转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 49 / 164 下载 TSV

上一页 49 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002113 Chr06 NC_080392.1:28256267-28256281promoter 内 2233-2247 bp - 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 28258035-28259170(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCAATGT
SmilChr04G000385 Chr04 NC_080390.1:3910760-3910774promoter 内 2225-2239 bp + 1762 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 3912536-3913039(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTAGAGGTAGGTAGA
SmilChr02G005508 Chr02 NC_080388.1:75198052-75198066promoter 内 2186-2200 bp - 1801 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 75199867-75203331(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATACCTACCAACAC
SmilChr03G003702 Chr03 NC_080389.1:55966634-55966648promoter 内 2143-2157 bp - 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 55968492-55972000(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCTCAAC
SmilChr01G005060 Chr01 NC_080387.1:68515974-68515988promoter 内 2111-2125 bp - 1876 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 68517864-68519444(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCATATT
SmilChr01G003576 Chr01 NC_080387.1:54350318-54350332promoter 内 2086-2100 bp - 1901 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 54352233-54354691(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCACCTACCAACGC
SmilChr02G002586 Chr02 NC_080388.1:44960132-44960146promoter 内 2053-2067 bp - 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 44958127-44958198(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTAAGGTAGGTTGG
SmilChr02G002633 Chr02 NC_080388.1:45704273-45704287promoter 内 2016-2030 bp - 1971 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 45702231-45702302(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTAAGGTAGGTTGG
SmilChr07G004689 Chr07 NC_080393.1:59824005-59824019promoter 内 2008-2022 bp - 1979 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 59825998-59829547(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTTTTTC
SmilChr05G001021 Chr05 NC_080391.1:8376027-8376041promoter 内 1955-1969 bp - 2032 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 8371112-8373995(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACTATGGTAGGTAGA
SmilChr07G002615 Chr07 NC_080393.1:25244304-25244318promoter 内 1927-1941 bp - 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 25246378-25254004(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCAAGTC
SmilChr03G001925 Chr03 NC_080389.1:27015643-27015657promoter 内 1912-1926 bp + 2075 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 27006361-27013568(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATACCTACCTCCCC
SmilChr01G000125 Chr01 NC_080387.1:2101827-2101841promoter 内 1872-1886 bp + 2115 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 2098596-2099712(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATACCTACCTCCCC
SmilChr02G003100 Chr02 NC_080388.1:51922806-51922820promoter 内 1858-1872 bp - 2129 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 51924949-51926836(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTAACT
SmilChr07G004168 Chr07 NC_080393.1:53592835-53592849promoter 内 1846-1860 bp + 2141 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 53586571-53590694(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCAACCTACCCCTTC
SmilChr03G001498 Chr03 NC_080389.1:18318632-18318646promoter 内 1822-1836 bp - 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 18313625-18316467(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GAAAAAGTAGGTGGG
SmilChr02G005139 Chr02 NC_080388.1:72823739-72823753promoter 内 1804-1818 bp + 2183 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 72817174-72821556(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACCATATA
SmilChr02G003107 Chr02 NC_080388.1:52043792-52043806promoter 内 1774-1788 bp + 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 52039649-52041579(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTAACAT
SmilChr01G004853 Chr01 NC_080387.1:66711105-66711119promoter 内 1760-1774 bp + 2227 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 66713346-66725072(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATATGGTAGGTAAA
SmilChr01G002326 Chr01 NC_080387.1:40353675-40353689promoter 内 1743-1757 bp - 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 40345066-40351431(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTGAGGTAGGTAAA
SmilChr01G002317 Chr01 NC_080387.1:40169311-40169325promoter 内 1730-1744 bp - 2257 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 40161020-40167054(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTGAGGTAGGTAAA
SmilChr05G000253 Chr05 NC_080391.1:1933208-1933222promoter 内 1724-1738 bp - 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 1935485-1945953(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCAAAAA
SmilChr06G002636 Chr06 NC_080392.1:37969441-37969455promoter 内 1690-1704 bp - 2297 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 37964022-37967144(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGGGAGGTAGGTATA
SmilChr07G001844 Chr07 NC_080393.1:15932335-15932349promoter 内 1674-1688 bp + 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 15926847-15930022(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCATATT
SmilChr05G000359 Chr05 NC_080391.1:2681249-2681263promoter 内 1671-1685 bp - 2316 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 2683579-2685331(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTAACT
SmilChr07G001061 Chr07 NC_080393.1:7815783-7815797promoter 内 1507-1521 bp - 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 7818277-7819189(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TATACCTACCTCCCC
SmilChr05G001597 Chr05 NC_080391.1:14674263-14674277promoter 内 1499-1513 bp - 2488 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 14676765-14678831(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCACCTACCAACGC
SmilChr05G000820 Chr05 NC_080391.1:6441023-6441037promoter 内 1466-1480 bp - 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 6443558-6444805(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTAACT
SmilChr05G004166 Chr05 NC_080391.1:55561211-55561225promoter 内 1441-1455 bp + 2546 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 55556643-55558665(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCACCTACCAACGC
SmilChr04G002770 Chr04 NC_080390.1:43501128-43501142promoter 内 1422-1436 bp + 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 43493519-43498563(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACTAAACT
SmilChr02G000500 Chr02 NC_080388.1:6886321-6886335promoter 内 1366-1380 bp - 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 6882747-6883700(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGAGTGTTAGGTGAG
SmilChr02G002040 Chr02 NC_080388.1:36714396-36714410promoter 内 1363-1377 bp - 2624 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 36717034-36718891(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCACCTACCAACGC
SmilChr02G005267 Chr02 NC_080388.1:73757576-73757590promoter 内 1353-1367 bp - 2634 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 73752593-73754942(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTTGGTAGGTAAA
SmilChr04G002389 Chr04 NC_080390.1:38407384-38407398promoter 内 1351-1365 bp - 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 38410034-38411878(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCACCTACCAACGC
SmilChr08G001488 Chr08 NC_080394.1:12006284-12006298promoter 内 1271-1285 bp - 2716 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 12009014-12010806(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCACCTACCAACGC
SmilChr08G000299 Chr08 NC_080394.1:2080566-2080580promoter 内 1254-1268 bp + 2733 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 2076310-2077833(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCACCTACCAACGC
SmilChr05G000673 Chr05 NC_080391.1:5150314-5150328promoter 内 1247-1261 bp + 2740 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 5145839-5147574(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCACCTACCAACGC
SmilChr01G002693 Chr01 NC_080387.1:45175796-45175810promoter 内 1227-1241 bp - 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 45178570-45190535(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTAACT
SmilChr02G002601 Chr02 NC_080388.1:45148783-45148797promoter 内 1207-1221 bp + 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 45151577-45154195(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTTTGGTAGGTAAA
SmilChr07G000082 Chr07 NC_080393.1:419928-419942promoter 内 1203-1217 bp - 2784 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 404414-417144(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTGAGGTAGGTAAA
SmilChr08G001810 Chr08 NC_080394.1:15284896-15284910promoter 内 1161-1175 bp + 2826 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 15281360-15282070(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CATACCTACCACTAC
SmilChr07G002774 Chr07 NC_080393.1:27614758-27614772promoter 内 1145-1159 bp - 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 27608269-27611916(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTTAAGTAGGTGGA
SmilChr04G000383 Chr04 NC_080390.1:3910760-3910774promoter 内 1104-1118 bp + 2883 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 3906747-3907877(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCTACCTACCTCTAA
SmilChr08G001812 Chr08 NC_080394.1:15284896-15284910promoter 内 906-920 bp + 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 15287991-15290827(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTAGTGGTAGGTATG
SmilChr06G000265 Chr06 NC_080392.1:1800628-1800642promoter 内 869-883 bp + 3118 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 1795068-1797510(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTAACT
SmilChr01G003308 Chr01 NC_080387.1:51770423-51770437promoter 内 544-558 bp - 3443 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 51773880-51777439(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCTCAAC
SmilChr08G000284 Chr08 NC_080394.1:1932678-1932692promoter 内 541-555 bp - 3446 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 1936138-1938489(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACTCTTCC
SmilChr01G003011 Chr01 NC_080387.1:49140625-49140639promoter 内 449-463 bp - 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 49144177-49145236(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GGCACCTACCAACGC
SmilChr07G004417 Chr07 NC_080393.1:56767791-56767805promoter 内 439-453 bp + 3548 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 56764123-56764243(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TCCACCTACTTAACT
SmilChr04G003026 Chr04 NC_080390.1:46690150-46690164promoter 内 377-391 bp + 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 1 46686434-46686540(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTTACCTACCTCAAC