转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 42 / 121 下载 TSV

上一页 42 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G001453 Chr04 NC_080390.1:23917874-23917888promoter 内 3887-3901 bp - 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 23917988-23918094(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCCGCC
SmilChr02G000199 Chr02 NC_080388.1:2557974-2557988promoter 内 3598-3612 bp - 389 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 2553398-2557585(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTGCAGATCTGCG
SmilChr01G000747 Chr01 NC_080387.1:16549371-16549385promoter 内 2090-2104 bp - 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 16551282-16555327(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACAGATCTGGAATT
SmilChr02G004966 Chr02 NC_080388.1:71576606-71576620promoter 内 399-413 bp - 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 71566548-71573018(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTCGAGATCTGAC
SmilChr03G003747 Chr03 NC_080389.1:56529317-56529331promoter 内 379-393 bp + 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 56532939-56536077(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTATTAGATCTAGG
SmilChr01G000349 Chr01 NC_080387.1:7163941-7163955promoter 内 228-242 bp + 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 7167714-7170836(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTTCAGATCTGCA
SmilChr01G000145 Chr01 NC_080387.1:2437161-2437175promoter 内 187-201 bp + 3800 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 2440975-2446801(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCTGCAGATCTGAA
SmilChr03G002531 Chr03 NC_080389.1:40383468-40383482promoter 内 97-111 bp + 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 3 40377126-40379578(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATTTAGATCT
SmilChr01G002161 Chr01 NC_080387.1:37614842-37614856promoter 内 3622-3636 bp + 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 37615221-37618203(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAGATAGATCTGAC
SmilChr01G003725 Chr01 NC_080387.1:55566745-55566759promoter 内 3526-3540 bp - 461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 55567220-55572343(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAGCTCA
SmilChr01G004849 Chr01 NC_080387.1:66640301-66640315promoter 内 3507-3521 bp - 480 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 66636330-66639821(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TAGCTCAGATCTGAG
SmilChr04G000965 Chr04 NC_080390.1:12891909-12891923promoter 内 3463-3477 bp - 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 12890777-12891385(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCTGCAGATCTGAA
SmilChr02G005266 Chr02 NC_080388.1:73744838-73744852promoter 内 3298-3312 bp + 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 73745541-73756597(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGTGTAGATCTGGT
SmilChr03G001570 Chr03 NC_080389.1:19832280-19832294promoter 内 2732-2746 bp - 1255 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 19833549-19836442(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTCGTTCA
SmilChr01G003352 Chr01 NC_080387.1:52272904-52272918promoter 内 2492-2506 bp + 1495 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 52265747-52271409(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCAGCCGC
SmilChr04G002548 Chr04 NC_080390.1:40764340-40764354promoter 内 2485-2499 bp + 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 40765856-40769360(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGGCTGGATCTGAC
SmilChr04G003343 Chr04 NC_080390.1:50092644-50092658promoter 内 2332-2346 bp + 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 50090916-50090989(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCGGATCTAGAGTT
SmilChr01G004356 Chr01 NC_080387.1:61747825-61747839promoter 内 2283-2297 bp - 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 61749543-61754619(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACAGATCTGTATTT
SmilChr03G003495 Chr03 NC_080389.1:53520524-53520538promoter 内 2282-2296 bp + 1705 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 53514411-53518819(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTAAGCTC
SmilChr02G000679 Chr02 NC_080388.1:10632733-10632747promoter 内 2136-2150 bp - 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 10634598-10635767(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCGTTT
SmilChr04G002670 Chr04 NC_080390.1:42089376-42089390promoter 内 2121-2135 bp + 1866 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 42086115-42087510(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGTGTTT
SmilChr04G001246 Chr04 NC_080390.1:19609818-19609832promoter 内 1836-1850 bp + 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 19598630-19607667(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AACAGATCTAAAACT
SmilChr03G002989 Chr03 NC_080389.1:46713868-46713882promoter 内 1749-1763 bp - 2238 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 46707875-46711630(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATACAGATCTGTA
SmilChr03G002744 Chr03 NC_080389.1:43602791-43602805promoter 内 1557-1571 bp - 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 43605235-43608348(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTACACTG
SmilChr02G005422 Chr02 NC_080388.1:74686062-74686076promoter 内 1222-1236 bp - 2765 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 74681555-74683297(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCACCAGATCTGGG
SmilChr03G001068 Chr03 NC_080389.1:12384293-12384307promoter 内 1127-1141 bp - 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 12387167-12387756(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGCTCCA
SmilChr05G001666 Chr05 NC_080391.1:15793793-15793807promoter 内 720-734 bp + 3267 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 15789540-15790526(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCAAGATCTAAATTC
SmilChr01G000494 Chr01 NC_080387.1:10069933-10069947promoter 内 421-435 bp + 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 10073513-10076671(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGTTTAGATCTGCT
SmilChr03G003702 Chr03 NC_080389.1:55968434-55968448promoter 内 3943-3957 bp - 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 55968492-55972000(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCCATTT
SmilChr02G005265 Chr02 NC_080388.1:73744838-73744852promoter 内 3926-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 73744097-73744777(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTACACGC
SmilChr04G001668 Chr04 NC_080390.1:27651524-27651538promoter 内 3767-3781 bp + 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 27651758-27653644(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTTTAGATCTGTT
SmilChr03G003560 Chr03 NC_080389.1:54249461-54249475promoter 内 3751-3765 bp + 236 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 54249711-54250423(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACATCTAGATCCAAG
SmilChr01G003317 Chr01 NC_080387.1:51893075-51893089promoter 内 3699-3713 bp + 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 51893377-51895680(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATTTAGATCTTGG
SmilChr04G003353 Chr04 NC_080390.1:50134878-50134892promoter 内 3607-3621 bp + 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 50130386-50134498(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CACAGATCTAAAATT
SmilChr01G005267 Chr01 NC_080387.1:70120115-70120129promoter 内 3583-3597 bp - 404 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 70120533-70121264(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCAGGATT
SmilChr05G001256 Chr05 NC_080391.1:10691423-10691437promoter 内 3461-3475 bp - 526 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 10691963-10699580(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCATTCCA
SmilChr01G000146 Chr01 NC_080387.1:2494318-2494332promoter 内 3384-3398 bp - 603 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 2494935-2498868(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCGACCCG
SmilChr03G001884 Chr03 NC_080389.1:26244856-26244870promoter 内 3378-3392 bp + 609 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 26243055-26244247(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAATATT
SmilChr01G004036 Chr01 NC_080387.1:58776573-58776587promoter 内 3220-3234 bp - 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 58777354-58779040(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGTGCCT
SmilChr05G000686 Chr05 NC_080391.1:5199428-5199442promoter 内 3214-3228 bp + 773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 5200215-5202676(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCCAAATCTGAA
SmilChr04G001827 Chr04 NC_080390.1:29807166-29807180promoter 内 3128-3142 bp - 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 29808039-29808850(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTCCATCC
SmilChr02G004823 Chr02 NC_080388.1:70339917-70339931promoter 内 2811-2825 bp + 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 70334940-70338741(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAATATT
SmilChr04G001458 Chr04 NC_080390.1:23996179-23996193promoter 内 2443-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 23991754-23994635(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTAAGCCA
SmilChr04G001403 Chr04 NC_080390.1:22838288-22838302promoter 内 2423-2437 bp - 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 22839866-22841266(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCGTTCCT
SmilChr01G004014 Chr01 NC_080387.1:58553973-58553987promoter 内 2263-2277 bp + 1724 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 58555711-58557670(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCCAAATCTGAA
SmilChr04G002110 Chr04 NC_080390.1:34088416-34088430promoter 内 2189-2203 bp + 1798 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 34084938-34086618(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCATTACC
SmilChr01G004760 Chr01 NC_080387.1:65788698-65788712promoter 内 2000-2014 bp - 1987 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 65790699-65793386(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTACTACT
SmilChr05G001704 Chr05 NC_080391.1:16268869-16268883promoter 内 1952-1966 bp - 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 16270918-16272794(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCAGTCT
SmilChr04G001669 Chr04 NC_080390.1:27651524-27651538promoter 内 1868-1882 bp + 2119 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 27653657-27654279(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTTTAGATCTGTT
SmilChr01G001971 Chr01 NC_080387.1:35109739-35109753promoter 内 1762-1776 bp - 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 35104121-35107514(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATATTGGATCTGAA