转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 46 / 121 下载 TSV

上一页 46 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003000 Chr04 NC_080390.1:46407309-46407323promoter 内 816-830 bp - 3171 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 46401567-46404138(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AATTATGGATCTGAA
SmilChr01G001817 Chr01 NC_080387.1:33105815-33105829promoter 内 742-756 bp + 3245 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 33099523-33102570(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCGGATCTAGCTTT
SmilChr04G002362 Chr04 NC_080390.1:38104420-38104434promoter 内 738-752 bp + 3249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 38107683-38113503(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCGAGATCTGGG
SmilChr02G003845 Chr02 NC_080388.1:60214316-60214330promoter 内 572-586 bp - 3415 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 60206723-60210901(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TACTCTAGATCTCAG
SmilChr01G003059 Chr01 NC_080387.1:49480039-49480053promoter 内 567-581 bp - 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49483473-49487851(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCATCCCC
SmilChr04G000113 Chr04 NC_080390.1:987169-987183promoter 内 563-577 bp - 3424 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 980419-983745(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGATATAGATCTGCA
SmilChr01G000054 Chr01 NC_080387.1:847729-847743promoter 内 459-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 851271-853373(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGCGAGATCTGGG
SmilChr04G003256 Chr04 NC_080390.1:49304402-49304416promoter 内 408-422 bp + 3579 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 49299723-49300823(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAGCTGC
SmilChr04G000123 Chr04 NC_080390.1:1053605-1053619promoter 内 372-386 bp - 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 1057234-1061256(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTAAGATCTAAATCA
SmilChr01G004742 Chr01 NC_080387.1:65613439-65613453promoter 内 368-382 bp - 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 65603892-65609820(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAGTTTAGATCTCAT
SmilChr02G001273 Chr02 NC_080388.1:23302243-23302257promoter 内 367-381 bp - 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 23295339-23298623(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCGGGCAGATCTGGG
SmilChr01G004548 Chr01 NC_080387.1:63611780-63611794promoter 内 294-308 bp + 3693 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 63605638-63608087(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTCGATTT
SmilChr01G005653 Chr01 NC_080387.1:72899619-72899633promoter 内 272-286 bp + 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 72893237-72895904(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCGGATCTAGCTTT
SmilChr01G002306 Chr01 NC_080387.1:39988284-39988298promoter 内 268-282 bp + 3719 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 39992017-39993315(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTCCTAGATCTGTG
SmilChr01G000117 Chr01 NC_080387.1:2035803-2035817promoter 内 250-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 2031059-2032066(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAGCTGC
SmilChr04G002901 Chr04 NC_080390.1:45272074-45272088promoter 内 157-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 45275918-45278874(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCGCGCC
SmilChr04G002042 Chr04 NC_080390.1:33149493-33149507promoter 内 109-123 bp - 3878 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 33144636-33145615(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATGCCTAGATCTGAA
SmilChr01G001243 Chr01 NC_080387.1:24938196-24938210promoter 内 92-106 bp + 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 24933517-24934301(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTGAGATCTAGCTGC
SmilChr03G003932 Chr03 NC_080389.1:58394208-58394222promoter 内 92-106 bp + 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.7/ 100 1 58380573-58390313(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTCCACCC
SmilChr02G003125 Chr02 NC_080388.1:52247767-52247781promoter 内 3935-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 9 52244355-52247715(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr01G005074 Chr01 NC_080387.1:68620227-68620241promoter 内 1762-1776 bp + 2225 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 7 68622466-68624722(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTGCAGATCTGGC
SmilChr02G001452 Chr02 NC_080388.1:27188828-27188842promoter 内 3348-3362 bp - 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 6 27189481-27190619(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGACGGC
SmilChr01G000255 Chr01 NC_080387.1:4888043-4888057promoter 内 3319-3333 bp - 668 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 6 4888725-4895148(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGGCGG
SmilChr03G001494 Chr03 NC_080389.1:18230040-18230054promoter 内 2966-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 5 18231075-18233159(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCACTTC
SmilChr04G001772 Chr04 NC_080390.1:29121690-29121704promoter 内 2946-2960 bp + 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 5 29122745-29126625(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTGCAGATCTGGC
SmilChr02G001451 Chr02 NC_080388.1:27186414-27186428promoter 内 3790-3804 bp - 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 27186625-27188045(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGACGGC
SmilChr04G000463 Chr04 NC_080390.1:4946312-4946326promoter 内 3198-3212 bp + 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 4947115-4949983(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCTCTAGATCCGAT
SmilChr04G000361 Chr04 NC_080390.1:3592675-3592689promoter 内 1697-1711 bp + 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 3594979-3596101(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr01G002747 Chr01 NC_080387.1:45793531-45793545promoter 内 1362-1376 bp + 2625 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 45796170-45797467(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GATTGCAGATCTGGC
SmilChr02G001450 Chr02 NC_080388.1:27186414-27186428promoter 内 896-910 bp - 3091 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 4 27181809-27183323(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCCGTCAGATCTGAT
SmilChr01G002427 Chr01 NC_080387.1:41806110-41806124promoter 内 3934-3948 bp - 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 41802750-41806057(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr01G001409 Chr01 NC_080387.1:27679647-27679661promoter 内 3530-3544 bp + 457 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 27680118-27683052(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr02G000312 Chr02 NC_080388.1:3940496-3940510promoter 内 3519-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 3937146-3940028(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr03G002463 Chr03 NC_080389.1:39079001-39079015promoter 内 3490-3504 bp + 497 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 39079512-39082377(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr02G001661 Chr02 NC_080388.1:30835317-30835331promoter 内 2837-2851 bp + 1150 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 30836481-30838937(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTTACAGATCTGAT
SmilChr02G004002 Chr02 NC_080388.1:62349932-62349946promoter 内 2435-2449 bp - 1552 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 62351498-62356060(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTAGGCGG
SmilChr01G003953 Chr01 NC_080387.1:57915732-57915746promoter 内 2372-2386 bp - 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 57917361-57918624(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAAATAT
SmilChr04G002232 Chr04 NC_080390.1:36030276-36030290promoter 内 1854-1868 bp + 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 36032423-36033049(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CGAAACAGATCTGAC
SmilChr01G002409 Chr01 NC_080387.1:41459665-41459679promoter 内 1557-1571 bp + 2430 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 41462109-41463061(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr01G001408 Chr01 NC_080387.1:27679647-27679661promoter 内 651-665 bp + 3336 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 27673850-27676311(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCACTTC
SmilChr01G003346 Chr01 NC_080387.1:52224866-52224880promoter 内 537-551 bp - 3450 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 52228330-52230730(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCAGATCTGGCGTC
SmilChr04G001204 Chr04 NC_080390.1:18596081-18596095promoter 内 276-290 bp + 3711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 3 18589429-18592370(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGTTCGT
SmilChr02G001351 Chr02 NC_080388.1:25281947-25281961promoter 内 3920-3934 bp - 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 25278593-25281880(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr03G001573 Chr03 NC_080389.1:19866330-19866344promoter 内 3820-3834 bp - 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 19863081-19866163(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr04G003903 Chr04 NC_080390.1:54801652-54801666promoter 内 3792-3806 bp + 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 54801861-54808607(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCTCTAGATCTAGG
SmilChr03G000643 Chr03 NC_080389.1:7131110-7131124promoter 内 3743-3757 bp + 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 7127426-7130866(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCACTTC
SmilChr03G001542 Chr03 NC_080389.1:19352123-19352137promoter 内 3738-3752 bp + 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 19349623-19351874(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTCACTTC
SmilChr01G000007 Chr01 NC_080387.1:164745-164759promoter 内 3630-3644 bp - 357 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 161384-164388(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG
SmilChr03G000470 Chr03 NC_080389.1:5024191-5024205promoter 内 3603-3617 bp - 384 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 5020320-5023807(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTTTCTAGATCTAAA
SmilChr01G001819 Chr01 NC_080387.1:33126653-33126667promoter 内 3589-3603 bp - 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.6/ 100 2 33123324-33126255(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAAGTGAGATCTGAG