转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003441; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014538-RA_Salv SmilChr07G003441 NAC XP_057773618.1 MP00108 TTAAGTAAT

可能结合的靶基因

9810 个结合位点 6458 个候选靶基因 第 39 / 130 下载 TSV

上一页 39 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000428 Chr03 NC_080389.1:4665667-4665675promoter 内 2678-2686 bp + 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 4657135-4664352(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr01G003345 Chr01 NC_080387.1:52223427-52223435promoter 内 2677-2685 bp + 1316 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 52220336-52222111(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr02G002200 Chr02 NC_080388.1:39231524-39231532promoter 内 2673-2681 bp - 1320 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 39230132-39230204(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTAAGTAAT
SmilChr02G003291 Chr02 NC_080388.1:54185475-54185483promoter 内 2665-2673 bp - 1328 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 54183608-54184147(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr02G001269 Chr02 NC_080388.1:23248724-23248732promoter 内 2648-2656 bp + 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 23246512-23247379(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTTACTTAA
SmilChr02G001181 Chr02 NC_080388.1:21701791-21701799promoter 内 2639-2647 bp - 1354 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 21703153-21705194(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr01G004661 Chr01 NC_080387.1:64717568-64717576promoter 内 2628-2636 bp + 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 64718941-64721423(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr02G000228 Chr02 NC_080388.1:2966507-2966515promoter 内 2628-2636 bp + 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 2967880-2969555(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr01G002332 Chr01 NC_080387.1:40468909-40468917promoter 内 2624-2632 bp + 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 40470286-40471841(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTAAGTAAT
SmilChr02G001560 Chr02 NC_080388.1:28867811-28867819promoter 内 2593-2601 bp - 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 28869219-28869732(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr01G003198 Chr01 NC_080387.1:50751127-50751135promoter 内 2571-2579 bp + 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 50752557-50757349(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr02G005160 Chr02 NC_080388.1:72945492-72945500promoter 内 2541-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 72946952-72949072(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr01G004104 Chr01 NC_080387.1:59553546-59553554promoter 内 2539-2547 bp - 1454 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 59542606-59552092(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTAAGTAAT
SmilChr02G000512 Chr02 NC_080388.1:7080847-7080855promoter 内 2536-2544 bp - 1457 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 7076226-7079390(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAC
SmilChr02G003960 Chr02 NC_080388.1:61769079-61769087promoter 内 2531-2539 bp - 1462 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 61770549-61774436(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr02G000184 Chr02 NC_080388.1:2324326-2324334promoter 内 2530-2538 bp + 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 2325797-2336714(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTAAGTAAT
SmilChr01G001917 Chr01 NC_080387.1:34311912-34311920promoter 内 2529-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 34313384-34317252(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr01G004427 Chr01 NC_080387.1:62378527-62378535promoter 内 2526-2534 bp - 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 62372553-62377060(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAC
SmilChr01G005175 Chr01 NC_080387.1:69490550-69490558promoter 内 2515-2523 bp + 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 69492036-69501572(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr01G004709 Chr01 NC_080387.1:65221795-65221803promoter 内 2501-2509 bp + 1492 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 65223295-65227170(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr02G002295 Chr02 NC_080388.1:40473646-40473654promoter 内 2496-2504 bp - 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 40470118-40472149(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTAAGTAAT
SmilChr01G001873 Chr01 NC_080387.1:33755220-33755228promoter 内 2493-2501 bp + 1500 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 33756728-33760494(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr03G000544 Chr03 NC_080389.1:5904927-5904935promoter 内 2492-2500 bp - 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 5906436-5914549(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr01G004892 Chr01 NC_080387.1:66985398-66985406promoter 内 2489-2497 bp + 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 66983066-66983894(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr01G002390 Chr01 NC_080387.1:41175219-41175227promoter 内 2482-2490 bp - 1511 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 41170890-41173708(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAC
SmilChr01G003922 Chr01 NC_080387.1:57477290-57477298promoter 内 2451-2459 bp + 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 57478840-57479592(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr01G006026 Chr01 NC_080387.1:75829477-75829485promoter 内 2443-2451 bp + 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 75831035-75834081(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAG
SmilChr01G005699 Chr01 NC_080387.1:73254442-73254450promoter 内 2438-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 73247640-73252887(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr02G002939 Chr02 NC_080388.1:49888330-49888338promoter 内 2432-2440 bp - 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 49889899-49891399(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTTACTTAA
SmilChr01G003960 Chr01 NC_080387.1:57986478-57986486promoter 内 2407-2415 bp + 1586 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 57983882-57984892(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr01G002358 Chr01 NC_080387.1:40755593-40755601promoter 内 2401-2409 bp - 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 40757193-40758131(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr02G004508 Chr02 NC_080388.1:67605273-67605281promoter 内 2401-2409 bp - 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 67606873-67625971(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 CTTACTTAA
SmilChr03G000587 Chr03 NC_080389.1:6534375-6534383promoter 内 2383-2391 bp + 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 6527470-6532765(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAC
SmilChr02G002927 Chr02 NC_080388.1:49665559-49665567promoter 内 2378-2386 bp - 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 49667182-49668027(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAG
SmilChr02G003639 Chr02 NC_080388.1:57748162-57748170promoter 内 2365-2373 bp - 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 57745816-57746534(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
SmilChr02G001178 Chr02 NC_080388.1:21653671-21653679promoter 内 2355-2363 bp - 1638 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 21648406-21652033(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 GTAAGTAAT
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