转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 40 / 121 下载 TSV

上一页 40 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001619 Chr01 NC_080387.1:30293601-30293615promoter 内 1297-1311 bp + 2690 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 30296305-30300618(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCAATTAGATCTGAA
SmilChr01G001854 Chr01 NC_080387.1:33477340-33477354promoter 内 1127-1141 bp - 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 33471818-33474480(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTCTAGATCCGGT
SmilChr04G001726 Chr04 NC_080390.1:28502252-28502266promoter 内 1078-1092 bp - 2909 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 28505175-28509187(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCATTTTT
SmilChr03G000088 Chr03 NC_080389.1:1016016-1016030promoter 内 1029-1043 bp + 2958 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1008412-1013058(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTATAAAT
SmilChr02G002447 Chr02 NC_080388.1:42702933-42702947promoter 内 963-977 bp + 3024 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 42698713-42699909(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCCGGCCC
SmilChr01G003626 Chr01 NC_080387.1:54803582-54803596promoter 内 897-911 bp + 3090 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54806686-54807969(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATCGAGATCTGGC
SmilChr02G004211 Chr02 NC_080388.1:64371382-64371396promoter 内 893-907 bp - 3094 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 64374490-64376363(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTAGTCAT
SmilChr03G000859 Chr03 NC_080389.1:9822588-9822602promoter 内 836-850 bp + 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 9813814-9819437(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTATAAAT
SmilChr04G003263 Chr04 NC_080390.1:49363028-49363042promoter 内 766-780 bp + 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 49359417-49359807(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAATCTA
SmilChr01G002356 Chr01 NC_080387.1:40746415-40746429promoter 内 738-752 bp - 3249 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 40740704-40743166(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAGCTGGATCTGAC
SmilChr04G003813 Chr04 NC_080390.1:54281707-54281721promoter 内 627-641 bp - 3360 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54273051-54278347(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTCTAGATCCGGT
SmilChr01G003643 Chr01 NC_080387.1:54920035-54920049promoter 内 606-620 bp + 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 54923430-54924421(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATCGAGATCTGGC
SmilChr02G000257 Chr02 NC_080388.1:3292426-3292440promoter 内 553-567 bp + 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3295874-3297706(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAATGAGATCTGAT
SmilChr04G003775 Chr04 NC_080390.1:53944810-53944824promoter 内 471-485 bp - 3516 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 53940086-53941294(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATAGAGATCTGAA
SmilChr02G000255 Chr02 NC_080388.1:3292426-3292440promoter 内 389-403 bp + 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 3285444-3288828(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCATTCT
SmilChr01G005615 Chr01 NC_080387.1:72667052-72667066promoter 内 373-387 bp - 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 72670680-72671653(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAATTAA
SmilChr01G005880 Chr01 NC_080387.1:74735082-74735096promoter 内 210-224 bp - 3777 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 74738873-74740800(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAGAACA
SmilChr03G001728 Chr03 NC_080389.1:23218741-23218755promoter 内 191-205 bp + 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 23222551-23224466(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATGTAGATCTGGT
SmilChr02G001160 Chr02 NC_080388.1:21165583-21165597promoter 内 120-134 bp - 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 21160679-21161716(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAACTAGATCTCTG
SmilChr04G000047 Chr04 NC_080390.1:438444-438458promoter 内 88-102 bp - 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 424179-434545(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTATTAGATCTGAA
SmilChr03G000170 Chr03 NC_080389.1:1866000-1866014promoter 内 87-101 bp + 3900 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.0/ 100 1 1869914-1872256(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTATAGATCTGAG
SmilChr02G004238 Chr02 NC_080388.1:64562776-64562790promoter 内 1677-1691 bp - 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 10 64558095-64560466(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCGTTCAGATCTGAC
SmilChr01G004273 Chr01 NC_080387.1:60969196-60969210promoter 内 2230-2244 bp + 1757 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 9 60970967-60974633(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGACAGATCTGAT
SmilChr04G002104 Chr04 NC_080390.1:33975859-33975873promoter 内 3445-3459 bp + 542 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 33976415-33981921(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCCGCAGATCTGAG
SmilChr05G001424 Chr05 NC_080391.1:12914769-12914783promoter 内 2993-3007 bp - 994 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 12911891-12913775(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATTTAGATCTTAT
SmilChr02G002601 Chr02 NC_080388.1:45149555-45149569promoter 内 1979-1993 bp + 2008 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 45151577-45154195(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTTTAGATCTAGG
SmilChr03G001375 Chr03 NC_080389.1:16218652-16218666promoter 内 1408-1422 bp + 2579 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 16221245-16224490(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGCACAGATCTGAA
SmilChr02G000322 Chr02 NC_080388.1:4041265-4041279promoter 内 1147-1161 bp - 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 4044119-4047447(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCACTTTT
SmilChr02G000262 Chr02 NC_080388.1:3414589-3414603promoter 内 1074-1088 bp + 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 3409681-3411676(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGCTGCT
SmilChr01G000056 Chr01 NC_080387.1:872614-872628promoter 内 649-663 bp + 3338 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 875966-877320(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTTTAGATCTAGG
SmilChr02G002677 Chr02 NC_080388.1:46355405-46355419promoter 内 333-347 bp + 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 46349234-46351751(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAAATAG
SmilChr05G001327 Chr05 NC_080391.1:11499047-11499061promoter 内 158-172 bp - 3829 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 3 11494396-11495218(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTGCCGGATCTGAC
SmilChr04G002354 Chr04 NC_080390.1:38043976-38043990promoter 内 3797-3811 bp - 190 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 38034536-38043786(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCTTCTAGATCTGTA
SmilChr04G000595 Chr04 NC_080390.1:6665129-6665143promoter 内 3795-3809 bp - 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 6662870-6664937(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCTCGATCTGAG
SmilChr02G003326 Chr02 NC_080388.1:54526503-54526517promoter 内 3621-3635 bp + 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 54523480-54526137(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAAAGAC
SmilChr01G003550 Chr01 NC_080387.1:54106512-54106526promoter 内 3617-3631 bp - 370 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 54104430-54106142(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCGTCCAGATCTGCT
SmilChr03G003893 Chr03 NC_080389.1:58016289-58016303promoter 内 3470-3484 bp + 517 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 58016820-58018212(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTAACTAGATCTAAT
SmilChr02G003224 Chr02 NC_080388.1:53486576-53486590promoter 内 3410-3424 bp + 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 53480965-53485999(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGGCGA
SmilChr03G002121 Chr03 NC_080389.1:32965366-32965380promoter 内 3309-3323 bp + 678 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 32966058-32966610(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCACTAGATCTAGA
SmilChr04G002356 Chr04 NC_080390.1:38043976-38043990promoter 内 2794-2808 bp - 1193 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 38045183-38046468(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTAGAAGC
SmilChr04G002120 Chr04 NC_080390.1:34194985-34194999promoter 内 2782-2796 bp - 1205 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 34196204-34199247(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCTAGATCTAAAATC
SmilChr03G004114 Chr03 NC_080389.1:60050413-60050427promoter 内 2568-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 60043388-60048994(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGTTACGGATCTGAA
SmilChr05G001580 Chr05 NC_080391.1:14509200-14509214promoter 内 2520-2534 bp + 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 14510681-14512590(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTTTCAGATCTGTC
SmilChr02G004733 Chr02 NC_080388.1:69566791-69566805promoter 内 2408-2422 bp - 1579 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 69561938-69565212(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCGGTCAGATCTGAG
SmilChr03G004519 Chr03 NC_080389.1:63263911-63263925promoter 内 2302-2316 bp + 1685 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 63265610-63268258(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGTTCGGATCTGAA
SmilChr02G003514 Chr02 NC_080388.1:56336582-56336596promoter 内 2272-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 56329508-56334867(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTAAATAG
SmilChr03G001989 Chr03 NC_080389.1:29172324-29172338promoter 内 2176-2190 bp - 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 29168575-29170513(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTTATAGATCTGGG
SmilChr02G003515 Chr02 NC_080388.1:56336582-56336596promoter 内 1946-1960 bp + 2041 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 56338637-56340457(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTATTTAGATCTGGA
SmilChr02G004476 Chr02 NC_080388.1:67156977-67156991promoter 内 1805-1819 bp + 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 67144439-67154795(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGCGGCT
SmilChr01G004502 Chr01 NC_080387.1:63130824-63130838promoter 内 1742-1756 bp + 2245 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 63125172-63128579(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTCATTCC