靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00021741-RA_Salv |
SmilChr01G004920 |
MYB_related | XP_057788125.1 |
MP00607 |
TTTAGGTTG |
9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 4 / 128 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G001330 |
Chr02 | NC_080388.1:24755601-24755609promoter 内 1530-1538 bp |
+ | 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 4 | 24758072-24767165(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr02G005214 |
Chr02 | NC_080388.1:73340902-73340910promoter 内 1331-1339 bp |
+ | 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 4 | 73343572-73345894(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr02G005212 |
Chr02 | NC_080388.1:73340902-73340910promoter 内 765-773 bp |
+ | 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 4 | 73335162-73337674(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAC |
SmilChr01G005592 |
Chr01 | NC_080387.1:72565605-72565613promoter 内 398-406 bp |
- | 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 4 | 72569208-72572399(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAC |
SmilChr02G000684 |
Chr02 | NC_080388.1:10809248-10809256promoter 内 71-79 bp |
+ | 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 4 | 10813178-10815951(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr01G000131 |
Chr01 | NC_080387.1:2203101-2203109promoter 内 3978-3986 bp |
+ | 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 2199994-2203086(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAC |
SmilChr02G001138 |
Chr02 | NC_080388.1:20512278-20512286promoter 内 3940-3948 bp |
- | 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 20509831-20512225(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr02G003248 |
Chr02 | NC_080388.1:53744893-53744901promoter 内 3865-3873 bp |
- | 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 53743126-53744765(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr01G005394 |
Chr01 | NC_080387.1:71211489-71211497promoter 内 3817-3825 bp |
- | 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 71211241-71211313(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr03G000229 |
Chr03 | NC_080389.1:2725060-2725068promoter 内 3785-3793 bp |
- | 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 2725276-2727534(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAC |
SmilChr01G000810 |
Chr01 | NC_080387.1:17484242-17484250promoter 内 3614-3622 bp |
+ | 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 17484629-17485196(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr01G000552 |
Chr01 | NC_080387.1:11499247-11499255promoter 内 3581-3589 bp |
+ | 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 11499667-11501535(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr01G001382 |
Chr01 | NC_080387.1:27231916-27231924promoter 内 3567-3575 bp |
- | 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 27230601-27231490(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr01G005379 |
Chr01 | NC_080387.1:71016235-71016243promoter 内 3549-3557 bp |
- | 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 71013483-71015791(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr02G001745 |
Chr02 | NC_080388.1:32038117-32038125promoter 内 3483-3491 bp |
- | 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 32038635-32039596(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAC |
SmilChr01G002453 |
Chr01 | NC_080387.1:42139624-42139632promoter 内 3438-3446 bp |
- | 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 42133849-42139069(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr01G005937 |
Chr01 | NC_080387.1:75118652-75118660promoter 内 3322-3330 bp |
- | 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 75116386-75117981(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr01G005940 |
Chr01 | NC_080387.1:75144630-75144638promoter 内 3236-3244 bp |
- | 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 75142748-75143873(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr01G000898 |
Chr01 | NC_080387.1:19057470-19057478promoter 内 3182-3190 bp |
+ | 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 19058289-19060128(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr01G005941 |
Chr01 | NC_080387.1:75144630-75144638promoter 内 3113-3121 bp |
- | 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 75145518-75148832(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAC |
SmilChr02G003292 |
Chr02 | NC_080388.1:54197551-54197559promoter 内 2676-2684 bp |
+ | 1317 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 54190962-54196234(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAC |
SmilChr01G002299 |
Chr01 | NC_080387.1:39810280-39810288promoter 内 2610-2618 bp |
- | 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 39804836-39808897(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr01G001225 |
Chr01 | NC_080387.1:24539064-24539072promoter 内 2523-2531 bp |
+ | 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 24531958-24537594(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAC |
SmilChr02G002239 |
Chr02 | NC_080388.1:39734822-39734830promoter 内 2499-2507 bp |
- | 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 39736324-39742802(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAC |
SmilChr02G001196 |
Chr02 | NC_080388.1:22005335-22005343promoter 内 2312-2320 bp |
- | 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 22007024-22012627(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAC |
SmilChr03G000284 |
Chr03 | NC_080389.1:3245253-3245261promoter 内 2300-2308 bp |
- | 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 3241316-3243560(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr03G000116 |
Chr03 | NC_080389.1:1282806-1282814promoter 内 2207-2215 bp |
- | 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 1280394-1281020(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr01G003214 |
Chr01 | NC_080387.1:50939622-50939630promoter 内 2191-2199 bp |
- | 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 50926238-50937820(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr01G003102 |
Chr01 | NC_080387.1:49833844-49833852promoter 内 2119-2127 bp |
+ | 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 49835726-49836121(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
SmilChr02G000731 |
Chr02 | NC_080388.1:11858174-11858182promoter 内 1813-1821 bp |
- | 2180 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 11860362-11863701(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAC |
SmilChr01G000538 |
Chr01 | NC_080387.1:11061640-11061648promoter 内 1701-1709 bp |
- | 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 11063940-11065616(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
CAACCTAAC |
SmilChr02G004525 |
Chr02 | NC_080388.1:67843224-67843232promoter 内 1694-1702 bp |
- | 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 67838849-67840925(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
GTTAGGTTG |
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Chr03 | NC_080389.1:2725060-2725068promoter 内 1465-1473 bp |
- | 2528 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 2727596-2728591(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
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Chr01 | NC_080387.1:43759763-43759771promoter 内 1374-1382 bp |
+ | 2619 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 43762390-43764524(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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+ | 2626 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 73305319-73307739(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
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SmilChr01G002314 |
Chr01 | NC_080387.1:40128104-40128112promoter 内 1354-1362 bp |
+ | 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 40123925-40125465(-) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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+ | 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 73300567-73302950(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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- | 2855 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 4004863-4005674(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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SMil_00021741-RA_Salv |
MP00607 |
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SmilChr01G004525 |
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SMil_00021741-RA_Salv |
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+ | 3254 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 49837106-49840176(+) |
SMil_00021741-RA_Salv |
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SMil_00021741-RA_Salv |
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+ | 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.0/ 100 | 3 | 3901596-3902226(+) |
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SmilChr01G002172 |
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SmilChr03G000115 |
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MP00607 |
GTTAGGTTG |