转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009629-RA_Salv SmilChr03G004518 ERF XP_057799834.1 MP00529 CTCCACCGACAAAAT

可能结合的靶基因

9247 个结合位点 7559 个候选靶基因 第 4 / 152 下载 TSV

上一页 4 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002832 Chr08 NC_080394.1:28191164-28191178promoter 内 683-697 bp - 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 28194482-28206040(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACCTTGTCGGCGGCG
SmilChr06G001041 Chr06 NC_080392.1:10298043-10298057promoter 内 639-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 10301405-10301477(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTGGCGTCGGTGGCG
SmilChr07G003463 Chr07 NC_080393.1:38700590-38700604promoter 内 308-322 bp - 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 38704283-38711397(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGCCGTCGGTGGGG
SmilChr02G000958 Chr02 NC_080388.1:16670245-16670259promoter 内 2611-2625 bp + 1376 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 6 16671635-16675520(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGCCACCGACATATC
SmilChr02G002008 Chr02 NC_080388.1:36223527-36223541promoter 内 2886-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 36216486-36222426(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TAGTTGTCGGCGGCG
SmilChr07G000795 Chr07 NC_080393.1:5619187-5619201promoter 内 2311-2325 bp + 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 5616209-5617511(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CATTTGTCGGCGGCG
SmilChr02G000718 Chr02 NC_080388.1:11532503-11532517promoter 内 2998-3012 bp - 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 11533506-11537729(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATGTTGTCGGTGGAG
SmilChr02G000717 Chr02 NC_080388.1:11532503-11532517promoter 内 2793-2807 bp - 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 11527730-11531309(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGACAACAT
SmilChr07G002682 Chr07 NC_080393.1:26231959-26231973promoter 内 2574-2588 bp + 1413 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 26227546-26230546(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATGTTGTCGGTGGAG
SmilChr02G002887 Chr02 NC_080388.1:49169141-49169155promoter 内 2570-2584 bp - 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 49170572-49173761(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATGTTGTCGGTGGAG
SmilChr05G004337 Chr05 NC_080391.1:57035294-57035308promoter 内 2181-2195 bp - 1806 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 57037114-57039932(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATGGCGTCGGTGGCG
SmilChr08G001512 Chr08 NC_080394.1:12273947-12273961promoter 内 1592-1606 bp + 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 12276356-12277775(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CACCGCCGACAAAGG
SmilChr04G002430 Chr04 NC_080390.1:38920610-38920624promoter 内 923-937 bp - 3064 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 38923688-38940900(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCCTTGTCGGCGGCG
SmilChr07G002225 Chr07 NC_080393.1:20473770-20473784promoter 内 232-246 bp + 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 20477539-20479968(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCCGCCGACAAACC
SmilChr06G001661 Chr06 NC_080392.1:18891928-18891942promoter 内 3708-3722 bp + 279 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 18890472-18891649(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAAGCGTCGGTGGAG
SmilChr03G001561 Chr03 NC_080389.1:19678221-19678235promoter 内 3525-3539 bp - 462 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 19678697-19679625(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAAGCGTCGGTGGAG
SmilChr05G004188 Chr05 NC_080391.1:55792217-55792231promoter 内 3468-3482 bp - 519 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 55789551-55791698(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CACCACCGACGCCGG
SmilChr02G003711 Chr02 NC_080388.1:58688916-58688930promoter 内 3410-3424 bp + 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 58689507-58689580(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGCCGCCGACAAATG
SmilChr07G003441 Chr07 NC_080393.1:38150142-38150156promoter 内 3170-3184 bp + 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 38142847-38149325(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAGTCGTCGGTGGCG
SmilChr07G002274 Chr07 NC_080393.1:20969905-20969919promoter 内 3102-3116 bp + 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 20967584-20969020(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATTTTGTCGGCGGCG
SmilChr08G002584 Chr08 NC_080394.1:25175935-25175949promoter 内 3015-3029 bp - 972 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 25176921-25180215(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGAGTGTCGGTGGAG
SmilChr03G000213 Chr03 NC_080389.1:2476864-2476878promoter 内 2890-2904 bp - 1097 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 2477975-2485676(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAGTCGTCGGTGGCG
SmilChr01G003005 Chr01 NC_080387.1:49052875-49052889promoter 内 2843-2857 bp - 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 49054033-49059620(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAGTCGTCGGTGGCG
SmilChr05G003812 Chr05 NC_080391.1:51405435-51405449promoter 内 2680-2694 bp + 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 51406756-51414878(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGCCACCGACAGTGC
SmilChr06G000634 Chr06 NC_080392.1:5599260-5599274promoter 内 2258-2272 bp - 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 5601003-5601076(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACAATGTCGGTGGCG
SmilChr07G002536 Chr07 NC_080393.1:24071791-24071805promoter 内 2156-2170 bp + 1831 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 24066108-24069960(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CAAGTGTCGGTGGTG
SmilChr01G001793 Chr01 NC_080387.1:32786866-32786880promoter 内 2078-2092 bp + 1909 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 32788789-32792051(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGACGCTTC
SmilChr06G000249 Chr06 NC_080392.1:1652248-1652262promoter 内 1772-1786 bp - 2215 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 1654477-1655494(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGGGTGTCGGTGGCC
SmilChr05G003811 Chr05 NC_080391.1:51405435-51405449promoter 内 1696-1710 bp + 2291 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 51400181-51403144(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCACTGTCGGTGGCA
SmilChr07G002819 Chr07 NC_080393.1:28238966-28238980promoter 内 1366-1380 bp - 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 28234733-28236345(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCCCACCGACACCAC
SmilChr04G002235 Chr04 NC_080390.1:36072257-36072271promoter 内 1179-1193 bp - 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 36075079-36077785(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAGTCGTCGGTGGCG
SmilChr04G002213 Chr04 NC_080390.1:35810895-35810909promoter 内 1176-1190 bp - 2811 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 35813720-35816426(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAGTCGTCGGTGGCG
SmilChr07G002820 Chr07 NC_080393.1:28238966-28238980promoter 内 985-999 bp - 3002 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 28241982-28245220(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTGGTGTCGGTGGGC
SmilChr08G001228 Chr08 NC_080394.1:9899443-9899457promoter 内 870-884 bp - 3117 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 9902574-9902645(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGGTTGTCGGCGGCG
SmilChr02G005581 Chr02 NC_080388.1:75646031-75646045promoter 内 830-844 bp - 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 75637200-75642874(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCCACCGACACAAC
SmilChr05G004190 Chr05 NC_080391.1:55792217-55792231promoter 内 681-695 bp - 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 55795537-55798481(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGGCGTCGGTGGTG
SmilChr06G000633 Chr06 NC_080392.1:5599260-5599274promoter 内 663-677 bp - 3324 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 5595075-5595936(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGCCACCGACATTGT
SmilChr08G001229 Chr08 NC_080394.1:9899443-9899457promoter 内 524-538 bp - 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 9902920-9902991(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGGTTGTCGGCGGCG
SmilChr06G002525 Chr06 NC_080392.1:36236712-36236726promoter 内 105-119 bp + 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 36240608-36242132(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGACGCTTC
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SmilChr05G001969 Chr05 NC_080391.1:20327186-20327200promoter 内 1885-1899 bp - 2102 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 20322994-20325084(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CACCACCGACGCCTC
SmilChr08G002564 Chr08 NC_080394.1:24988392-24988406promoter 内 450-464 bp - 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 24983779-24984855(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CACCACCGACACAAA
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SmilChr06G001152 Chr06 NC_080392.1:11661161-11661175promoter 内 2931-2945 bp + 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 11662231-11664586(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGCCACCGACGCCTG
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SmilChr08G002548 Chr08 NC_080394.1:24779584-24779598promoter 内 2835-2849 bp - 1152 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 24777108-24778432(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CACCACCGACACAAA
SmilChr08G002341 Chr08 NC_080394.1:22098157-22098171promoter 内 2727-2741 bp - 1260 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 22092171-22096897(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGCCACCGACGCCTG