转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001395; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016341-RA_Salv SmilChr05G001395 WRKY XP_057765344.1 MP00071 CGGTCAAC

可能结合的靶基因

9764 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 51 / 149 下载 TSV

上一页 51 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002512 Chr02 NC_080388.1:43577283-43577290promoter 内 667-674 bp - 3327 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 43572007-43573956(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G002770 Chr01 NC_080387.1:46148914-46148921promoter 内 631-638 bp - 3363 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 46144436-46145551(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G000571 Chr02 NC_080388.1:8065283-8065290promoter 内 610-617 bp - 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 8068674-8071081(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr04G000597 Chr04 NC_080390.1:6722720-6722727promoter 内 596-603 bp + 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 6715491-6719322(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G003980 Chr03 NC_080389.1:58821830-58821837promoter 内 585-592 bp + 3409 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 58815363-58818421(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr04G003578 Chr04 NC_080390.1:52194793-52194800promoter 内 581-588 bp + 3413 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 52198213-52202901(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G003696 Chr02 NC_080388.1:58409988-58409995promoter 内 580-587 bp + 3414 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 58413409-58416767(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G006091 Chr01 NC_080387.1:76393689-76393696promoter 内 564-571 bp + 3430 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 76397126-76481394(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G003095 Chr02 NC_080388.1:51823261-51823268promoter 内 558-565 bp + 3436 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 51826704-51829362(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G003328 Chr04 NC_080390.1:50006521-50006528promoter 内 529-536 bp + 3465 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 50001144-50003056(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G000588 Chr03 NC_080389.1:6541486-6541493promoter 内 504-511 bp - 3490 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 6535229-6537996(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G001357 Chr01 NC_080387.1:26834072-26834079promoter 内 495-502 bp + 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 26837578-26838320(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G001998 Chr04 NC_080390.1:32338641-32338648promoter 内 479-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 32335047-32335126(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G001363 Chr02 NC_080388.1:25617513-25617520promoter 内 473-480 bp - 3521 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 25607442-25613992(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G004548 Chr01 NC_080387.1:63611611-63611618promoter 内 470-477 bp - 3524 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 63605638-63608087(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G002504 Chr01 NC_080387.1:42903465-42903472promoter 内 457-464 bp + 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 42907009-42908794(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr05G001491 Chr05 NC_080391.1:13676914-13676921promoter 内 457-464 bp + 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 13680458-13683035(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G001551 Chr04 NC_080390.1:25685218-25685225promoter 内 451-458 bp + 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 25688768-25694071(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G004429 Chr01 NC_080387.1:62384765-62384772promoter 内 426-433 bp + 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 62388340-62389416(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G004424 Chr02 NC_080388.1:66577381-66577388promoter 内 426-433 bp - 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 66570968-66573813(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr05G000661 Chr05 NC_080391.1:4979205-4979212promoter 内 409-416 bp + 3585 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 4982797-4992411(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr05G001454 Chr05 NC_080391.1:13290056-13290063promoter 内 408-415 bp + 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 13284606-13286470(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G001715 Chr03 NC_080389.1:22977005-22977012promoter 内 400-407 bp + 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 22980606-22980712(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G000505 Chr01 NC_080387.1:10228172-10228179promoter 内 386-393 bp - 3608 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 10222400-10224564(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr04G001963 Chr04 NC_080390.1:31822570-31822577promoter 内 377-384 bp - 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 31818171-31818953(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G001694 Chr03 NC_080389.1:22454877-22454884promoter 内 375-382 bp + 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 22458503-22458609(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G002771 Chr01 NC_080387.1:46148987-46148994promoter 内 371-378 bp - 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 46152617-46155559(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G002817 Chr03 NC_080389.1:44656312-44656319promoter 内 367-374 bp - 3627 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 44650403-44652685(-) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr05G001395 Chr05 NC_080391.1:12510644-12510651promoter 内 344-351 bp - 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 12514301-12520239(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr05G000373 Chr05 NC_080391.1:2774648-2774655promoter 内 342-349 bp - 3652 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 2778307-2796734(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G000944 Chr03 NC_080389.1:10705719-10705726promoter 内 335-342 bp + 3659 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 10709385-10713375(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G001360 Chr03 NC_080389.1:15963110-15963117promoter 内 334-341 bp + 3660 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 15966777-15968542(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr03G000947 Chr03 NC_080389.1:10737629-10737636promoter 内 327-334 bp + 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 10741303-10745284(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr01G001921 Chr01 NC_080387.1:34332459-34332466promoter 内 324-331 bp + 3670 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 34336136-34337437(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
SmilChr02G001897 Chr02 NC_080388.1:34263735-34263742promoter 内 284-291 bp - 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 34267452-34269409(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr05G000466 Chr05 NC_080391.1:3514842-3514849promoter 内 280-287 bp - 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 3518563-3520476(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 GTTGACCA
SmilChr03G004517 Chr03 NC_080389.1:63207155-63207162promoter 内 273-280 bp + 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 63210883-63215270(+) SMil_00016341-RA_Salv MP00071 TGGTCAAC
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