转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 43 / 121 下载 TSV

上一页 43 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000202 Chr02 NC_080388.1:2604243-2604257promoter 内 1760-1774 bp - 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 2606484-2608618(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGTGCCT
SmilChr02G002219 Chr02 NC_080388.1:39457317-39457331promoter 内 1425-1439 bp - 2562 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 39459893-39466174(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGATCTGAACTT
SmilChr05G000587 Chr05 NC_080391.1:4439885-4439899promoter 内 1390-1404 bp + 2597 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 4442496-4444238(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACAATTAGATCTAAG
SmilChr02G005023 Chr02 NC_080388.1:71979006-71979020promoter 内 1336-1350 bp + 2651 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 71981671-71985177(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGTTTTAGATCTAAG
SmilChr01G005239 Chr01 NC_080387.1:69955611-69955625promoter 内 1324-1338 bp - 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 69952447-69952948(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAGCTAGATCCGAA
SmilChr01G004960 Chr01 NC_080387.1:67696401-67696415promoter 内 1128-1142 bp - 2859 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 67692933-67693542(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGAAGTAGATCTGTG
SmilChr02G003878 Chr02 NC_080388.1:60840094-60840108promoter 内 1035-1049 bp + 2952 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 60843060-60846333(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGCTTAGATCTGGG
SmilChr01G005134 Chr01 NC_080387.1:69144455-69144469promoter 内 838-852 bp + 3149 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 69141234-69141306(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTACATTG
SmilChr01G001572 Chr01 NC_080387.1:29761896-29761910promoter 内 830-844 bp + 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 29765067-29765138(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATATTGGATCTGAA
SmilChr04G002619 Chr04 NC_080390.1:41597755-41597769promoter 内 827-841 bp + 3160 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 41600929-41605099(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATGGGGATCTGAA
SmilChr04G002661 Chr04 NC_080390.1:42014273-42014287promoter 内 799-813 bp + 3188 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 42017475-42021643(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATGGGGATCTGAA
SmilChr04G003093 Chr04 NC_080390.1:47559315-47559329promoter 内 752-766 bp + 3235 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 47562564-47565348(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATGGAGATCTGAG
SmilChr01G004662 Chr01 NC_080387.1:64727375-64727389promoter 内 729-743 bp + 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 64721669-64724117(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCCGACTCG
SmilChr02G002926 Chr02 NC_080388.1:49662921-49662935promoter 内 712-726 bp - 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 49666210-49667026(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTCCATCT
SmilChr05G000685 Chr05 NC_080391.1:5199428-5199442promoter 内 679-693 bp + 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 5194324-5196120(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATTTGGATTT
SmilChr03G003825 Chr03 NC_080389.1:57342099-57342113promoter 内 666-680 bp + 3321 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 57336708-57338778(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCGAGATCTAGGTGC
SmilChr01G005206 Chr01 NC_080387.1:69718393-69718407promoter 内 628-642 bp - 3359 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 69721766-69722389(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAATGAC
SmilChr03G003339 Chr03 NC_080389.1:51684454-51684468promoter 内 522-536 bp + 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 51680126-51680989(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGCAGATCTATATAT
SmilChr02G000919 Chr02 NC_080388.1:15908978-15908992promoter 内 462-476 bp - 3525 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 15903958-15905453(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGGCTAGATCTCAT
SmilChr04G003309 Chr04 NC_080390.1:49825061-49825075promoter 内 354-368 bp - 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 49819436-49821428(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGGAATGGATCTGAG
SmilChr05G000687 Chr05 NC_080391.1:5199428-5199442promoter 内 287-301 bp + 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 5203142-5209542(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCCAAATCTGAA
SmilChr02G000306 Chr02 NC_080388.1:3851442-3851456promoter 内 278-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 3855165-3858519(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATGTTAGATCTGAA
SmilChr01G005242 Chr01 NC_080387.1:69955611-69955625promoter 内 257-271 bp - 3730 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 69959355-69959968(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCGGATCTAGCTTT
SmilChr01G002195 Chr01 NC_080387.1:38105058-38105072promoter 内 52-66 bp - 3935 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 38109007-38109480(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTGAGATCTAATGCC
SmilChr05G000064 Chr05 NC_080391.1:308413-308427promoter 内 27-41 bp - 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 312387-314742(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCGAAAT
SmilChr01G004959 Chr01 NC_080387.1:67685874-67685888promoter 内 2228-2242 bp - 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 8 67687647-67692378(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGCCGCC
SmilChr02G001636 Chr02 NC_080388.1:30354734-30354748promoter 内 483-497 bp + 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 8 30358252-30362714(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGGATCAGATCTGCC
SmilChr02G001766 Chr02 NC_080388.1:32405745-32405759promoter 内 2975-2989 bp - 1012 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 7 32404592-32404733(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAGATCAGATCTGAT
SmilChr03G000488 Chr03 NC_080389.1:5218934-5218948promoter 内 2694-2708 bp - 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 7 5220241-5222556(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGATCTG
SmilChr04G002776 Chr04 NC_080390.1:43568689-43568703promoter 内 1491-1505 bp + 2496 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 7 43571199-43574763(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGAT
SmilChr04G001221 Chr04 NC_080390.1:19075639-19075653promoter 内 966-980 bp - 3021 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 7 19071724-19072618(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGAT
SmilChr05G001536 Chr05 NC_080391.1:14046457-14046471promoter 内 709-723 bp - 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 7 14039608-14043179(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGAT
SmilChr02G001767 Chr02 NC_080388.1:32405745-32405759promoter 内 616-630 bp - 3371 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 7 32409130-32411706(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGATCTG
SmilChr02G003468 Chr02 NC_080388.1:55979555-55979569promoter 内 460-474 bp + 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 7 55983096-55985779(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGTGGCGGATCTGAT
SmilChr02G002064 Chr02 NC_080388.1:37202358-37202372promoter 内 3479-3493 bp + 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 6 37199198-37201850(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGCCGCC
SmilChr03G000389 Chr03 NC_080389.1:4299200-4299214promoter 内 3323-3337 bp + 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 6 4297428-4298536(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGCCGCC
SmilChr01G000801 Chr01 NC_080387.1:17290833-17290847promoter 内 3229-3243 bp + 758 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 6 17291605-17295058(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGAT
SmilChr01G000753 Chr01 NC_080387.1:16613010-16613024promoter 内 3216-3230 bp - 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 6 16608795-16612239(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGAT
SmilChr01G004284 Chr01 NC_080387.1:61069556-61069570promoter 内 2634-2648 bp + 1353 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 6 61070923-61074006(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGAT
SmilChr03G003236 Chr03 NC_080389.1:50262083-50262097promoter 内 2364-2378 bp + 1623 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 6 50263720-50268385(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGAT
SmilChr04G002211 Chr04 NC_080390.1:35783098-35783112promoter 内 1843-1857 bp - 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 6 35785256-35792216(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGCCACC
SmilChr03G003235 Chr03 NC_080389.1:50262083-50262097promoter 内 1058-1072 bp + 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 6 50257257-50259154(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGCCGCC
SmilChr01G005332 Chr01 NC_080387.1:70518466-70518480promoter 内 480-494 bp - 3507 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 6 70513261-70514959(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGAT
SmilChr02G001193 Chr02 NC_080388.1:21958970-21958984promoter 内 2798-2812 bp + 1189 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 5 21960173-21963698(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGAT
SmilChr01G001230 Chr01 NC_080387.1:24720578-24720592promoter 内 679-693 bp - 3308 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 5 24723900-24725622(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGATCTG
SmilChr02G001852 Chr02 NC_080388.1:33739781-33739795promoter 内 2250-2264 bp - 1737 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 33741532-33744438(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGATCTG
SmilChr05G000039 Chr05 NC_080391.1:184010-184024promoter 内 2099-2113 bp + 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 178118-182122(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGATCTG
SmilChr02G001552 Chr02 NC_080388.1:28803101-28803115promoter 内 502-516 bp - 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 4 28806600-28807767(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGATCTG
SmilChr02G004017 Chr02 NC_080388.1:62467106-62467120promoter 内 3344-3358 bp - 643 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 62458265-62466463(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCCCGATCTGAA
SmilChr04G002398 Chr04 NC_080390.1:38527004-38527018promoter 内 3096-3110 bp + 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 3 38527909-38529959(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAAGATAGATCTGAA