转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 40 / 144 下载 TSV

上一页 40 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004354 Chr02 NC_080388.1:65826734-65826748promoter 内 1738-1752 bp + 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 65821840-65824485(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGTAACA
SmilChr04G000946 Chr04 NC_080390.1:12532615-12532629promoter 内 1564-1578 bp - 2423 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 12527019-12530192(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTGGG
SmilChr01G004838 Chr01 NC_080387.1:66523025-66523039promoter 内 1409-1423 bp + 2578 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 66511258-66520447(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr05G001570 Chr05 NC_080391.1:14353372-14353386promoter 内 1365-1379 bp - 2622 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 14347853-14350750(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCTTTCCTCTTTGGG
SmilChr03G002309 Chr03 NC_080389.1:36326127-36326141promoter 内 1084-1098 bp + 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 36329044-36331922(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTTTTCCCTTTTTGG
SmilChr05G002024 Chr05 NC_080391.1:21004071-21004085promoter 内 885-899 bp - 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 21007187-21010120(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr05G004255 Chr05 NC_080391.1:56338768-56338782promoter 内 546-560 bp - 3441 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 56331542-56335327(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTTTTCCCTTTTTGG
SmilChr02G004176 Chr02 NC_080388.1:64048322-64048336promoter 内 448-462 bp + 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 64042824-64044783(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr02G001897 Chr02 NC_080388.1:34263818-34263832promoter 内 367-381 bp - 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 34267452-34269409(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr05G000695 Chr05 NC_080391.1:5245188-5245202promoter 内 354-368 bp - 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 5248835-5249907(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr01G002504 Chr01 NC_080387.1:42903323-42903337promoter 内 315-329 bp + 3672 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 42907009-42908794(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTGGG
SmilChr03G004517 Chr03 NC_080389.1:63206992-63207006promoter 内 110-124 bp + 3877 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 63210883-63215270(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTGGG
SmilChr04G000164 Chr04 NC_080390.1:1483056-1483070promoter 内 3950-3964 bp - 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 1483107-1484835(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr01G004732 Chr01 NC_080387.1:65510078-65510092promoter 内 3948-3962 bp + 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 65506016-65510039(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr02G004440 Chr02 NC_080388.1:66770274-66770288promoter 内 3945-3959 bp - 42 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 66770330-66774028(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr02G000893 Chr02 NC_080388.1:15375026-15375040promoter 内 3902-3916 bp + 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 15373142-15374941(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr04G004042 Chr04 NC_080390.1:55654586-55654600promoter 内 3828-3842 bp + 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 55647357-55654427(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr02G001889 Chr02 NC_080388.1:34184249-34184263promoter 内 3788-3802 bp + 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 34183245-34184050(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAGGGAAAAG
SmilChr06G000851 Chr06 NC_080392.1:8064411-8064425promoter 内 3754-3768 bp - 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 8064658-8065899(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr05G002717 Chr05 NC_080391.1:31288047-31288061promoter 内 3716-3730 bp - 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 31288332-31295348(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr03G001618 Chr03 NC_080389.1:20622211-20622225promoter 内 3712-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 20619149-20621936(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr04G000632 Chr04 NC_080390.1:7198241-7198255promoter 内 3656-3670 bp - 331 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 7195472-7197910(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTGGG
SmilChr04G002267 Chr04 NC_080390.1:36682393-36682407promoter 内 3621-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 36682773-36686580(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTGGG
SmilChr05G001362 Chr05 NC_080391.1:12116654-12116668promoter 内 3608-3622 bp + 379 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 12108986-12116275(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr01G005098 Chr01 NC_080387.1:68805434-68805448promoter 内 3607-3621 bp - 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 68802452-68805054(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTGGG
SmilChr01G002726 Chr01 NC_080387.1:45620555-45620569promoter 内 3578-3592 bp + 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 45620978-45622168(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTGGG
SmilChr02G003554 Chr02 NC_080388.1:56722957-56722971promoter 内 3576-3590 bp + 411 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 56717584-56722546(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr04G001387 Chr04 NC_080390.1:22538000-22538014promoter 内 3487-3501 bp + 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 22536700-22537500(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAGGGAAAAG
SmilChr05G003551 Chr05 NC_080391.1:47414054-47414068promoter 内 3472-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 47414583-47416315(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTGGG
SmilChr02G003750 Chr02 NC_080388.1:59157785-59157799promoter 内 3441-3455 bp - 546 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 59156578-59157239(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTGGG
SmilChr01G002106 Chr01 NC_080387.1:37081285-37081299promoter 内 3390-3404 bp - 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 37078139-37080688(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTGGG
SmilChr03G001148 Chr03 NC_080389.1:13247498-13247512promoter 内 3336-3350 bp - 651 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 13245752-13246847(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTGGG
SmilChr02G001896 Chr02 NC_080388.1:34263818-34263832promoter 内 3332-3346 bp - 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 34264487-34266626(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr01G004899 Chr01 NC_080387.1:67065645-67065659promoter 内 3313-3327 bp + 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 67057716-67064971(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr05G001363 Chr05 NC_080391.1:12116654-12116668promoter 内 3292-3306 bp + 695 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 12113929-12115959(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr03G000786 Chr03 NC_080389.1:8950608-8950622promoter 内 3279-3293 bp + 708 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 8949292-8949900(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAGGGAAAAG
SmilChr04G002739 Chr04 NC_080390.1:43061658-43061672promoter 内 3269-3283 bp + 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 43058843-43060940(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAGGGAAAAG
SmilChr02G002131 Chr02 NC_080388.1:38152433-38152447promoter 内 3235-3249 bp - 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 38153199-38200690(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAGAGGAAAGA
SmilChr03G001228 Chr03 NC_080389.1:14164647-14164661promoter 内 3222-3236 bp + 765 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 14165426-14166550(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTGGG
SmilChr04G003049 Chr04 NC_080390.1:47038028-47038042promoter 内 3202-3216 bp - 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 47038827-47043832(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr02G004592 Chr02 NC_080388.1:68433894-68433908promoter 内 3200-3214 bp + 787 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 68420941-68433107(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr01G004061 Chr01 NC_080387.1:59034268-59034282promoter 内 3174-3188 bp + 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 59033060-59033455(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr05G001338 Chr05 NC_080391.1:11809933-11809947promoter 内 3113-3127 bp - 874 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 11810821-11810927(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr02G003401 Chr02 NC_080388.1:55154621-55154635promoter 内 3072-3086 bp + 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 55147313-55153706(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr04G003166 Chr04 NC_080390.1:48273199-48273213promoter 内 3070-3084 bp + 917 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 48267411-48272282(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr01G000993 Chr01 NC_080387.1:20954021-20954035promoter 内 2936-2950 bp + 1051 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 20955086-20964596(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTGGG
SmilChr05G001703 Chr05 NC_080391.1:16228164-16228178promoter 内 2918-2932 bp - 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 16229247-16231023(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG
SmilChr02G001888 Chr02 NC_080388.1:34184249-34184263promoter 内 2867-2881 bp + 1120 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 34181746-34183129(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAGGGAAAAG
SmilChr04G003575 Chr04 NC_080390.1:52164624-52164638promoter 内 2816-2830 bp - 1171 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 52162635-52163453(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CATTTCCTTTTTGGG
SmilChr01G003466 Chr01 NC_080387.1:53227191-53227205promoter 内 2799-2813 bp - 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 53228393-53230198(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCCAAAAAGGAAATG