转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 52 / 129 下载 TSV

上一页 52 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003279 Chr01 NC_080387.1:51494685-51494692promoter 内 158-165 bp - 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 51489904-51490849(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G003474 Chr01 NC_080387.1:53295183-53295190promoter 内 155-162 bp + 3839 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 53299029-53300900(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G002931 Chr02 NC_080388.1:49808822-49808829promoter 内 152-159 bp - 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 49802967-49804980(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G004543 Chr02 NC_080388.1:67986119-67986126promoter 内 137-144 bp - 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 67989983-67994776(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G002956 Chr01 NC_080387.1:48427883-48427890promoter 内 113-120 bp + 3881 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 48418977-48424002(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G001322 Chr01 NC_080387.1:26255646-26255653promoter 内 111-118 bp + 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 26259536-26262315(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G004357 Chr02 NC_080388.1:65862172-65862179promoter 内 110-117 bp - 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 65866063-65868588(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G000059 Chr01 NC_080387.1:950699-950706promoter 内 104-111 bp + 3890 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 945299-946809(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr03G000048 Chr03 NC_080389.1:498933-498940promoter 内 99-106 bp - 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 502835-504501(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G004763 Chr02 NC_080388.1:69808774-69808781promoter 内 98-105 bp - 3896 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 69802998-69804878(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G001080 Chr02 NC_080388.1:19350790-19350797promoter 内 93-100 bp + 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 19344225-19346889(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G002271 Chr01 NC_080387.1:39471598-39471605promoter 内 90-97 bp - 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 39475509-39476317(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr02G000811 Chr02 NC_080388.1:13600467-13600474promoter 内 70-77 bp + 3924 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 13604398-13606703(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G001933 Chr01 NC_080387.1:34487975-34487982promoter 内 55-62 bp - 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 34491921-34493051(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G001732 Chr01 NC_080387.1:31918515-31918522promoter 内 46-53 bp - 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 31914461-31914567(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G001733 Chr01 NC_080387.1:31927022-31927029promoter 内 46-53 bp - 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 31922968-31923074(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G002461 Chr01 NC_080387.1:42284937-42284944promoter 内 44-51 bp + 3950 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 42288894-42289000(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G000530 Chr01 NC_080387.1:10841674-10841681promoter 内 34-41 bp + 3960 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 10834673-10837714(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G001337 Chr01 NC_080387.1:26556436-26556443promoter 内 32-39 bp - 3962 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 26560405-26567016(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G004044 Chr01 NC_080387.1:58865953-58865960promoter 内 28-35 bp + 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 58869926-58875331(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G000278 Chr01 NC_080387.1:5494305-5494312promoter 内 18-25 bp - 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 5490223-5490329(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G000605 Chr01 NC_080387.1:13316156-13316163promoter 内 17-24 bp + 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 13320140-13320246(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr01G006089 Chr01 NC_080387.1:76375158-76375165promoter 内 17-24 bp + 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 76379142-76387200(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 AATGTTGC
SmilChr02G004420 Chr02 NC_080388.1:66521987-66521994promoter 内 17-24 bp - 3977 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.8/ 100 1 66525971-66527914(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATT
SmilChr01G000198 Chr01 NC_080387.1:3390188-3390195promoter 内 1394-1401 bp - 2600 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 6 3392795-3394156(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G000047 Chr02 NC_080388.1:637170-637177promoter 内 3577-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 5 637594-649458(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G003282 Chr01 NC_080387.1:51514227-51514234promoter 内 3273-3280 bp + 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 5 51514955-51522867(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G002240 Chr01 NC_080387.1:38948172-38948179promoter 内 2860-2867 bp + 1134 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 5 38949313-38953240(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G001127 Chr01 NC_080387.1:22869098-22869105promoter 内 1949-1956 bp - 2045 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 5 22871150-22872813(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G003186 Chr01 NC_080387.1:50615734-50615741promoter 内 1888-1895 bp + 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 5 50611651-50613628(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G004932 Chr02 NC_080388.1:71318261-71318268promoter 内 941-948 bp + 3053 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 5 71313833-71315208(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G003772 Chr01 NC_080387.1:56082878-56082885promoter 内 3863-3870 bp - 131 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 56083016-56085836(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G001866 Chr01 NC_080387.1:33643173-33643180promoter 内 3746-3753 bp + 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 33643428-33644575(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G000606 Chr01 NC_080387.1:13444487-13444494promoter 内 3439-3446 bp - 555 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 13445049-13452321(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G001586 Chr02 NC_080388.1:29607656-29607663promoter 内 3277-3284 bp + 717 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 29606779-29606939(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G002142 Chr02 NC_080388.1:38542435-38542442promoter 内 3096-3103 bp - 898 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 38543340-38546017(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr01G000679 Chr01 NC_080387.1:14998185-14998192promoter 内 3081-3088 bp - 913 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 14999105-15003423(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr03G000020 Chr03 NC_080389.1:240218-240225promoter 内 3076-3083 bp + 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 241143-243722(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
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SmilChr01G004946 Chr01 NC_080387.1:67560099-67560106promoter 内 2531-2538 bp - 1463 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 67555120-67558636(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr02G001141 Chr02 NC_080388.1:20650614-20650621promoter 内 2097-2104 bp - 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 20647071-20648717(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G003413 Chr01 NC_080387.1:52782898-52782905promoter 内 2076-2083 bp + 1918 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 52784823-52784893(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
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SmilChr01G002554 Chr01 NC_080387.1:43651897-43651904promoter 内 1877-1884 bp + 2117 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 43654021-43655734(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
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SmilChr02G002729 Chr02 NC_080388.1:47209247-47209254promoter 内 1012-1019 bp + 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 47205786-47206265(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
SmilChr02G002353 Chr02 NC_080388.1:41320226-41320233promoter 内 728-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 41314921-41316960(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GATGTTGC
SmilChr01G002643 Chr01 NC_080387.1:44697267-44697274promoter 内 615-622 bp - 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.7/ 100 4 44700653-44702525(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATC
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