转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001961; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001298-RA_Salv SmilChr05G001961 MIKC_MADS XP_057766054.1 MP00077 TTCCAAAAATGGAAA

可能结合的靶基因

9815 个结合位点 6125 个候选靶基因 第 49 / 123 下载 TSV

上一页 49 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004371 Chr02 NC_080388.1:66047571-66047585promoter 内 79-93 bp + 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 4 66042505-66043663(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CATCCATTTTTGGTG
SmilChr03G000346 Chr03 NC_080389.1:3901306-3901320promoter 内 3711-3725 bp - 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 3901596-3902226(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TATCCATTTAGGGTT
SmilChr01G005890 Chr01 NC_080387.1:74832653-74832667promoter 内 3575-3589 bp + 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 74827259-74832241(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TATCCATTTAGGGTT
SmilChr01G005633 Chr01 NC_080387.1:72775282-72775296promoter 内 3342-3356 bp - 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 72769177-72774637(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GTACAAAAATAGAAA
SmilChr02G002064 Chr02 NC_080388.1:37202613-37202627promoter 内 3224-3238 bp - 763 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 37199198-37201850(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCCTAAATGGATA
SmilChr01G000955 Chr01 NC_080387.1:20208999-20209013promoter 内 3073-3087 bp - 914 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 20209927-20213471(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TATCCATTTAGGGTT
SmilChr01G004197 Chr01 NC_080387.1:60434073-60434087promoter 内 2992-3006 bp - 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 60435082-60442917(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCTTTTTTGGAA
SmilChr02G001050 Chr02 NC_080388.1:18725920-18725934promoter 内 2932-2946 bp - 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 18726989-18730100(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TATCCATTTAGGGTT
SmilChr02G000101 Chr02 NC_080388.1:1297712-1297726promoter 内 2912-2926 bp - 1075 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 1293366-1296637(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCCTAAATGGATA
SmilChr02G002890 Chr02 NC_080388.1:49187911-49187925promoter 内 2836-2850 bp + 1151 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 49189076-49192507(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCCTAAATGGATA
SmilChr02G002633 Chr02 NC_080388.1:45703471-45703485promoter 内 2818-2832 bp - 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 45702231-45702302(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAAGGTAT
SmilChr01G002444 Chr01 NC_080387.1:42026298-42026312promoter 内 2812-2826 bp + 1175 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 42027487-42027560(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCCTAAATGGATA
SmilChr02G000994 Chr02 NC_080388.1:17457350-17457364promoter 内 2746-2760 bp + 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 17458605-17462223(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCCTAAATGGATA
SmilChr02G004476 Chr02 NC_080388.1:67156064-67156078promoter 内 2718-2732 bp + 1269 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 67144439-67154795(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TATCCATTTAGGGTT
SmilChr02G000019 Chr02 NC_080388.1:151042-151056promoter 内 2716-2730 bp + 1271 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 148845-149771(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TATCCATTTAGGGTT
SmilChr02G002383 Chr02 NC_080388.1:41746003-41746017promoter 内 2695-2709 bp - 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 41743863-41744711(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCCTAAATGGATA
SmilChr02G002934 Chr02 NC_080388.1:49843208-49843222promoter 内 2597-2611 bp - 1390 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 49833795-49841818(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCCTAAATGGATA
SmilChr02G003742 Chr02 NC_080388.1:59088579-59088593promoter 内 2545-2559 bp + 1442 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 59084848-59087137(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TATCCATTTAGGGTT
SmilChr01G000730 Chr01 NC_080387.1:16245982-16245996promoter 内 2542-2556 bp + 1445 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 16247441-16254213(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCCTAAATGGATA
SmilChr01G004273 Chr01 NC_080387.1:60969479-60969493promoter 内 2513-2527 bp - 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 60970967-60974633(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TATCCATTTAGGGTT
SmilChr03G000746 Chr03 NC_080389.1:8532893-8532907promoter 内 2272-2286 bp - 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 8525452-8531178(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCCTAAATGGATA
SmilChr01G000185 Chr01 NC_080387.1:3168449-3168463promoter 内 2219-2233 bp + 1768 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 3170231-3177775(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AAACTAAAATGGAAA
SmilChr01G003404 Chr01 NC_080387.1:52715661-52715675promoter 内 2118-2132 bp - 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 52717544-52721301(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTGCCATTTTGGTTC
SmilChr02G002889 Chr02 NC_080388.1:49187911-49187925promoter 内 2116-2130 bp + 1871 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 49185492-49186040(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TATCCATTTAGGGTT
SmilChr01G002937 Chr01 NC_080387.1:48147596-48147610promoter 内 2049-2063 bp - 1938 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 48149548-48151258(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTCTATTTTTGTAC
SmilChr02G003343 Chr02 NC_080388.1:54658442-54658456promoter 内 1497-1511 bp + 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 54660946-54666348(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TGCCAAAAAAAGAAT
SmilChr02G003413 Chr02 NC_080388.1:55307639-55307653promoter 内 1255-1269 bp - 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 55292135-55304907(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCCTAAATGGATA
SmilChr02G002456 Chr02 NC_080388.1:42861816-42861830promoter 内 1122-1136 bp - 2865 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 42851946-42858951(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCCTAAATGGATA
SmilChr03G000776 Chr03 NC_080389.1:8846147-8846161promoter 内 1084-1098 bp + 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 8840478-8843244(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 CATCCATTTTTGGTG
SmilChr02G003743 Chr02 NC_080388.1:59088579-59088593promoter 内 1026-1040 bp + 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 59091554-59091625(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 AACCCTAAATGGATA
SmilChr01G003402 Chr01 NC_080387.1:52715661-52715675promoter 内 620-634 bp - 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 52710974-52712294(-) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 GAACCAAAATGGCAA
SmilChr03G000178 Chr03 NC_080389.1:1918144-1918158promoter 内 427-441 bp + 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 1921718-1923415(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTCCAAAAAAGAAAA
SmilChr02G001103 Chr02 NC_080388.1:19845301-19845315promoter 内 404-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 19848898-19852362(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TATCCATTTAGGGTT
SmilChr02G002457 Chr02 NC_080388.1:42861816-42861830promoter 内 123-137 bp - 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 42865694-42866620(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TATCCATTTAGGGTT
SmilChr01G001206 Chr01 NC_080387.1:24277260-24277274promoter 内 81-95 bp - 3906 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 24281180-24282600(+) SMil_00001298-RA_Salv MP00077 TTTTCTTTTTTGGAA
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