7276474promoter 内 193-211 bp - 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 7280264-7283951(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTATTGGTGGTTGGCCTGG
SmilChr02G002036 Chr02 NC_080388.1:36638112-36638130promoter 内 180-198 bp + 3803 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 36632453-36634309(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTTGGTGGTTGGCGACG
SmilChr01G003088 Chr01 NC_080387.1:49700495-49700513promoter 内 143-161 bp + 3840 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 49704353-49705442(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACCATCAACCACCACAAT
SmilChr02G001143 Chr02 NC_080388.1:20728652-20728670promoter 内 27-45 bp - 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 20718475-20724696(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTACCCTAACCACCACCCC
SmilChr03G000763 Chr03 NC_080389.1:8724253-8724271promoter 内 3345-3363 bp + 638 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 5 8722362-8723615(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTTAGTGGTTGTGGCCG
SmilChr03G000762 Chr03 NC_080389.1:8716633-8716651promoter 内 3403-3421 bp + 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 8714701-8716053(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGTTAGTGGTTGTGGCCG
SmilChr01G005263 Chr01 NC_080387.1:70096625-70096643promoter 内 2523-2541 bp - 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 70098103-70106949(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTGTGGTAGGTGGAAAAG
SmilChr01G000791 Chr01 NC_080387.1:17212152-17212170promoter 内 2468-2486 bp + 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 17205651-17210637(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGCTAGTGGTTGAGGCCG
SmilChr01G004832 Chr01 NC_080387.1:66454183-66454201promoter 内 2281-2299 bp - 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 66455903-66457952(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCCAGAGTGGTTGGGGATT
SmilChr03G004743 Chr03 NC_080389.1:64555026-64555044promoter 内 943-961 bp + 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 64548949-64551986(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACCTGGGTGGTTGGGATTA
SmilChr05G001418 Chr05 NC_080391.1:12819809-12819827promoter 内 238-256 bp - 3745 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 3 12811545-12816064(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCGCCACAACCACTTAGAC
SmilChr02G000265 Chr02 NC_080388.1:3426535-3426553promoter 内 3767-3785 bp + 216 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 3426769-3427796(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGCACCAACCACTTCAAG
SmilChr05G001328 Chr05 NC_080391.1:11556669-11556687promoter 内 3712-3730 bp - 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 11556958-11564678(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGAAATTGGTTGGGAGCT
SmilChr01G001987 Chr01 NC_080387.1:35299632-35299650promoter 内 3685-3703 bp + 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 35294455-35299334(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGAAAGTGGTTGAAATTA
SmilChr04G003098 Chr04 NC_080390.1:47578165-47578183promoter 内 3592-3610 bp + 391 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 47578574-47579306(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACCGACAACCACCGTCGC
SmilChr04G003681 Chr04 NC_080390.1:53256213-53256231promoter 内 3503-3521 bp + 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 53253577-53255733(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCAAGGGTGGTTGGAATCT
SmilChr05G002555 Chr05 NC_080391.1:28685613-28685631promoter 内 3393-3411 bp - 590 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 28686221-28690636(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTGTGGTGGTTGTGGAGT
SmilChr01G001065 Chr01 NC_080387.1:22008216-22008234promoter 内 3313-3331 bp + 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 22002683-22007546(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAGCGGTGGTTGGGTTGT
SmilChr05G002658 Chr05 NC_080391.1:30072313-30072331promoter 内 3283-3301 bp + 700 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 30073031-30074411(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAGATTCACCCACCTTCCC
SmilChr02G003610 Chr02 NC_080388.1:57357267-57357285promoter 内 3089-3107 bp - 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 57353334-57356373(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAGTACCAACCACAACCTC
SmilChr01G001960 Chr01 NC_080387.1:34860576-34860594promoter 内 2864-2882 bp + 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 34853780-34859457(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTGTGGTAGGTGGAAAAG
SmilChr01G002156 Chr01 NC_080387.1:37564142-37564160promoter 内 2814-2832 bp - 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 37565329-37567601(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATAAAGTGGTTGAATGTG
SmilChr03G004647 Chr03 NC_080389.1:64024415-64024433promoter 内 2701-2719 bp - 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 2 64020398-64023133(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGCCCACAACCACCCCCGG