转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004920; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021741-RA_Salv SmilChr01G004920 MYB_related XP_057788125.1 MP00607 TTTAGGTTG

可能结合的靶基因

9718 个结合位点 6362 个候选靶基因 第 4 / 128 下载 TSV

上一页 4 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001330 Chr02 NC_080388.1:24755601-24755609promoter 内 1530-1538 bp + 2463 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 4 24758072-24767165(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr02G005214 Chr02 NC_080388.1:73340902-73340910promoter 内 1331-1339 bp + 2662 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 4 73343572-73345894(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr02G005212 Chr02 NC_080388.1:73340902-73340910promoter 内 765-773 bp + 3228 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 4 73335162-73337674(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAC
SmilChr01G005592 Chr01 NC_080387.1:72565605-72565613promoter 内 398-406 bp - 3595 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 4 72569208-72572399(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAC
SmilChr02G000684 Chr02 NC_080388.1:10809248-10809256promoter 内 71-79 bp + 3922 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 4 10813178-10815951(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr01G000131 Chr01 NC_080387.1:2203101-2203109promoter 内 3978-3986 bp + 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 2199994-2203086(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAC
SmilChr02G001138 Chr02 NC_080388.1:20512278-20512286promoter 内 3940-3948 bp - 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 20509831-20512225(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr02G003248 Chr02 NC_080388.1:53744893-53744901promoter 内 3865-3873 bp - 128 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 53743126-53744765(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr01G005394 Chr01 NC_080387.1:71211489-71211497promoter 内 3817-3825 bp - 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 71211241-71211313(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr03G000229 Chr03 NC_080389.1:2725060-2725068promoter 内 3785-3793 bp - 208 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 2725276-2727534(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAC
SmilChr01G000810 Chr01 NC_080387.1:17484242-17484250promoter 内 3614-3622 bp + 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 17484629-17485196(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr01G000552 Chr01 NC_080387.1:11499247-11499255promoter 内 3581-3589 bp + 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 11499667-11501535(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr01G001382 Chr01 NC_080387.1:27231916-27231924promoter 内 3567-3575 bp - 426 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 27230601-27231490(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr01G005379 Chr01 NC_080387.1:71016235-71016243promoter 内 3549-3557 bp - 444 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 71013483-71015791(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr02G001745 Chr02 NC_080388.1:32038117-32038125promoter 内 3483-3491 bp - 510 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 32038635-32039596(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAC
SmilChr01G002453 Chr01 NC_080387.1:42139624-42139632promoter 内 3438-3446 bp - 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 42133849-42139069(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr01G005937 Chr01 NC_080387.1:75118652-75118660promoter 内 3322-3330 bp - 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 75116386-75117981(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr01G005940 Chr01 NC_080387.1:75144630-75144638promoter 内 3236-3244 bp - 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 75142748-75143873(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr01G000898 Chr01 NC_080387.1:19057470-19057478promoter 内 3182-3190 bp + 811 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 19058289-19060128(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr01G005941 Chr01 NC_080387.1:75144630-75144638promoter 内 3113-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 75145518-75148832(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAC
SmilChr02G003292 Chr02 NC_080388.1:54197551-54197559promoter 内 2676-2684 bp + 1317 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 54190962-54196234(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAC
SmilChr01G002299 Chr01 NC_080387.1:39810280-39810288promoter 内 2610-2618 bp - 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 39804836-39808897(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr01G001225 Chr01 NC_080387.1:24539064-24539072promoter 内 2523-2531 bp + 1470 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 24531958-24537594(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAC
SmilChr02G002239 Chr02 NC_080388.1:39734822-39734830promoter 内 2499-2507 bp - 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 39736324-39742802(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAC
SmilChr02G001196 Chr02 NC_080388.1:22005335-22005343promoter 内 2312-2320 bp - 1681 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 22007024-22012627(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAC
SmilChr03G000284 Chr03 NC_080389.1:3245253-3245261promoter 内 2300-2308 bp - 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 3241316-3243560(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr03G000116 Chr03 NC_080389.1:1282806-1282814promoter 内 2207-2215 bp - 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 1280394-1281020(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr01G003214 Chr01 NC_080387.1:50939622-50939630promoter 内 2191-2199 bp - 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 50926238-50937820(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr01G003102 Chr01 NC_080387.1:49833844-49833852promoter 内 2119-2127 bp + 1874 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 49835726-49836121(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr02G000731 Chr02 NC_080388.1:11858174-11858182promoter 内 1813-1821 bp - 2180 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 11860362-11863701(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAC
SmilChr01G000538 Chr01 NC_080387.1:11061640-11061648promoter 内 1701-1709 bp - 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 11063940-11065616(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAC
SmilChr02G004525 Chr02 NC_080388.1:67843224-67843232promoter 内 1694-1702 bp - 2299 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 67838849-67840925(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr03G000230 Chr03 NC_080389.1:2725060-2725068promoter 内 1465-1473 bp - 2528 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 2727596-2728591(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAC
SmilChr01G002565 Chr01 NC_080387.1:43759763-43759771promoter 内 1374-1382 bp + 2619 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 43762390-43764524(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr02G005207 Chr02 NC_080388.1:73302685-73302693promoter 内 1367-1375 bp + 2626 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 73305319-73307739(+) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 GTTAGGTTG
SmilChr01G002314 Chr01 NC_080387.1:40128104-40128112promoter 内 1354-1362 bp + 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.0/ 100 3 40123925-40125465(-) SMil_00021741-RA_Salv MP00607 CAACCTAAC
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