转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002075; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008328-RA_Salv SmilChr07G002075 C2H2 XP_057773918.1 MP00485 TTTTTTTTTGTCGTTTTCTG

可能结合的靶基因

8059 个结合位点 7130 个候选靶基因 第 43 / 143 下载 TSV

上一页 43 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G002422 Chr08 NC_080394.1:23006198-23006217promoter 内 1121-1140 bp - 2861 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 23009078-23016751(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATTAGAAGACAAAAAAAAT
SmilChr06G001611 Chr06 NC_080392.1:17940997-17941016promoter 内 1115-1134 bp - 2867 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 17943883-17945334(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CATAAAAAGCCAAAAAAAAA
SmilChr04G001086 Chr04 NC_080390.1:15571290-15571309promoter 内 1103-1122 bp + 2879 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 15565338-15568411(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CACAACATGACAAAACAACA
SmilChr04G003705 Chr04 NC_080390.1:53384495-53384514promoter 内 1097-1116 bp + 2885 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 53376171-53381610(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAGAAAACAACAAAAACTAT
SmilChr01G005048 Chr01 NC_080387.1:68420939-68420958promoter 内 1051-1070 bp + 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 68404875-68418008(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAATAAAAGACAAAATACGA
SmilChr03G001924 Chr03 NC_080389.1:27005404-27005423promoter 内 1051-1070 bp - 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 27001881-27002473(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GATGATTTTGTCATTTTCTT
SmilChr06G000319 Chr06 NC_080392.1:2338770-2338789promoter 内 936-955 bp - 3046 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2333583-2335724(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTTTTTTGTCATTTCGTA
SmilChr05G001439 Chr05 NC_080391.1:13145441-13145460promoter 内 811-830 bp + 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 13140451-13142270(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAAAAAATGACAAAAAAGTA
SmilChr03G003492 Chr03 NC_080389.1:53492772-53492791promoter 内 705-724 bp - 3277 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 53484523-53489495(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTTTTTTGTCATTTCGTA
SmilChr06G001535 Chr06 NC_080392.1:16577960-16577979promoter 内 672-691 bp - 3310 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16581289-16586814(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AACAAAAAAACAAAAAAAAA
SmilChr02G003445 Chr02 NC_080388.1:55719369-55719388promoter 内 603-622 bp - 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55713959-55715990(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTGTTTTGTCTGTTAGCT
SmilChr03G000039 Chr03 NC_080389.1:470577-470596promoter 内 558-577 bp + 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 465133-467153(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAAATGACAAAAAAATT
SmilChr04G000301 Chr04 NC_080390.1:2790982-2791001promoter 内 500-519 bp - 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2785965-2787500(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTGTTTTTTGGCGGTTTCTT
SmilChr08G001121 Chr08 NC_080394.1:8721008-8721027promoter 内 472-491 bp - 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 8724537-8733411(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AACAAAAAAACAAAAAAAAA
SmilChr07G000640 Chr07 NC_080393.1:4319455-4319474promoter 内 446-465 bp + 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4312094-4315919(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TATAATACGACAAAACACGA
SmilChr05G000047 Chr05 NC_080391.1:218903-218922promoter 内 373-392 bp + 3609 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 222531-225167(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTATGTTTTGTCGTAATTTG
SmilChr08G002770 Chr08 NC_080394.1:27345244-27345263promoter 内 304-323 bp - 3678 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 27339625-27341566(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTATTTTGTCATTTTGGT
SmilChr05G003952 Chr05 NC_080391.1:53245806-53245825promoter 内 285-304 bp - 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 53249522-53250379(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAAAAGAGGACAAAATGTTA
SmilChr01G002143 Chr01 NC_080387.1:37417825-37417844promoter 内 279-298 bp + 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 37405867-37414122(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAAAGAGGACAAAAGTTAA
SmilChr01G002809 Chr01 NC_080387.1:46632814-46632833promoter 内 267-286 bp - 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 46625784-46629099(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CAAGATTTTGTCGTGTTCAG
SmilChr08G002335 Chr08 NC_080394.1:22008007-22008026promoter 内 265-284 bp - 3717 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 22002474-22004290(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTTTTTTGTCTTTTCATA
SmilChr04G002847 Chr04 NC_080390.1:44585972-44585991promoter 内 248-267 bp - 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 44581122-44582238(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 CTAAGTTTTGTCTTTTCCCT
SmilChr08G003549 Chr08 NC_080394.1:38112141-38112160promoter 内 247-266 bp + 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38107632-38108406(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TACGAAATGACAAAAAAAAA
SmilChr03G004715 Chr03 NC_080389.1:64391889-64391908promoter 内 242-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 64395648-64397776(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TTTTTTTTTGTCATTTCGTA
SmilChr07G002466 Chr07 NC_080393.1:23189364-23189383promoter 内 175-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 23193190-23199935(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAAGCTTTTGTCTTTTTTCT
SmilChr07G001506 Chr07 NC_080393.1:12017891-12017910promoter 内 134-153 bp - 3848 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12010702-12014043(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATCTATTTTGTCCTTTTATC
SmilChr07G001543 Chr07 NC_080393.1:12547758-12547777promoter 内 79-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 12540478-12543855(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 ATCTATTTTGTCCTTTTATC
SmilChr01G004367 Chr01 NC_080387.1:61855510-61855529promoter 内 1521-1540 bp - 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 3 61851179-61853049(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GCATTGCTTGTCGTCTTCTG
SmilChr02G001339 Chr02 NC_080388.1:24904950-24904969promoter 内 3963-3982 bp + 19 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 24903546-24904931(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAGATAAGGACAAAACCACA
SmilChr04G000768 Chr04 NC_080390.1:9420995-9421014promoter 内 3864-3883 bp + 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 9421132-9426053(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AATTCTGTTGTCCTTTTCTG
SmilChr03G004146 Chr03 NC_080389.1:60288772-60288791promoter 内 3816-3835 bp - 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 60288957-60292020(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAAAAAAAGACAAAATGTAT
SmilChr05G002580 Chr05 NC_080391.1:29032846-29032865promoter 内 3555-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 29033292-29037444(+) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 TAAATAAAGACAAAATAAAA
SmilChr08G004587 Chr08 NC_080394.1:55446756-55446775promoter 内 3111-3130 bp - 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 55442429-55445885(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GAACTTTTTGTCTTTTTATT
SmilChr03G004089 Chr03 NC_080389.1:59790395-59790414promoter 内 2635-2654 bp + 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 59786087-59789048(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 GCTAAAACGACAAAATTAAT
SmilChr02G001022 Chr02 NC_080388.1:18091537-18091556promoter 内 2623-2642 bp + 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 18087031-18090178(-) SMil_00008328-RA_Salv MP00485 AAAATAAAGACAAAAACGAG
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