转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 39 / 135 下载 TSV

上一页 39 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001964 Chr01 NC_080387.1:34972966-34972980promoter 内 2318-2332 bp - 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 34969412-34971297(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAAACCTTATCTCT
SmilChr01G003322 Chr01 NC_080387.1:51925256-51925270promoter 内 1807-1821 bp - 2180 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 51920813-51923076(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATTTTCTTATCCAA
SmilChr02G003341 Chr02 NC_080388.1:54622302-54622316promoter 内 1395-1409 bp - 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 54624908-54629749(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATGATTAA
SmilChr02G003811 Chr02 NC_080388.1:59738772-59738786promoter 内 1291-1305 bp - 2696 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 59735596-59736076(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCACACCTTATCCCA
SmilChr01G003033 Chr01 NC_080387.1:49359913-49359927promoter 内 1250-1264 bp + 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 49362664-49366686(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATCATCCTTATCATA
SmilChr02G003573 Chr02 NC_080388.1:56892184-56892198promoter 内 1097-1111 bp - 2890 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 56895088-56900158(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGAGATA
SmilChr01G000004 Chr01 NC_080387.1:134570-134584promoter 内 1090-1104 bp - 2897 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 137481-141573(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGATAGA
SmilChr03G001077 Chr03 NC_080389.1:12466187-12466201promoter 内 940-954 bp + 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 12469248-12470919(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATCTCATTATCCTC
SmilChr01G002643 Chr01 NC_080387.1:44697528-44697542promoter 内 876-890 bp + 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 44700653-44702525(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCCATCTTATCCCA
SmilChr02G001608 Chr02 NC_080388.1:29949635-29949649promoter 内 863-877 bp + 3124 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 29944973-29946511(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGGACCTA
SmilChr03G001833 Chr03 NC_080389.1:25137210-25137224promoter 内 847-861 bp - 3140 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 25140364-25141017(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATAAGGAAAGA
SmilChr01G001634 Chr01 NC_080387.1:30400702-30400716promoter 内 805-819 bp - 3182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 30392990-30397520(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCACACCTTATCCCA
SmilChr02G000715 Chr02 NC_080388.1:11523375-11523389promoter 内 434-448 bp + 3553 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 11516826-11519822(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGGCGGGG
SmilChr01G003446 Chr01 NC_080387.1:53023712-53023726promoter 内 424-438 bp - 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 53027289-53033056(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAAAAGA
SmilChr01G001694 Chr01 NC_080387.1:31190446-31190460promoter 内 372-386 bp + 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 31194075-31199123(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAACTCCTTATCCCT
SmilChr01G001003 Chr01 NC_080387.1:21116627-21116641promoter 内 326-340 bp + 3661 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 21120302-21128904(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATTTTCTTATCCTT
SmilChr01G003030 Chr01 NC_080387.1:49346968-49346982promoter 内 286-300 bp - 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 49350683-49353052(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGTGAGG
SmilChr02G003782 Chr02 NC_080388.1:59496837-59496851promoter 内 143-157 bp - 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 59490863-59492993(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCACACCTTATCCCA
SmilChr01G003031 Chr01 NC_080387.1:49359913-49359927promoter 内 120-134 bp + 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 49353674-49356046(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATAAGGATGAT
SmilChr01G001356 Chr01 NC_080387.1:26823628-26823642promoter 内 72-86 bp - 3915 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 2 26827557-26828300(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGATAAA
SmilChr02G000162 Chr02 NC_080388.1:2110401-2110415promoter 内 3962-3976 bp - 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 2110440-2110512(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATAAGGATTTG
SmilChr02G005558 Chr02 NC_080388.1:75536349-75536363promoter 内 3961-3975 bp - 26 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 75534486-75536323(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTCTTTCTTATCCAA
SmilChr02G005337 Chr02 NC_080388.1:74220517-74220531promoter 内 3869-3883 bp - 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 74216479-74220399(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTTTTCTTATCCAT
SmilChr03G000958 Chr03 NC_080389.1:10828579-10828593promoter 内 3785-3799 bp - 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 10828795-10831314(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGAAAATA
SmilChr01G002205 Chr01 NC_080387.1:38373997-38374011promoter 内 3644-3658 bp + 343 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 38374354-38376882(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATATTCCTTATCTTA
SmilChr02G000424 Chr02 NC_080388.1:5421700-5421714promoter 内 3530-3544 bp - 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 5420456-5421243(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATCTCCTTATCTAA
SmilChr03G002897 Chr03 NC_080389.1:45697170-45697184promoter 内 3521-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 45697650-45700954(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATATTCCTTATCTTA
SmilChr01G003890 Chr01 NC_080387.1:57210792-57210806promoter 内 3498-3512 bp - 489 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 57211295-57212440(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAATGTTATT
SmilChr01G002862 Chr01 NC_080387.1:47215997-47216011promoter 内 3481-3495 bp - 506 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47216517-47219785(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAATAAA
SmilChr03G002618 Chr03 NC_080389.1:41579901-41579915promoter 内 3417-3431 bp + 570 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 41573527-41579331(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGATAAT
SmilChr02G003196 Chr02 NC_080388.1:53124889-53124903promoter 内 3407-3421 bp - 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53120288-53124309(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTTTTCTTATCCAT
SmilChr02G002946 Chr02 NC_080388.1:49991598-49991612promoter 内 3351-3365 bp - 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 49990033-49990962(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAAACCTTATCTGA
SmilChr01G000790 Chr01 NC_080387.1:17177965-17177979promoter 内 3275-3289 bp + 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 17178691-17181537(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTACTCCTTATCATC
SmilChr01G000849 Chr01 NC_080387.1:18343220-18343234promoter 内 3216-3230 bp + 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 18344005-18344110(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTGCTCCTTATCTTT
SmilChr01G002211 Chr01 NC_080387.1:38439858-38439872promoter 内 3159-3173 bp - 828 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 38435503-38439030(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTATTCTTATCCCA
SmilChr02G004306 Chr02 NC_080388.1:65442700-65442714promoter 内 3088-3102 bp + 899 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 65443613-65445499(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCATTTCTTATCCCC
SmilChr01G000789 Chr01 NC_080387.1:17177965-17177979promoter 内 3066-3080 bp + 921 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 17175442-17177044(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATAAGGAGTAG
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