转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000040; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000579-RA_Salv SmilChr04G000040 ERF XP_057808382.1 MP00312 AATTGTCGGTGGAGT

可能结合的靶基因

8490 个结合位点 7006 个候选靶基因 第 5 / 141 下载 TSV

上一页 5 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001514 Chr08 NC_080394.1:12292121-12292135promoter 内 3489-3503 bp - 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 12291054-12291623(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGATGTCGGTGGCAG
SmilChr03G000836 Chr03 NC_080389.1:9577786-9577800promoter 内 3225-3239 bp + 762 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 9578562-9582344(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGTCGGTGTCGG
SmilChr05G003248 Chr05 NC_080391.1:41850140-41850154promoter 内 3195-3209 bp - 792 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 41850946-41854642(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGGCACCGACACAG
SmilChr03G000106 Chr03 NC_080389.1:1182457-1182471promoter 内 2845-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 2 1179413-1181315(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGGTGTCGGTGGTAC
SmilChr08G001968 Chr08 NC_080394.1:17358465-17358479promoter 内 3872-3886 bp + 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 17358594-17363558(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TTCTGTCGGTGGCGC
SmilChr08G000341 Chr08 NC_080394.1:2374530-2374544promoter 内 3783-3797 bp - 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 2371275-2374326(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AAGTGTCGGTGGGGA
SmilChr01G001349 Chr01 NC_080387.1:26766272-26766286promoter 内 3257-3271 bp + 730 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 26756632-26765542(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCACCACCGACAGAG
SmilChr02G004009 Chr02 NC_080388.1:62412220-62412234promoter 内 3226-3240 bp - 761 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 62412995-62417878(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACCACCGACGCGG
SmilChr04G002636 Chr04 NC_080390.1:41758511-41758525promoter 内 3185-3199 bp + 802 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 41759327-41761402(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGGTTG
SmilChr01G004668 Chr01 NC_080387.1:64792522-64792536promoter 内 3177-3191 bp - 810 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 64789175-64791712(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGGTTG
SmilChr08G002584 Chr08 NC_080394.1:25175936-25175950promoter 内 3016-3030 bp + 971 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 25176921-25180215(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GAGTGTCGGTGGAGC
SmilChr03G003115 Chr03 NC_080389.1:48279513-48279527promoter 内 1834-1848 bp + 2153 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 48274473-48277360(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCCACCGACACCC
SmilChr03G002413 Chr03 NC_080389.1:38376263-38376277promoter 内 1480-1494 bp + 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 38372638-38373756(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAACCACCGACACCA
SmilChr03G002415 Chr03 NC_080389.1:38382555-38382569promoter 内 1480-1494 bp + 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 38378930-38380048(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CAACCACCGACACCA
SmilChr01G003892 Chr01 NC_080387.1:57226089-57226103promoter 内 1430-1444 bp + 2557 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 57216925-57223532(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGACGCTA
SmilChr08G000371 Chr08 NC_080394.1:2553834-2553848promoter 内 1009-1023 bp + 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 2556826-2558542(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGGTTG
SmilChr01G004667 Chr01 NC_080387.1:64792522-64792536promoter 内 266-280 bp - 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.6/ 100 1 64786058-64788801(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGGTGTCGGTGGTTG
SmilChr05G004268 Chr05 NC_080391.1:56460779-56460793promoter 内 173-187 bp + 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 5 56464607-56467849(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CGTTGTCGGTGGCCT
SmilChr05G003555 Chr05 NC_080391.1:47460758-47460772promoter 内 3509-3523 bp - 478 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 3 47456353-47460280(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GTTTGTCGGTGGTGG
SmilChr05G003553 Chr05 NC_080391.1:47434052-47434066promoter 内 2647-2661 bp - 1340 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 47435406-47436224(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACCACCGACAAAC
SmilChr02G001324 Chr02 NC_080388.1:24728190-24728204promoter 内 1564-1578 bp + 2423 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 24730627-24732489(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGATGTCGGTGGAGG
SmilChr03G001322 Chr03 NC_080389.1:15464882-15464896promoter 内 423-437 bp - 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 2 15468460-15468531(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCCCCACCGACGCCC
SmilChr01G002293 Chr01 NC_080387.1:39773033-39773047promoter 内 2783-2797 bp - 1204 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 39762061-39771829(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GACTGTCGGTGGTGG
SmilChr04G001091 Chr04 NC_080390.1:15617279-15617293promoter 内 2537-2551 bp - 1450 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 15618743-15622884(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCGCCGACAAAC
SmilChr07G003581 Chr07 NC_080393.1:41857211-41857225promoter 内 2180-2194 bp - 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 41853247-41855404(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGATGTCGGTGGAGG
SmilChr01G004214 Chr01 NC_080387.1:60551714-60551728promoter 内 1969-1983 bp + 2018 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 60548645-60549696(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTGCACCGACACCA
SmilChr01G005303 Chr01 NC_080387.1:70303302-70303316promoter 内 1754-1768 bp + 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 70305549-70306130(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGCTGTCGGTGGCCG
SmilChr01G004113 Chr01 NC_080387.1:59650631-59650645promoter 内 1466-1480 bp - 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 59653166-59658647(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 GCTCCACCGACACAC
SmilChr01G001046 Chr01 NC_080387.1:21733307-21733321promoter 内 1040-1054 bp + 2947 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 21720347-21730360(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCCACCGACACTT
SmilChr04G002310 Chr04 NC_080390.1:37402547-37402561promoter 内 757-771 bp - 3230 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.5/ 100 1 37405791-37411721(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGGCCACCGACACCA
SmilChr06G001302 Chr06 NC_080392.1:13555441-13555455promoter 内 3742-3756 bp - 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 13555700-13556164(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGCCACCGACGCAT
SmilChr04G000627 Chr04 NC_080390.1:7133552-7133566promoter 内 3623-3637 bp + 364 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 7132128-7133188(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGACAGCT
SmilChr06G001300 Chr06 NC_080392.1:13555441-13555455promoter 内 3231-3245 bp - 756 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 13551704-13554685(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ATGCGTCGGTGGCGT
SmilChr01G005440 Chr01 NC_080387.1:71522227-71522241promoter 内 3205-3219 bp - 782 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 71519011-71521445(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGTTGTCGGCGGCGA
SmilChr02G000718 Chr02 NC_080388.1:11532504-11532518promoter 内 2999-3013 bp + 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 11533506-11537729(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTTGTCGGTGGAGA
SmilChr02G000717 Chr02 NC_080388.1:11532504-11532518promoter 内 2792-2806 bp + 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 11527730-11531309(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCACCGACAACA
SmilChr06G003223 Chr06 NC_080392.1:44998315-44998329promoter 内 2688-2702 bp + 1299 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 44994120-44997016(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCAGCACCGACACCA
SmilChr07G002682 Chr07 NC_080393.1:26231958-26231972promoter 内 2575-2589 bp - 1412 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 26227546-26230546(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTTGTCGGTGGAGA
SmilChr02G002887 Chr02 NC_080388.1:49169142-49169156promoter 内 2571-2585 bp + 1416 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 49170572-49173761(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTTGTCGGTGGAGA
SmilChr01G005290 Chr01 NC_080387.1:70228262-70228276promoter 内 1636-1650 bp + 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 70230627-70231738(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGATGTCGGTGGTGG
SmilChr04G003982 Chr04 NC_080390.1:55257020-55257034promoter 内 465-479 bp - 3522 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 55260556-55264399(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCTCCGCCGACAACG
SmilChr01G005291 Chr01 NC_080387.1:70228262-70228276promoter 内 382-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 70231881-70234315(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGATGTCGGTGGTGG
SmilChr01G005270 Chr01 NC_080387.1:70128360-70128374promoter 内 298-312 bp + 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 70132063-70133235(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 AGATGTCGGTGGTGG
SmilChr05G004275 Chr05 NC_080391.1:56556712-56556726promoter 内 3050-3064 bp + 937 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 56551739-56555775(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCACCACCGACGAAG
SmilChr08G003490 Chr08 NC_080394.1:37526326-37526340promoter 内 2693-2707 bp + 1294 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 37523275-37525032(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCTCCACCGACGGAG
SmilChr08G000316 Chr08 NC_080394.1:2210147-2210161promoter 内 2617-2631 bp - 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 2211531-2212286(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CCGCCACCGACGGAT
SmilChr04G002685 Chr04 NC_080390.1:42292443-42292457promoter 内 1927-1941 bp - 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 42288245-42290383(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TGTTGTCGGCGGCGT
SmilChr04G002686 Chr04 NC_080390.1:42292443-42292457promoter 内 1876-1890 bp - 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 42294568-42297970(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 ACGCCGCCGACAACA
SmilChr05G004276 Chr05 NC_080391.1:56556712-56556726promoter 内 1839-1853 bp + 2148 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 56558874-56563270(+) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 CTTCGTCGGTGGTGG
SmilChr01G005504 Chr01 NC_080387.1:71908006-71908020promoter 内 1074-1088 bp + 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 71903118-71905093(-) SMil_00000579-RA_Salv MP00312 TCGCCACCGACGCGG