转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 52 / 161 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001634 Chr06 NC_080392.1:18323882-18323895promoter 内 282-295 bp - 3706 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 18319204-18320176(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTTA
SmilChr05G000796 Chr05 NC_080391.1:6236376-6236389promoter 内 260-273 bp - 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 6232570-6232648(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTTA
SmilChr07G002102 Chr07 NC_080393.1:19126429-19126442promoter 内 234-247 bp + 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 19122067-19122675(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAAAGAC
SmilChr03G000479 Chr03 NC_080389.1:5091730-5091743promoter 内 209-222 bp - 3779 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 5085337-5087951(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTCTTTGACTTTGA
SmilChr05G001698 Chr05 NC_080391.1:16190190-16190203promoter 内 131-144 bp + 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 16194060-16196659(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTCTTTGACTTTGT
SmilChr05G001848 Chr05 NC_080391.1:18512533-18512546promoter 内 129-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 18506540-18508674(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACTGTTGACTTTCC
SmilChr02G001051 Chr02 NC_080388.1:18749330-18749343promoter 内 104-117 bp - 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 18741084-18745446(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTTA
SmilChr04G004003 Chr04 NC_080390.1:55369126-55369139promoter 内 57-70 bp - 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 55373070-55378103(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTAAAGTCAACACT
SmilChr03G000719 Chr03 NC_080389.1:8054611-8054624promoter 内 32-45 bp + 3956 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 8058580-8060311(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCGGTTGACTTCGT
SmilChr01G001686 Chr01 NC_080387.1:31093526-31093539promoter 内 31-44 bp - 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 31086192-31089569(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTCGTTGACTTGTA
SmilChr07G000953 Chr07 NC_080393.1:6838953-6838966promoter 内 30-43 bp - 3958 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 6842924-6845881(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAAGAA
SmilChr03G002415 Chr03 NC_080389.1:38384013-38384026promoter 内 23-36 bp - 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 38378930-38380048(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCGTTGACTTACT
SmilChr02G002410 Chr02 NC_080388.1:42060620-42060633promoter 内 3-16 bp - 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 42052869-42056635(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTCTTTGACTTTTA
SmilChr03G003964 Chr03 NC_080389.1:58681880-58681893promoter 内 3664-3677 bp + 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 58682217-58682558(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTTGTTGACTTTCA
SmilChr08G000234 Chr08 NC_080394.1:1595856-1595869promoter 内 3077-3090 bp + 911 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 1594398-1594945(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAAGTT
SmilChr08G000233 Chr08 NC_080394.1:1595856-1595869promoter 内 2499-2512 bp + 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 1590925-1594367(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAAGTT
SmilChr06G002935 Chr06 NC_080392.1:42189457-42189470promoter 内 92-105 bp - 3896 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 3 42184981-42185561(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACCTTTGACTTTGA
SmilChr05G000025 Chr05 NC_080391.1:129373-129386promoter 内 3973-3986 bp + 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 129401-132645(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCCGTTGACTTGCG
SmilChr01G005431 Chr01 NC_080387.1:71469813-71469826promoter 内 3855-3868 bp + 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 71469959-71473519(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCGTTTGACTTTTT
SmilChr06G000300 Chr06 NC_080392.1:2136268-2136281promoter 内 3685-3698 bp + 303 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 2135307-2135965(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGAAGTCAAAGCC
SmilChr08G000240 Chr08 NC_080394.1:1651573-1651586promoter 内 3538-3551 bp + 450 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 1652036-1655107(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTGTTGACTTTGC
SmilChr02G001910 Chr02 NC_080388.1:34395850-34395863promoter 内 2881-2894 bp + 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 34388363-34394743(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAAGTG
SmilChr01G001013 Chr01 NC_080387.1:21315475-21315488promoter 内 2621-2634 bp + 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 21311153-21314108(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAAGTT
SmilChr01G004444 Chr01 NC_080387.1:62557780-62557793promoter 内 2611-2624 bp - 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 62559170-62565033(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCGAAGTCAACGTG
SmilChr01G004443 Chr01 NC_080387.1:62557780-62557793promoter 内 2269-2282 bp - 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 62554906-62556061(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CACGTTGACTTCGA
SmilChr01G002240 Chr01 NC_080387.1:38947568-38947581promoter 内 2256-2269 bp + 1732 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 38949313-38953240(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACTTTGACTTTGT
SmilChr01G004126 Chr01 NC_080387.1:59754819-59754832promoter 内 2145-2158 bp - 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 59756675-59758001(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCAAAGTCAACATT
SmilChr02G001714 Chr02 NC_080388.1:31522667-31522680promoter 内 1979-1992 bp + 2009 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 31524689-31528999(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GTGGTTGACTTATT
SmilChr01G005265 Chr01 NC_080387.1:70112373-70112386promoter 内 1928-1941 bp + 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 70114446-70115342(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGTGTTGACTTTCA
SmilChr01G001852 Chr01 NC_080387.1:33442918-33442931promoter 内 1922-1935 bp - 2066 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 33438179-33440852(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CTCGTTGACTTCAG
SmilChr03G002258 Chr03 NC_080389.1:35558716-35558729promoter 内 1886-1899 bp - 2102 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 35560831-35561946(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGAAGTCAACCAG
SmilChr05G000856 Chr05 NC_080391.1:6766503-6766516promoter 内 1675-1688 bp + 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 6768829-6771109(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGGTTTGACTTTTT
SmilChr05G003219 Chr05 NC_080391.1:41310915-41310928promoter 内 923-936 bp - 3065 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 41313993-41315268(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAAATGC
SmilChr03G003168 Chr03 NC_080389.1:49030225-49030238promoter 内 907-920 bp - 3081 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 49033319-49033917(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACAAAGTCAAAGTT
SmilChr01G001015 Chr01 NC_080387.1:21315475-21315488promoter 内 366-379 bp + 3622 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 21319110-21321772(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACTTTGACTTTGT
SmilChr02G001891 Chr02 NC_080388.1:34217698-34217711promoter 内 3899-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 34217800-34219981(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAAAAGTCAAAGTG
SmilChr01G002768 Chr01 NC_080387.1:46132684-46132697promoter 内 3827-3840 bp + 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 46131516-46132523(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGCAAGTCAACGGC
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