转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 47 / 142 下载 TSV

上一页 47 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002540 Chr03 NC_080389.1:40559387-40559401promoter 内 1073-1087 bp - 2914 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 40551539-40556473(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACACACG
SmilChr05G003695 Chr05 NC_080391.1:50067245-50067259promoter 内 560-574 bp - 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 50061296-50063818(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATACT
SmilChr03G003582 Chr03 NC_080389.1:54457886-54457900promoter 内 417-431 bp + 3570 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 54450189-54454316(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTGTGGTAGTTAAG
SmilChr07G003311 Chr07 NC_080393.1:35142781-35142795promoter 内 337-351 bp + 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 35146445-35153528(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATACT
SmilChr04G002169 Chr04 NC_080390.1:35040681-35040695promoter 内 225-239 bp - 3762 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 35044457-35049301(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTATGGTAGGTGAA
SmilChr03G001093 Chr03 NC_080389.1:12619273-12619287promoter 内 152-166 bp + 3835 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 12623122-12624957(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCCCGCT
SmilChr02G003003 Chr02 NC_080388.1:50678094-50678108promoter 内 1-15 bp + 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 2 50682094-50682520(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTGCTCC
SmilChr05G003724 Chr05 NC_080391.1:50345252-50345266promoter 内 3942-3956 bp + 45 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 50345311-50346372(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACAACTACCACAAC
SmilChr03G003454 Chr03 NC_080389.1:52905053-52905067promoter 内 3926-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 52905128-52906180(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATACT
SmilChr08G001908 Chr08 NC_080394.1:16597336-16597350promoter 内 3878-3892 bp - 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 16597459-16599011(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CGTGTGTTAGGTGGA
SmilChr05G003457 Chr05 NC_080391.1:46002033-46002047promoter 内 3834-3848 bp - 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 45999310-46001880(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTACTCA
SmilChr03G000118 Chr03 NC_080389.1:1294100-1294114promoter 内 3801-3815 bp + 186 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 1294300-1298309(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AACACCTACCCCACC
SmilChr02G000285 Chr02 NC_080388.1:3646774-3646788promoter 内 3786-3800 bp - 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 3641492-3646573(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATACT
SmilChr03G001539 Chr03 NC_080389.1:19302514-19302528promoter 内 3727-3741 bp - 260 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 19296365-19302254(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTAACAACAA
SmilChr08G001966 Chr08 NC_080394.1:17347914-17347928promoter 内 3720-3734 bp + 267 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 17348195-17353428(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATACT
SmilChr01G004012 Chr01 NC_080387.1:58542523-58542537promoter 内 3605-3619 bp + 382 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 58537138-58542141(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGTGGGTAGGTAAA
SmilChr02G001849 Chr02 NC_080388.1:33709850-33709864promoter 内 3593-3607 bp - 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 33710258-33717314(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTATGGTAGGTGAA
SmilChr07G003371 Chr07 NC_080393.1:36390894-36390908promoter 内 3591-3605 bp - 396 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 36391304-36395612(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACGTGGTAGGTAGA
SmilChr05G003917 Chr05 NC_080391.1:52905310-52905324promoter 内 3527-3541 bp + 460 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 52905784-52908703(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATACT
SmilChr03G000611 Chr03 NC_080389.1:6786904-6786918promoter 内 3502-3516 bp + 485 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 6785116-6786419(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGTT
SmilChr08G003324 Chr08 NC_080394.1:34512331-34512345promoter 内 3497-3511 bp + 490 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 34505435-34511841(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTATGGTAGGTGAA
SmilChr03G003381 Chr03 NC_080389.1:52170460-52170474promoter 内 3389-3403 bp - 598 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 52168285-52169862(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATACT
SmilChr03G001186 Chr03 NC_080389.1:13616577-13616591promoter 内 3354-3368 bp - 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 13617224-13618288(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGTT
SmilChr01G004412 Chr01 NC_080387.1:62243154-62243168promoter 内 3348-3362 bp - 639 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 62243807-62244992(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGACTAGTAGGTGGG
SmilChr08G004818 Chr08 NC_080394.1:57460115-57460129promoter 内 3313-3327 bp - 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 57460803-57465217(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTATGGTAGGTGAA
SmilChr02G002069 Chr02 NC_080388.1:37244558-37244572promoter 内 3227-3241 bp + 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 37243238-37243798(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAAAGGTAGGTGAG
SmilChr01G001110 Chr01 NC_080387.1:22721475-22721489promoter 内 3226-3240 bp - 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 22722250-22722572(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGGTGGGTAGGTAAA
SmilChr03G003591 Chr03 NC_080389.1:54564251-54564265promoter 内 3205-3219 bp - 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 54565047-54570287(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGAAGGGTAGGTGTG
SmilChr06G003203 Chr06 NC_080392.1:44870332-44870346promoter 内 3155-3169 bp + 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 44871178-44924816(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACCTATGG
SmilChr05G002846 Chr05 NC_080391.1:33939408-33939422promoter 内 3128-3142 bp - 859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 33940281-33942272(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTATGGTAGGTGAA
SmilChr02G003098 Chr02 NC_080388.1:51847736-51847750promoter 内 3111-3125 bp - 876 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 51843357-51846860(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATACT
SmilChr02G002889 Chr02 NC_080388.1:49186953-49186967promoter 内 3074-3088 bp + 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 49185492-49186040(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTTCGGTAGGTAAA
SmilChr08G004727 Chr08 NC_080394.1:56652756-56652770promoter 内 2942-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 56653815-56657172(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGGTGGTGGTTGTT
SmilChr02G002568 Chr02 NC_080388.1:44681494-44681508promoter 内 2690-2704 bp - 1297 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 44676486-44680197(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTCACCTACCATACT
SmilChr08G002061 Chr08 NC_080394.1:18936335-18936349promoter 内 2627-2641 bp + 1360 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 18469001-18934975(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTATGGTAGGTGAA
SmilChr06G002821 Chr06 NC_080392.1:40953335-40953349promoter 内 2569-2583 bp - 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 1 40954767-40956851(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTATGGTAGGTGAA
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