靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr04G003745; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00007655-RA_Salv |
SmilChr04G003745 |
C2H2 | XP_057809144.1 |
MP00416 |
TGTAGTAG |
9716 个结合位点 6433 个候选靶基因 第 48 / 129 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G006085 |
Chr01 | NC_080387.1:76335700-76335707promoter 内 1406-1413 bp |
+ | 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 76338295-76339200(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
TGTAGTAG |
SmilChr02G005499 |
Chr02 | NC_080388.1:75137600-75137607promoter 内 1406-1413 bp |
+ | 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 75140195-75145256(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
TGTAGTAG |
SmilChr02G002837 |
Chr02 | NC_080388.1:48507578-48507585promoter 内 1404-1411 bp |
- | 2590 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 48503933-48504988(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr01G002351 |
Chr01 | NC_080387.1:40652089-40652096promoter 内 1401-1408 bp |
+ | 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 40644255-40649496(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr01G004855 |
Chr01 | NC_080387.1:66728749-66728756promoter 内 1400-1407 bp |
- | 2594 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 66731350-66734673(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr02G000615 |
Chr02 | NC_080388.1:8956293-8956300promoter 内 1395-1402 bp |
- | 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 8958899-8960162(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr02G003426 |
Chr02 | NC_080388.1:55468566-55468573promoter 内 1395-1402 bp |
- | 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 55461968-55465967(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
TGTAGTAG |
SmilChr01G003824 |
Chr01 | NC_080387.1:56568434-56568441promoter 内 1394-1401 bp |
- | 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 56571041-56574573(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr01G005033 |
Chr01 | NC_080387.1:68288700-68288707promoter 内 1394-1401 bp |
+ | 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 68283988-68286100(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr01G001297 |
Chr01 | NC_080387.1:25835664-25835671promoter 内 1390-1397 bp |
- | 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 25838275-25844640(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr02G000162 |
Chr02 | NC_080388.1:2107825-2107832promoter 内 1386-1393 bp |
+ | 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 2110440-2110512(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr01G005214 |
Chr01 | NC_080387.1:69751092-69751099promoter 内 1382-1389 bp |
- | 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 69747923-69748480(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr01G004180 |
Chr01 | NC_080387.1:60255345-60255352promoter 内 1377-1384 bp |
- | 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 60242014-60252728(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
TGTAGTAG |
SmilChr01G004772 |
Chr01 | NC_080387.1:65911520-65911527promoter 内 1377-1384 bp |
+ | 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 65905160-65908903(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr02G001917 |
Chr02 | NC_080388.1:34504919-34504926promoter 内 1377-1384 bp |
- | 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 34507543-34508333(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr02G001916 |
Chr02 | NC_080388.1:34494301-34494308promoter 内 1376-1383 bp |
+ | 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 34487721-34491683(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr03G000023 |
Chr03 | NC_080389.1:357276-357283promoter 内 1376-1383 bp |
- | 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 359901-361173(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr03G000391 |
Chr03 | NC_080389.1:4306553-4306560promoter 内 1370-1377 bp |
- | 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 4309184-4311474(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr01G001504 |
Chr01 | NC_080387.1:28882247-28882254promoter 内 1365-1372 bp |
- | 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 28876833-28879618(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr01G003852 |
Chr01 | NC_080387.1:56798297-56798304promoter 内 1365-1372 bp |
- | 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 56800933-56801689(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr02G003417 |
Chr02 | NC_080388.1:55400154-55400161promoter 内 1358-1365 bp |
+ | 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 55402797-55406595(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
TGTAGTAG |
SmilChr01G004082 |
Chr01 | NC_080387.1:59230895-59230902promoter 内 1355-1362 bp |
+ | 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 59227164-59228256(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr01G003214 |
Chr01 | NC_080387.1:50940463-50940470promoter 内 1351-1358 bp |
- | 2643 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 50926238-50937820(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr02G001253 |
Chr02 | NC_080388.1:23030910-23030917promoter 内 1346-1353 bp |
+ | 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 23024564-23028262(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr02G001703 |
Chr02 | NC_080388.1:31333360-31333367promoter 内 1344-1351 bp |
+ | 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 31328881-31330710(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
SmilChr01G005543 |
Chr01 | NC_080387.1:72248999-72249006promoter 内 1337-1344 bp |
- | 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 72244774-72246342(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
TGTAGTAG |
SmilChr01G002980 |
Chr01 | NC_080387.1:48741942-48741949promoter 内 1335-1342 bp |
+ | 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 48734833-48739283(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr02G002444 |
Chr02 | NC_080388.1:42682727-42682734promoter 内 1334-1341 bp |
+ | 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 42685394-42686428(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
SmilChr01G000059 |
Chr01 | NC_080387.1:949470-949477promoter 内 1333-1340 bp |
+ | 2661 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 945299-946809(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
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Chr01 | NC_080387.1:40579995-40580002promoter 内 1329-1336 bp |
+ | 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 40574844-40577330(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
SmilChr02G000598 |
Chr02 | NC_080388.1:8641512-8641519promoter 内 1329-1336 bp |
- | 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 8634748-8638847(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
TGTAGTAG |
SmilChr02G003463 |
Chr02 | NC_080388.1:55919922-55919929promoter 内 1325-1332 bp |
+ | 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 55922598-55931701(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
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Chr01 | NC_080387.1:42038374-42038381promoter 内 1319-1326 bp |
- | 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 42041056-42044875(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
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+ | 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 25531465-25532822(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
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- | 2676 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 25496654-25497888(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
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Chr01 | NC_080387.1:2492250-2492257promoter 内 1316-1323 bp |
- | 2678 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 2494935-2498868(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACT |
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- | 2681 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 5654198-5662190(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
AGTAGTAG |
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- | 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 51008419-51009645(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
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- | 2682 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 53616792-53616864(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
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Chr01 | NC_080387.1:57195627-57195634promoter 内 1308-1315 bp |
+ | 2686 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 57198320-57204154(+) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
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+ | 2691 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 30009153-30013861(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
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- | 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 34701680-34702626(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
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SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
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SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
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+ | 2697 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 1360438-1362210(-) |
SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |
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- | 2697 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 5572801-5575096(+) |
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MP00416 |
CTACTACA |
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SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
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CTACTACT |
SmilChr02G000951 |
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SMil_00007655-RA_Salv |
MP00416 |
CTACTACA |