靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00016341-RA_Salv |
SmilChr05G001395 |
WRKY | XP_057765344.1 |
MP00071 |
CGGTCAAC |
9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 51 / 149 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr02G002512 |
Chr02 | NC_080388.1:43577283-43577290promoter 内 667-674 bp |
- | 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 43572007-43573956(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G002770 |
Chr01 | NC_080387.1:46148914-46148921promoter 内 631-638 bp |
- | 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 46144436-46145551(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G000571 |
Chr02 | NC_080388.1:8065283-8065290promoter 内 610-617 bp |
- | 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 8068674-8071081(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr04G000597 |
Chr04 | NC_080390.1:6722720-6722727promoter 内 596-603 bp |
+ | 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 6715491-6719322(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G003980 |
Chr03 | NC_080389.1:58821830-58821837promoter 内 585-592 bp |
+ | 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 58815363-58818421(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr04G003578 |
Chr04 | NC_080390.1:52194793-52194800promoter 内 581-588 bp |
+ | 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 52198213-52202901(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G003696 |
Chr02 | NC_080388.1:58409988-58409995promoter 内 580-587 bp |
+ | 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 58413409-58416767(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G006091 |
Chr01 | NC_080387.1:76393689-76393696promoter 内 564-571 bp |
+ | 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 76397126-76481394(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G003095 |
Chr02 | NC_080388.1:51823261-51823268promoter 内 558-565 bp |
+ | 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 51826704-51829362(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr04G003328 |
Chr04 | NC_080390.1:50006521-50006528promoter 内 529-536 bp |
+ | 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 50001144-50003056(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G000588 |
Chr03 | NC_080389.1:6541486-6541493promoter 内 504-511 bp |
- | 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 6535229-6537996(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G001357 |
Chr01 | NC_080387.1:26834072-26834079promoter 内 495-502 bp |
+ | 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 26837578-26838320(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr04G001998 |
Chr04 | NC_080390.1:32338641-32338648promoter 内 479-486 bp |
- | 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 32335047-32335126(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G001363 |
Chr02 | NC_080388.1:25617513-25617520promoter 内 473-480 bp |
- | 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 25607442-25613992(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G004548 |
Chr01 | NC_080387.1:63611611-63611618promoter 内 470-477 bp |
- | 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 63605638-63608087(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G002504 |
Chr01 | NC_080387.1:42903465-42903472promoter 内 457-464 bp |
+ | 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 42907009-42908794(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr05G001491 |
Chr05 | NC_080391.1:13676914-13676921promoter 内 457-464 bp |
+ | 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 13680458-13683035(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr04G001551 |
Chr04 | NC_080390.1:25685218-25685225promoter 内 451-458 bp |
+ | 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 25688768-25694071(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G004429 |
Chr01 | NC_080387.1:62384765-62384772promoter 内 426-433 bp |
+ | 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 62388340-62389416(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G004424 |
Chr02 | NC_080388.1:66577381-66577388promoter 内 426-433 bp |
- | 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 66570968-66573813(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr05G000661 |
Chr05 | NC_080391.1:4979205-4979212promoter 内 409-416 bp |
+ | 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 4982797-4992411(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr05G001454 |
Chr05 | NC_080391.1:13290056-13290063promoter 内 408-415 bp |
+ | 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 13284606-13286470(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G001715 |
Chr03 | NC_080389.1:22977005-22977012promoter 内 400-407 bp |
+ | 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 22980606-22980712(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G000505 |
Chr01 | NC_080387.1:10228172-10228179promoter 内 386-393 bp |
- | 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 10222400-10224564(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr04G001963 |
Chr04 | NC_080390.1:31822570-31822577promoter 内 377-384 bp |
- | 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 31818171-31818953(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr03G001694 |
Chr03 | NC_080389.1:22454877-22454884promoter 内 375-382 bp |
+ | 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 22458503-22458609(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr01G002771 |
Chr01 | NC_080387.1:46148987-46148994promoter 内 371-378 bp |
- | 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 46152617-46155559(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G002817 |
Chr03 | NC_080389.1:44656312-44656319promoter 内 367-374 bp |
- | 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 44650403-44652685(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr05G001395 |
Chr05 | NC_080391.1:12510644-12510651promoter 内 344-351 bp |
- | 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 12514301-12520239(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr05G000373 |
Chr05 | NC_080391.1:2774648-2774655promoter 内 342-349 bp |
- | 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 2778307-2796734(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G000944 |
Chr03 | NC_080389.1:10705719-10705726promoter 内 335-342 bp |
+ | 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 10709385-10713375(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr03G001360 |
Chr03 | NC_080389.1:15963110-15963117promoter 内 334-341 bp |
+ | 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 15966777-15968542(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr03G000947 |
Chr03 | NC_080389.1:10737629-10737636promoter 内 327-334 bp |
+ | 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 10741303-10745284(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
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Chr01 | NC_080387.1:34332459-34332466promoter 内 324-331 bp |
+ | 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 34336136-34337437(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G001897 |
Chr02 | NC_080388.1:34263735-34263742promoter 内 284-291 bp |
- | 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 34267452-34269409(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr05G000466 |
Chr05 | NC_080391.1:3514842-3514849promoter 内 280-287 bp |
- | 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 3518563-3520476(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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Chr03 | NC_080389.1:63207155-63207162promoter 内 273-280 bp |
+ | 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 63210883-63215270(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
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Chr03 | NC_080389.1:13935677-13935684promoter 内 269-276 bp |
+ | 3725 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 13929505-13931952(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
SmilChr03G004252 |
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+ | 3726 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 60995335-61000124(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
TGGTCAAC |
SmilChr02G001761 |
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+ | 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 32363557-32364315(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
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Chr04 | NC_080390.1:53703222-53703229promoter 内 265-272 bp |
- | 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 53706958-53713237(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
MP00071 |
GTTGACCA |
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- | 3736 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 55424065-55424964(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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- | 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 75404654-75408191(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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SMil_00016341-RA_Salv |
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GTTGACCA |
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- | 3749 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 68346493-68352196(-) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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SMil_00016341-RA_Salv |
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+ | 3756 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 56655992-56661823(+) |
SMil_00016341-RA_Salv |
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+ | 3784 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 56161622-56166159(-) |
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- | 3806 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 97.9/ 100 | 2 | 2472102-2472657(+) |
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MP00071 |
GTTGACCA |