转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G002207; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022278-RA_Salv SmilChr03G002207 WRKY XP_057801109.1 MP00299 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9699 个结合位点 5919 个候选靶基因 第 46 / 119 下载 TSV

上一页 46 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000834 Chr02 NC_080388.1:14103765-14103775promoter 内 3068-3078 bp - 923 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 14104698-14107272(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTTAG
SmilChr01G002364 Chr01 NC_080387.1:40805291-40805301promoter 内 3053-3063 bp - 938 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 40806239-40815704(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G002498 Chr01 NC_080387.1:42818567-42818577promoter 内 3020-3030 bp - 971 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 42817078-42817596(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr02G002225 Chr02 NC_080388.1:39570654-39570664promoter 内 3009-3019 bp - 982 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 39567398-39569672(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr02G000080 Chr02 NC_080388.1:1042323-1042333promoter 内 2984-2994 bp - 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 1043340-1053146(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTTAT
SmilChr02G000410 Chr02 NC_080388.1:5154776-5154786promoter 内 2946-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 5155831-5158826(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G002855 Chr01 NC_080387.1:47133833-47133843promoter 内 2892-2902 bp - 1099 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 47129976-47132734(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr02G004114 Chr02 NC_080388.1:63439225-63439235promoter 内 2881-2891 bp + 1110 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 63440345-63441890(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr01G002701 Chr01 NC_080387.1:45296867-45296877promoter 内 2874-2884 bp - 1117 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 45283580-45295750(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr01G005313 Chr01 NC_080387.1:70388213-70388223promoter 内 2869-2879 bp - 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 70389345-70389935(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTG
SmilChr02G000931 Chr02 NC_080388.1:16233816-16233826promoter 内 2846-2856 bp - 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 16234971-16238879(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTG
SmilChr01G001031 Chr01 NC_080387.1:21475956-21475966promoter 内 2778-2788 bp + 1213 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 21469046-21474743(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G002856 Chr01 NC_080387.1:47133833-47133843promoter 内 2777-2787 bp - 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 47135057-47139130(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G005198 Chr01 NC_080387.1:69667933-69667943promoter 内 2744-2754 bp + 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 69666107-69666686(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 GGTTGACTTGA
SmilChr01G005555 Chr01 NC_080387.1:72372420-72372430promoter 内 2704-2714 bp + 1287 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 72373717-72376075(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr02G003489 Chr02 NC_080388.1:56146008-56146018promoter 内 2641-2651 bp - 1350 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 56147368-56149864(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G000413 Chr01 NC_080387.1:8373690-8373700promoter 内 2632-2642 bp - 1359 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 8375059-8378406(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTTAG
SmilChr01G002920 Chr01 NC_080387.1:47974222-47974232promoter 内 2622-2632 bp - 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 47970777-47972853(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr01G006089 Chr01 NC_080387.1:76377671-76377681promoter 内 2530-2540 bp - 1461 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 76379142-76387200(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTTAG
SmilChr02G002227 Chr02 NC_080388.1:39622100-39622110promoter 内 2506-2516 bp - 1485 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 39619583-39620615(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr01G002745 Chr01 NC_080387.1:45778772-45778782promoter 内 2447-2457 bp + 1544 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 45769517-45777228(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTG
SmilChr01G005202 Chr01 NC_080387.1:69696115-69696125promoter 内 2414-2424 bp + 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 69693884-69694538(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTG
SmilChr02G000166 Chr02 NC_080388.1:2135179-2135189promoter 内 2389-2399 bp - 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 2136791-2137216(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G003121 Chr01 NC_080387.1:50035255-50035265promoter 内 2382-2392 bp - 1609 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 50031791-50033646(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 ATAAGTCAACT
SmilChr01G004855 Chr01 NC_080387.1:66729684-66729694promoter 内 2335-2345 bp + 1656 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 66731350-66734673(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr02G000007 Chr02 NC_080388.1:63682-63692promoter 内 2334-2344 bp + 1657 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 60632-62025(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTGTG
SmilChr02G003014 Chr02 NC_080388.1:50825151-50825161promoter 内 2331-2341 bp + 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 50826821-50828044(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TCAAGTCAACC
SmilChr02G004208 Chr02 NC_080388.1:64347247-64347257promoter 内 2329-2339 bp + 1662 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 64342311-64345585(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr02G001270 Chr02 NC_080388.1:23259283-23259293promoter 内 2317-2327 bp + 1674 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 23248477-23257609(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G005599 Chr01 NC_080387.1:72594838-72594848promoter 内 2269-2279 bp - 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 72592996-72593116(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr01G003463 Chr01 NC_080387.1:53207689-53207699promoter 内 2263-2273 bp + 1728 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 53209427-53212949(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AACAGTCAACT
SmilChr01G005963 Chr01 NC_080387.1:75355664-75355674promoter 内 2231-2241 bp + 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 75357434-75360410(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AAAAGTCAAAA
SmilChr02G001150 Chr02 NC_080388.1:20957836-20957846promoter 内 2230-2240 bp - 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 20959607-20961547(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTG
SmilChr01G005891 Chr01 NC_080387.1:74850714-74850724promoter 内 2223-2233 bp + 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 74852492-74855151(+) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TCAAGTCAACC
SmilChr02G000831 Chr02 NC_080388.1:14091951-14091961promoter 内 2202-2212 bp + 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 14087237-14090162(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 TTTTGACTTTT
SmilChr01G002374 Chr01 NC_080387.1:40966020-40966030promoter 内 2180-2190 bp + 1811 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 40960406-40964209(-) SMil_00022278-RA_Salv MP00299 AGTTGACTGTT
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