转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004708; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00017834-RA_Salv SmilChr01G004708 WRKY XP_057787833.1 MP00251 AACGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9713 个结合位点 6140 个候选靶基因 第 39 / 123 下载 TSV

上一页 39 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000780 Chr02 NC_080388.1:12793742-12793756promoter 内 1944-1958 bp + 2043 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 12795799-12802086(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTTTTTGACTTTTTG
SmilChr02G001125 Chr02 NC_080388.1:20400459-20400473promoter 内 1914-1928 bp - 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 20402546-20405128(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTCAAAGTCAAGCAC
SmilChr02G003755 Chr02 NC_080388.1:59207803-59207817promoter 内 1699-1713 bp + 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 59205409-59205515(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTAAAAGTCAATGTT
SmilChr02G000296 Chr02 NC_080388.1:3753162-3753176promoter 内 1693-1707 bp - 2294 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 3750134-3750868(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTGCT
SmilChr02G001772 Chr02 NC_080388.1:32470156-32470170promoter 内 1674-1688 bp + 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 32472483-32473434(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TTAGTTGACTTGTTC
SmilChr01G000859 Chr01 NC_080387.1:18505476-18505490promoter 内 1578-1592 bp - 2409 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 18507899-18512555(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGCTAAGTCAAAGAC
SmilChr01G004483 Chr01 NC_080387.1:62960410-62960424promoter 内 1421-1435 bp - 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 62962990-62965431(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACAAAGTCAAGCTT
SmilChr02G002539 Chr02 NC_080388.1:44208301-44208315promoter 内 1413-1427 bp - 2574 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 44197445-44205727(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAGCTTGACTTTGTT
SmilChr02G004139 Chr02 NC_080388.1:63671920-63671934promoter 内 1390-1404 bp - 2597 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 63668533-63669323(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAGCTTGACTTTGTT
SmilChr01G004255 Chr01 NC_080387.1:60828515-60828529promoter 内 1285-1299 bp + 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 60831231-60832355(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GATGTTGACTATTAT
SmilChr02G004053 Chr02 NC_080388.1:62864416-62864430promoter 内 1248-1262 bp - 2739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 62849768-62861677(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CCCCTTGACTTCCTC
SmilChr02G004364 Chr02 NC_080388.1:65931817-65931831promoter 内 1236-1250 bp - 2751 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 65934582-65938264(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACAAAGTCAAGCTT
SmilChr01G001432 Chr01 NC_080387.1:27968837-27968851promoter 内 1215-1229 bp - 2772 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 27971623-27972426(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACAAAGTCAAGCTT
SmilChr01G000020 Chr01 NC_080387.1:387706-387720promoter 内 1165-1179 bp + 2822 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 382559-384884(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAAAAAGTCAAGCAA
SmilChr02G004151 Chr02 NC_080388.1:63829847-63829861promoter 内 955-969 bp - 3032 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 63824145-63826815(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAGCTTGACTTTGTT
SmilChr01G000860 Chr01 NC_080387.1:18505476-18505490promoter 内 845-859 bp - 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 18508632-18509078(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGCTAAGTCAAAGAC
SmilChr02G002353 Chr02 NC_080388.1:41320109-41320123promoter 内 838-852 bp - 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 41314921-41316960(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCTGTTGACTACTTC
SmilChr02G001127 Chr02 NC_080388.1:20400459-20400473promoter 内 822-836 bp - 3165 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 20403638-20404276(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTCAAAGTCAAGCAC
SmilChr01G000507 Chr01 NC_080387.1:10232968-10232982promoter 内 808-822 bp + 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 10236161-10239270(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGCTTTGACTTCTCT
SmilChr01G001256 Chr01 NC_080387.1:25206001-25206015promoter 内 648-662 bp - 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 25198578-25202662(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTGTCC
SmilChr02G003248 Chr02 NC_080388.1:53748240-53748254promoter 内 512-526 bp + 3475 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 53743126-53744765(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACAAAGTCAAGCTT
SmilChr02G003716 Chr02 NC_080388.1:58759009-58759023promoter 内 423-437 bp + 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 58762587-58767017(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGACTTGACTTTGTT
SmilChr01G001755 Chr01 NC_080387.1:32281332-32281346promoter 内 413-427 bp + 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 32270976-32277758(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AACAAAGTCAAGCTT
SmilChr01G005173 Chr01 NC_080387.1:69481987-69482001promoter 内 395-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 69476337-69478395(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TAGTTTGACTTTTCG
SmilChr02G000160 Chr02 NC_080388.1:2087766-2087780promoter 内 197-211 bp - 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2081163-2083976(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAGCTTGACTTTGTT
SmilChr01G000429 Chr01 NC_080387.1:8585152-8585166promoter 内 53-67 bp - 3934 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 8589100-8590420(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGCTAAGTCAAGAGC
SmilChr01G003736 Chr01 NC_080387.1:55667864-55667878promoter 内 32-46 bp - 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 55671833-55675978(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AAGTAAGTCAACCCC
SmilChr01G005889 Chr01 NC_080387.1:74816527-74816541promoter 内 2038-2052 bp + 1949 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 74811662-74814578(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGCAAAGTCAAAATA
SmilChr02G002214 Chr02 NC_080388.1:39373750-39373764promoter 内 993-1007 bp - 2994 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 4 39376758-39379132(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GGATAAGTCAACATG
SmilChr02G001402 Chr02 NC_080388.1:26610571-26610585promoter 内 3877-3891 bp - 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 26610695-26614264(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTAAAGTCAAGGTC
SmilChr02G002548 Chr02 NC_080388.1:44340319-44340333promoter 内 3477-3491 bp + 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 44337856-44339809(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGGGAGGTCAACGCG
SmilChr01G000189 Chr01 NC_080387.1:3238180-3238194promoter 内 3114-3128 bp - 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 3239067-3240349(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CTAAGAGTCAACGCA
SmilChr02G002568 Chr02 NC_080388.1:44681621-44681635promoter 内 2563-2577 bp + 1424 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 44676486-44680197(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGGGAGGTCAACGCG
SmilChr02G004033 Chr02 NC_080388.1:62626184-62626198promoter 内 2356-2370 bp + 1631 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 62627829-62630397(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 CGCGTTGACCTCCCT
SmilChr01G003146 Chr01 NC_080387.1:50282656-50282670promoter 内 2153-2167 bp + 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 50280144-50280822(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TCAAAAGTCAAACAC
SmilChr02G003204 Chr02 NC_080388.1:53184383-53184397promoter 内 2146-2160 bp + 1841 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 53180172-53182542(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 TGTAAAGTCAAAGGA
SmilChr02G003222 Chr02 NC_080388.1:53442380-53442394promoter 内 1972-1986 bp - 2015 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 53444409-53444987(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGGGAGGTCAACGCG
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SmilChr01G002109 Chr01 NC_080387.1:37155073-37155087promoter 内 348-362 bp + 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 37148586-37151434(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGAATAGTCAACCAT
SmilChr02G003621 Chr02 NC_080388.1:57519762-57519776promoter 内 233-247 bp - 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 57523530-57524994(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGGGAGGTCAACGCG
SmilChr01G004738 Chr01 NC_080387.1:65571039-65571053promoter 内 205-219 bp - 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 3 65563100-65567257(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 ATTTTTGACTTTGTT
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SmilChr02G003805 Chr02 NC_080388.1:59670094-59670108promoter 内 3737-3751 bp + 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 59667575-59669844(-) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GCAAAAGTCAAGCAG
SmilChr02G003471 Chr02 NC_080388.1:56017131-56017145promoter 内 3716-3730 bp + 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 56017416-56023072(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 GTTATTGACTTTTTG
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SmilChr01G005179 Chr01 NC_080387.1:69517758-69517772promoter 内 3562-3576 bp - 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 2 69518197-69522787(+) SMil_00017834-RA_Salv MP00251 AGGGAGGTCAACGCG