转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003745; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007655-RA_Salv SmilChr04G003745 C2H2 XP_057809144.1 MP00416 TGTAGTAG

可能结合的靶基因

9716 个结合位点 6433 个候选靶基因 第 48 / 129 下载 TSV

上一页 48 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G006085 Chr01 NC_080387.1:76335700-76335707promoter 内 1406-1413 bp + 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 76338295-76339200(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr02G005499 Chr02 NC_080388.1:75137600-75137607promoter 内 1406-1413 bp + 2588 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 75140195-75145256(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr02G002837 Chr02 NC_080388.1:48507578-48507585promoter 内 1404-1411 bp - 2590 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 48503933-48504988(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G002351 Chr01 NC_080387.1:40652089-40652096promoter 内 1401-1408 bp + 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40644255-40649496(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr01G004855 Chr01 NC_080387.1:66728749-66728756promoter 内 1400-1407 bp - 2594 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 66731350-66734673(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr02G000615 Chr02 NC_080388.1:8956293-8956300promoter 内 1395-1402 bp - 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 8958899-8960162(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr02G003426 Chr02 NC_080388.1:55468566-55468573promoter 内 1395-1402 bp - 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 55461968-55465967(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr01G003824 Chr01 NC_080387.1:56568434-56568441promoter 内 1394-1401 bp - 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 56571041-56574573(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr01G005033 Chr01 NC_080387.1:68288700-68288707promoter 内 1394-1401 bp + 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 68283988-68286100(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr01G001297 Chr01 NC_080387.1:25835664-25835671promoter 内 1390-1397 bp - 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 25838275-25844640(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr02G000162 Chr02 NC_080388.1:2107825-2107832promoter 内 1386-1393 bp + 2608 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 2110440-2110512(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G005214 Chr01 NC_080387.1:69751092-69751099promoter 内 1382-1389 bp - 2612 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 69747923-69748480(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G004180 Chr01 NC_080387.1:60255345-60255352promoter 内 1377-1384 bp - 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 60242014-60252728(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr01G004772 Chr01 NC_080387.1:65911520-65911527promoter 内 1377-1384 bp + 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 65905160-65908903(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr02G001917 Chr02 NC_080388.1:34504919-34504926promoter 内 1377-1384 bp - 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 34507543-34508333(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr02G001916 Chr02 NC_080388.1:34494301-34494308promoter 内 1376-1383 bp + 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 34487721-34491683(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr03G000023 Chr03 NC_080389.1:357276-357283promoter 内 1376-1383 bp - 2618 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 359901-361173(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr03G000391 Chr03 NC_080389.1:4306553-4306560promoter 内 1370-1377 bp - 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4309184-4311474(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr01G001504 Chr01 NC_080387.1:28882247-28882254promoter 内 1365-1372 bp - 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 28876833-28879618(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G003852 Chr01 NC_080387.1:56798297-56798304promoter 内 1365-1372 bp - 2629 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 56800933-56801689(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr02G003417 Chr02 NC_080388.1:55400154-55400161promoter 内 1358-1365 bp + 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 55402797-55406595(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr01G004082 Chr01 NC_080387.1:59230895-59230902promoter 内 1355-1362 bp + 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 59227164-59228256(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr01G003214 Chr01 NC_080387.1:50940463-50940470promoter 内 1351-1358 bp - 2643 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50926238-50937820(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr02G001253 Chr02 NC_080388.1:23030910-23030917promoter 内 1346-1353 bp + 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 23024564-23028262(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr02G001703 Chr02 NC_080388.1:31333360-31333367promoter 内 1344-1351 bp + 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 31328881-31330710(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G005543 Chr01 NC_080387.1:72248999-72249006promoter 内 1337-1344 bp - 2657 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 72244774-72246342(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr01G002980 Chr01 NC_080387.1:48741942-48741949promoter 内 1335-1342 bp + 2659 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 48734833-48739283(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr02G002444 Chr02 NC_080388.1:42682727-42682734promoter 内 1334-1341 bp + 2660 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 42685394-42686428(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G000059 Chr01 NC_080387.1:949470-949477promoter 内 1333-1340 bp + 2661 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 945299-946809(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G002342 Chr01 NC_080387.1:40579995-40580002promoter 内 1329-1336 bp + 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 40574844-40577330(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr02G000598 Chr02 NC_080388.1:8641512-8641519promoter 内 1329-1336 bp - 2665 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 8634748-8638847(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 TGTAGTAG
SmilChr02G003463 Chr02 NC_080388.1:55919922-55919929promoter 内 1325-1332 bp + 2669 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 55922598-55931701(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 AGTAGTAG
SmilChr01G002445 Chr01 NC_080387.1:42038374-42038381promoter 内 1319-1326 bp - 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 42041056-42044875(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr02G001362 Chr02 NC_080388.1:25535497-25535504promoter 内 1319-1326 bp + 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 25531465-25532822(-) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACA
SmilChr01G001276 Chr01 NC_080387.1:25493971-25493978promoter 内 1318-1325 bp - 2676 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 25496654-25497888(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
SmilChr01G000146 Chr01 NC_080387.1:2492250-2492257promoter 内 1316-1323 bp - 2678 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 2494935-2498868(+) SMil_00007655-RA_Salv MP00416 CTACTACT
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