转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000619; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006374-RA_Salv SmilChr05G000619 WRKY XP_057764205.1 MP00167 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9756 个结合位点 6439 个候选靶基因 第 48 / 129 下载 TSV

上一页 48 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002722 Chr02 NC_080388.1:47061006-47061016promoter 内 893-903 bp - 3098 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 47056261-47057908(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTGGGTCAACG
SmilChr03G001062 Chr03 NC_080389.1:12335150-12335160promoter 内 861-871 bp + 3130 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 12331670-12332020(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTT
SmilChr03G001140 Chr03 NC_080389.1:13138763-13138773promoter 内 830-840 bp + 3161 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 13130690-13135602(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACCAGA
SmilChr02G000449 Chr02 NC_080388.1:5876385-5876395promoter 内 741-751 bp + 3250 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 5869129-5873135(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTG
SmilChr03G000223 Chr03 NC_080389.1:2607318-2607328promoter 内 740-750 bp - 3251 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 2610579-2611193(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTT
SmilChr03G000297 Chr03 NC_080389.1:3409769-3409779promoter 内 406-416 bp + 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 3403910-3406184(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTT
SmilChr02G004333 Chr02 NC_080388.1:65599114-65599124promoter 内 308-318 bp - 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 65593541-65595431(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TCGAGTCAACG
SmilChr02G004090 Chr02 NC_080388.1:63181300-63181310promoter 内 281-291 bp + 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 63172916-63177590(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTG
SmilChr02G004473 Chr02 NC_080388.1:67113911-67113921promoter 内 172-182 bp - 3819 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 67117740-67120938(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTT
SmilChr03G000299 Chr03 NC_080389.1:3415897-3415907promoter 内 107-117 bp + 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 2 3410844-3412013(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTT
SmilChr01G001009 Chr01 NC_080387.1:21220230-21220240promoter 内 3870-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 21220361-21223520(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTGGGTCAACG
SmilChr01G003650 Chr01 NC_080387.1:54963130-54963140promoter 内 3798-3808 bp + 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 54963333-54970778(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AAGAGTCAACT
SmilChr03G000313 Chr03 NC_080389.1:3572953-3572963promoter 内 3759-3769 bp + 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 3573195-3574644(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CAGAGTCAACT
SmilChr02G000422 Chr02 NC_080388.1:5412292-5412302promoter 内 3707-3717 bp - 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 5410858-5412008(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTGGGTCAACG
SmilChr02G004511 Chr02 NC_080388.1:67640120-67640130promoter 内 3701-3711 bp + 290 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 67638530-67639830(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTT
SmilChr02G003461 Chr02 NC_080388.1:55900652-55900662promoter 内 3336-3346 bp - 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 55901317-55907160(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTT
SmilChr01G003979 Chr01 NC_080387.1:58237387-58237397promoter 内 3236-3246 bp + 755 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 58238152-58242105(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TCGAGTCAACG
SmilChr01G001689 Chr01 NC_080387.1:31114513-31114523promoter 内 3207-3217 bp - 784 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 31115307-31115858(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTT
SmilChr03G001030 Chr03 NC_080389.1:12014228-12014238promoter 内 3130-3140 bp + 861 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 12012932-12013367(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTG
SmilChr01G005047 Chr01 NC_080387.1:68405913-68405923promoter 内 2840-2850 bp - 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 68401320-68404762(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AAGAGTCAACT
SmilChr02G001262 Chr02 NC_080388.1:23124749-23124759promoter 内 2792-2802 bp + 1199 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 23125958-23126782(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CAGAGTCAACT
SmilChr02G000968 Chr02 NC_080388.1:16919073-16919083promoter 内 2592-2602 bp - 1399 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 16910989-16917674(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AAGAGTCAACT
SmilChr02G005223 Chr02 NC_080388.1:73442905-73442915promoter 内 2415-2425 bp + 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 73444491-73453091(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TCGAGTCAACG
SmilChr01G003689 Chr01 NC_080387.1:55271379-55271389promoter 内 2407-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 55267026-55269795(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACCAGA
SmilChr03G001141 Chr03 NC_080389.1:13138763-13138773promoter 内 2327-2337 bp + 1664 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 13140437-13141153(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TCTGGTCAACG
SmilChr02G005561 Chr02 NC_080388.1:75544750-75544760promoter 内 2318-2328 bp + 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 75546433-75548590(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AAGAGTCAACT
SmilChr02G005560 Chr02 NC_080388.1:75544750-75544760promoter 内 2309-2319 bp + 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 75540696-75543068(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTT
SmilChr03G001054 Chr03 NC_080389.1:12253373-12253383promoter 内 2239-2249 bp + 1752 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 12246577-12251621(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTT
SmilChr01G003219 Chr01 NC_080387.1:50964201-50964211promoter 内 2137-2147 bp - 1854 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 50966065-50970897(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTT
SmilChr01G003137 Chr01 NC_080387.1:50160547-50160557promoter 内 2131-2141 bp - 1860 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 50162417-50164538(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACCCAC
SmilChr01G001939 Chr01 NC_080387.1:34588897-34588907promoter 内 1999-2009 bp + 1992 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 34582458-34586905(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTT
SmilChr01G003076 Chr01 NC_080387.1:49597212-49597222promoter 内 1734-1744 bp - 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 49599479-49603293(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTT
SmilChr02G000423 Chr02 NC_080388.1:5412292-5412302promoter 内 1699-1709 bp - 2292 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 5414594-5417561(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CGTTGACCCAC
SmilChr03G000309 Chr03 NC_080389.1:3540681-3540691promoter 内 1596-1606 bp + 2395 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 3537024-3538286(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTT
SmilChr01G004520 Chr01 NC_080387.1:63314498-63314508promoter 内 1526-1536 bp + 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 63316973-63324098(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GTGGGTCAACG
SmilChr02G000981 Chr02 NC_080388.1:17261229-17261239promoter 内 1436-1446 bp + 2555 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 17263794-17268668(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AAGAGTCAACT
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SmilChr02G002638 Chr02 NC_080388.1:45776258-45776268promoter 内 939-949 bp - 3052 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 45779320-45788747(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTCTG
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SmilChr01G002839 Chr01 NC_080387.1:46977885-46977895promoter 内 3871-3881 bp + 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 46978015-46979552(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AATAGTCAACA
SmilChr02G004157 Chr02 NC_080388.1:63893350-63893360promoter 内 3715-3725 bp - 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 63888779-63893074(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AATAGTCAACA
SmilChr01G005779 Chr01 NC_080387.1:73903613-73903623promoter 内 3675-3685 bp - 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 73903939-73906440(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GGTTGACTTGC