转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003973; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011986-RA_Salv SmilChr04G003973 HD-ZIP XP_057805857.1 MP00013 TAATGATTGG

可能结合的靶基因

9712 个结合位点 5927 个候选靶基因 第 43 / 119 下载 TSV

上一页 43 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001261 Chr02 NC_080388.1:23117702-23117711promoter 内 2117-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 23119586-23122429(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGC
SmilChr01G001644 Chr01 NC_080387.1:30472407-30472416promoter 内 2037-2046 bp + 1955 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 30468589-30470452(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr01G002465 Chr01 NC_080387.1:42337354-42337363promoter 内 1997-2006 bp - 1995 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 42339358-42340635(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr02G003102 Chr02 NC_080388.1:51955907-51955916promoter 内 1978-1987 bp - 2014 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 51951341-51953893(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGG
SmilChr01G005342 Chr01 NC_080387.1:70643328-70643337promoter 内 1944-1953 bp + 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 70630561-70641280(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr01G002828 Chr01 NC_080387.1:46878573-46878582promoter 内 1928-1937 bp - 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 46873713-46876509(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCATGATTGC
SmilChr02G003053 Chr02 NC_080388.1:51319035-51319044promoter 内 1915-1924 bp - 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 51313832-51316958(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCATGATTGC
SmilChr02G003133 Chr02 NC_080388.1:52351445-52351454promoter 内 1899-1908 bp + 2093 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 52353547-52356675(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCATGATTGC
SmilChr02G002099 Chr02 NC_080388.1:37660443-37660452promoter 内 1798-1807 bp + 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 37662646-37667014(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGG
SmilChr01G004759 Chr01 NC_080387.1:65791183-65791192promoter 内 1750-1759 bp + 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 65785348-65788941(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr02G003447 Chr02 NC_080388.1:55719222-55719231promoter 内 1665-1674 bp + 2327 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 55721558-55722746(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCATGATTGC
SmilChr01G004761 Chr01 NC_080387.1:65791183-65791192promoter 内 1611-1620 bp + 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 65793573-65796299(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGG
SmilChr01G001102 Chr01 NC_080387.1:22546946-22546955promoter 内 1490-1499 bp - 2502 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 22549457-22555678(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr01G002308 Chr01 NC_080387.1:40011637-40011646promoter 内 1350-1359 bp + 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 40014288-40021864(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGG
SmilChr01G006045 Chr01 NC_080387.1:75957957-75957966promoter 内 1344-1353 bp + 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 75960614-75962698(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGG
SmilChr01G004597 Chr01 NC_080387.1:63950371-63950380promoter 内 1340-1349 bp + 2652 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 63944759-63947719(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGC
SmilChr02G003365 Chr02 NC_080388.1:54776946-54776955promoter 内 1255-1264 bp + 2737 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54766824-54774209(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr02G001065 Chr02 NC_080388.1:18986418-18986427promoter 内 1122-1131 bp + 2870 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 18981122-18983548(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr01G005180 Chr01 NC_080387.1:69520649-69520658promoter 内 1113-1122 bp + 2879 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 69523537-69526664(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGG
SmilChr01G005344 Chr01 NC_080387.1:70657425-70657434promoter 内 1082-1091 bp + 2910 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 70660344-70661647(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGG
SmilChr02G000132 Chr02 NC_080388.1:1807703-1807712promoter 内 973-982 bp + 3019 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 1810731-1822372(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCATGATTGC
SmilChr01G002194 Chr01 NC_080387.1:38108841-38108850promoter 内 891-900 bp - 3101 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 38103707-38105740(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGG
SmilChr02G001072 Chr02 NC_080388.1:19097640-19097649promoter 内 885-894 bp + 3107 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 19100756-19104184(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGG
SmilChr02G003222 Chr02 NC_080388.1:53441227-53441236promoter 内 819-828 bp - 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 53444409-53444987(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr01G006080 Chr01 NC_080387.1:76244398-76244407promoter 内 811-820 bp + 3181 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 76247588-76263142(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGG
SmilChr01G005343 Chr01 NC_080387.1:70657425-70657434promoter 内 793-802 bp + 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 70643676-70654226(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr01G000872 Chr01 NC_080387.1:18598354-18598363promoter 内 786-795 bp - 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 18594111-18595148(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGG
SmilChr01G004797 Chr01 NC_080387.1:66192732-66192741promoter 内 786-795 bp - 3206 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 66195947-66196019(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr01G005225 Chr01 NC_080387.1:69794020-69794029promoter 内 775-784 bp + 3217 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 69786888-69790803(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr01G005226 Chr01 NC_080387.1:69805064-69805073promoter 内 769-778 bp + 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 69797931-69801841(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr02G003445 Chr02 NC_080388.1:55719222-55719231promoter 内 760-769 bp + 3232 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 55713959-55715990(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGC
SmilChr01G005142 Chr01 NC_080387.1:69212476-69212485promoter 内 652-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 69199702-69209136(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCATGATTGC
SmilChr01G005432 Chr01 NC_080387.1:71481551-71481560promoter 内 565-574 bp - 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 71474331-71478124(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGG
SmilChr02G000898 Chr02 NC_080388.1:15414311-15414320promoter 内 480-489 bp - 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 15417832-15420844(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr01G005334 Chr01 NC_080387.1:70547634-70547643promoter 内 447-456 bp + 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 70542168-70544089(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGC
SmilChr01G005473 Chr01 NC_080387.1:71713083-71713092promoter 内 423-432 bp + 3569 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 71716661-71719500(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGG
SmilChr01G004753 Chr01 NC_080387.1:65736392-65736401promoter 内 375-384 bp - 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 65740018-65742746(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr01G003594 Chr01 NC_080387.1:54500655-54500664promoter 内 323-332 bp + 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 54504333-54504439(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 AGATGATTGG
SmilChr01G000336 Chr01 NC_080387.1:6861840-6861849promoter 内 253-262 bp - 3739 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 6865588-6870420(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr01G006093 Chr01 NC_080387.1:76412519-76412528promoter 内 130-139 bp + 3862 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 76405283-76408657(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr02G001305 Chr02 NC_080388.1:24229621-24229630promoter 内 80-89 bp - 3912 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.4/ 100 1 24233542-24236968(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATCT
SmilChr01G002577 Chr01 NC_080387.1:43917658-43917667promoter 内 1502-1511 bp - 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 14 43920157-43922480(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTA
SmilChr02G002416 Chr02 NC_080388.1:42153100-42153109promoter 内 882-891 bp - 3110 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 9 42149232-42149990(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGA
SmilChr02G003172 Chr02 NC_080388.1:52824715-52824724promoter 内 3685-3694 bp + 307 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 6 52825031-52826664(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TTATGATTGG
SmilChr02G002229 Chr02 NC_080388.1:39643127-39643136promoter 内 3374-3383 bp - 618 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 5 39638466-39642509(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGA
SmilChr01G003090 Chr01 NC_080387.1:49721214-49721223promoter 内 3041-3050 bp + 951 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 5 49717894-49720263(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTA
SmilChr01G005881 Chr01 NC_080387.1:74745369-74745378promoter 内 2896-2905 bp - 1096 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 5 74743185-74744273(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGA
SmilChr01G003753 Chr01 NC_080387.1:55909440-55909449promoter 内 2692-2701 bp - 1300 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 5 55910749-55913422(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCAATCATTA
SmilChr01G003091 Chr01 NC_080387.1:49722635-49722644promoter 内 1964-1973 bp + 2028 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 5 49724672-49735047(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TAATGATTGA
SmilChr01G002337 Chr01 NC_080387.1:40555519-40555528promoter 内 995-1004 bp + 2997 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.3/ 100 5 40547927-40552522(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCATAA