转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004313; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006423-RA_Salv SmilChr01G004313 bHLH XP_057783598.1 MP00308 AGCAACTTGCA

可能结合的靶基因

9826 个结合位点 6805 个候选靶基因 第 50 / 137 下载 TSV

上一页 50 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000128 Chr02 NC_080388.1:1751141-1751151promoter 内 2509-2519 bp + 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 1745405-1749659(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAAGTTGCA
SmilChr01G004223 Chr01 NC_080387.1:60592586-60592596promoter 内 2496-2506 bp + 1495 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 60594091-60597526(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAACTTGTA
SmilChr02G001690 Chr02 NC_080388.1:31157962-31157972promoter 内 2420-2430 bp + 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 31159543-31170581(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGAC
SmilChr01G002041 Chr01 NC_080387.1:36087730-36087740promoter 内 2377-2387 bp - 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 36082558-36086116(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAACTTGTT
SmilChr02G001023 Chr02 NC_080388.1:18132456-18132466promoter 内 2376-2386 bp - 1615 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 18128186-18130841(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAACTTGTT
SmilChr01G003317 Chr01 NC_080387.1:51891701-51891711promoter 内 2325-2335 bp - 1666 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 51893377-51895680(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAAGTTGGG
SmilChr03G003021 Chr03 NC_080389.1:47110479-47110489promoter 内 2176-2186 bp + 1815 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 47112304-47113024(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAACTTGTA
SmilChr03G002850 Chr03 NC_080389.1:45090719-45090729promoter 内 2149-2159 bp - 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 45092571-45093170(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAAGTTGGG
SmilChr01G001485 Chr01 NC_080387.1:28638611-28638621promoter 内 2123-2133 bp + 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 28631904-28636743(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGCT
SmilChr02G005393 Chr02 NC_080388.1:74533436-74533446promoter 内 2050-2060 bp + 1941 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 74535387-74537827(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAACTTGTT
SmilChr02G002714 Chr02 NC_080388.1:46981679-46981689promoter 内 1876-1886 bp - 2115 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 46983804-46987494(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAAGTTGCG
SmilChr01G003470 Chr01 NC_080387.1:53246017-53246027promoter 内 1873-1883 bp - 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 53248145-53250479(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAAGTTGCA
SmilChr03G001855 Chr03 NC_080389.1:25575935-25575945promoter 内 1858-1868 bp - 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 25578078-25588940(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGCT
SmilChr03G002289 Chr03 NC_080389.1:36078861-36078871promoter 内 1822-1832 bp - 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 36072782-36076692(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAACTTGTT
SmilChr02G002573 Chr02 NC_080388.1:44736456-44736466promoter 内 1775-1785 bp - 2216 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 44733032-44734240(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGAC
SmilChr03G002189 Chr03 NC_080389.1:34182649-34182659promoter 内 1730-1740 bp + 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 34184920-34187236(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CGCAACTTGTA
SmilChr02G005057 Chr02 NC_080388.1:72275367-72275377promoter 内 1556-1566 bp + 2435 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 72277812-72279187(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAACTTGTT
SmilChr01G000028 Chr01 NC_080387.1:544840-544850promoter 内 1515-1525 bp - 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 541403-542364(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAACTTGTT
SmilChr03G003693 Chr03 NC_080389.1:55864133-55864143promoter 内 1502-1512 bp + 2489 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 55866632-55868608(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAACTTGTT
SmilChr03G002667 Chr03 NC_080389.1:42370619-42370629promoter 内 1455-1465 bp + 2536 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 42363952-42368083(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGCT
SmilChr01G002885 Chr01 NC_080387.1:47464400-47464410promoter 内 1423-1433 bp + 2568 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 47460800-47461832(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TACAAGTTGCG
SmilChr01G005844 Chr01 NC_080387.1:74425927-74425937promoter 内 1279-1289 bp + 2712 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 74421859-74423215(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGCT
SmilChr03G002318 Chr03 NC_080389.1:36534233-36534243promoter 内 1197-1207 bp + 2794 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 36537037-36545350(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGAC
SmilChr03G001918 Chr03 NC_080389.1:26881144-26881154promoter 内 1189-1199 bp + 2802 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 26875219-26878342(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAAGTTGCA
SmilChr03G003701 Chr03 NC_080389.1:55938010-55938020promoter 内 1187-1197 bp + 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 55940824-55953645(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAACTTGCT
SmilChr02G002048 Chr02 NC_080388.1:36875372-36875382promoter 内 1115-1125 bp - 2876 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 36878258-36879733(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAAGTTGGC
SmilChr01G005943 Chr01 NC_080387.1:75175080-75175090promoter 内 1078-1088 bp + 2913 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 75178003-75181716(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 CCCAACTTGCT
SmilChr03G003381 Chr03 NC_080389.1:52172786-52172796promoter 内 1067-1077 bp + 2924 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 52168285-52169862(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAAGTTGCA
SmilChr01G003525 Chr01 NC_080387.1:53874820-53874830promoter 内 814-824 bp - 3177 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 53878007-53885531(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAAGTTGCA
SmilChr01G004135 Chr01 NC_080387.1:59856237-59856247promoter 内 799-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 59859439-59869965(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAAGTTGGG
SmilChr03G002822 Chr03 NC_080389.1:44714145-44714155promoter 内 779-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 44709761-44710933(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGCT
SmilChr03G001401 Chr03 NC_080389.1:16615447-16615457promoter 内 769-779 bp + 3222 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 16611364-16612225(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGCT
SmilChr01G002223 Chr01 NC_080387.1:38659777-38659787promoter 内 758-768 bp - 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 38663020-38663538(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAAGTTGGG
SmilChr03G001402 Chr03 NC_080389.1:16619619-16619629promoter 内 744-754 bp - 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 16614216-16616372(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AGCAACTTGTT
SmilChr02G000129 Chr02 NC_080388.1:1751141-1751151promoter 内 733-743 bp + 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 1754409-1755279(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TGCAACTTGAC
SmilChr01G002084 Chr01 NC_080387.1:36785383-36785393promoter 内 732-742 bp + 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 36778082-36782124(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGCT
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SmilChr01G003467 Chr01 NC_080387.1:53229340-53229350promoter 内 605-615 bp - 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 53232736-53233425(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAAGTTGCA
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SmilChr01G001787 Chr01 NC_080387.1:32748239-32748249promoter 内 180-190 bp + 3811 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 32743124-32744428(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAAGTTGCA
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SmilChr03G000973 Chr03 NC_080389.1:11023447-11023457promoter 内 3711-3721 bp - 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 4 11023737-11029542(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAAGTTGGA