转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 53 / 128 下载 TSV

上一页 53 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001727 Chr05 NC_080391.1:16621350-16621364promoter 内 3328-3342 bp - 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 16622023-16625294(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGAAG
SmilChr02G004133 Chr02 NC_080388.1:63596451-63596465promoter 内 3301-3315 bp - 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 63594719-63595765(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTGCGCCACCGCCG
SmilChr07G002861 Chr07 NC_080393.1:28762211-28762225promoter 内 3059-3073 bp + 928 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 28763153-28765940(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCCGCCACCGCCG
SmilChr06G000062 Chr06 NC_080392.1:514430-514444promoter 内 3033-3047 bp + 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 505950-513476(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCTAG
SmilChr01G005723 Chr01 NC_080387.1:73398802-73398816promoter 内 3027-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 73393875-73397842(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGGAAC
SmilChr01G003627 Chr01 NC_080387.1:54806892-54806906promoter 内 2924-2938 bp - 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54807969-54815816(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAAGCTG
SmilChr07G003052 Chr07 NC_080393.1:31835936-31835950promoter 内 2878-2892 bp - 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 31837059-31845883(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCTAG
SmilChr08G001439 Chr08 NC_080394.1:11542609-11542623promoter 内 2868-2882 bp + 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 11543742-11549729(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCAGCCACCGCCT
SmilChr08G000931 Chr08 NC_080394.1:6907450-6907464promoter 内 2858-2872 bp - 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 6894271-6906321(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCATCTCCACCGCCA
SmilChr07G000875 Chr07 NC_080393.1:6267528-6267542promoter 内 2642-2656 bp - 1345 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 6259930-6266183(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GTTCCGCCACCGCCG
SmilChr02G004733 Chr02 NC_080388.1:69566569-69566583promoter 内 2630-2644 bp + 1357 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 69561938-69565212(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGAAG
SmilChr04G003552 Chr04 NC_080390.1:51870029-51870043promoter 内 2591-2605 bp - 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 51871439-51874971(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGCAGGGGG
SmilChr01G001624 Chr01 NC_080387.1:30330573-30330587promoter 内 2469-2483 bp - 1518 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 30328983-30329055(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCGCCACCGCGG
SmilChr01G003644 Chr01 NC_080387.1:54923583-54923597promoter 内 2463-2477 bp - 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54925121-54932996(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAAGCTG
SmilChr05G001401 Chr05 NC_080391.1:12603857-12603871promoter 内 2452-2466 bp + 1535 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 12601265-12602322(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGTCGGTGGAGGCGG
SmilChr01G003625 Chr01 NC_080387.1:54806892-54806906promoter 内 2451-2465 bp - 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54802917-54805356(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCTTCCACCGCCG
SmilChr03G003037 Chr03 NC_080389.1:47271276-47271290promoter 内 2406-2420 bp - 1581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 47272871-47274909(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGAGCCGA
SmilChr04G002111 Chr04 NC_080390.1:34086315-34086329promoter 内 2305-2319 bp - 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 34088011-34093969(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGAGATGA
SmilChr06G000786 Chr06 NC_080392.1:7379540-7379554promoter 内 2236-2250 bp + 1751 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 7381305-7391870(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ACGGCGCCACCGCCT
SmilChr01G003642 Chr01 NC_080387.1:54923583-54923597promoter 内 2182-2196 bp - 1805 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54919370-54921778(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCTTCCACCGCCG
SmilChr04G003898 Chr04 NC_080390.1:54765554-54765568promoter 内 1932-1946 bp + 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54767623-54768268(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCTCGCCACCGCCT
SmilChr07G002310 Chr07 NC_080393.1:21383320-21383334promoter 内 1916-1930 bp - 2071 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 21378583-21381249(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCTCTGCCACCGCCG
SmilChr05G002417 Chr05 NC_080391.1:26690992-26691006promoter 内 1888-1902 bp + 2099 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 26693105-26693223(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCGCCACCGCCC
SmilChr02G000379 Chr02 NC_080388.1:4771826-4771840promoter 内 1876-1890 bp + 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4766030-4769715(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCGCGGTGGCGGAGG
SmilChr02G002555 Chr02 NC_080388.1:44465336-44465350promoter 内 1789-1803 bp + 2198 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 44461832-44463138(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGCGGAAG
SmilChr02G003462 Chr02 NC_080388.1:55913927-55913941promoter 内 1769-1783 bp + 2218 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 55907528-55911709(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGTAGG
SmilChr06G000241 Chr06 NC_080392.1:1617921-1617935promoter 内 1607-1621 bp + 2380 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 1613025-1615541(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGATGCGA
SmilChr07G002785 Chr07 NC_080393.1:27763660-27763674promoter 内 1591-1605 bp - 2396 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 27760220-27761264(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCAGCTCCACCGCCG
SmilChr04G003929 Chr04 NC_080390.1:54948024-54948038promoter 内 1587-1601 bp + 2400 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54950438-54951426(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTTCCGCCACCGCCC
SmilChr07G003305 Chr07 NC_080393.1:35048514-35048528promoter 内 1534-1548 bp - 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 35050981-35054963(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCAGAGA
SmilChr07G000626 Chr07 NC_080393.1:4232721-4232735promoter 内 1495-1509 bp - 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4229236-4230229(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TATCCGCCACCGCCG
SmilChr04G003899 Chr04 NC_080390.1:54765554-54765568promoter 内 1465-1479 bp + 2522 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 54768090-54768240(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCTCGCCACCGCCT
SmilChr05G003785 Chr05 NC_080391.1:51167834-51167848promoter 内 1009-1023 bp - 2978 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 51170826-51173667(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCTAG
SmilChr05G002414 Chr05 NC_080391.1:26673419-26673433promoter 内 1005-1019 bp + 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 26676415-26679935(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGGGCCACCGCCG
SmilChr04G000461 Chr04 NC_080390.1:4917210-4917224promoter 内 899-913 bp - 3088 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4906099-4914122(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCGACCACCGCCA
SmilChr02G004949 Chr02 NC_080388.1:71440432-71440446promoter 内 730-744 bp + 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 71429678-71437175(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGAGGA
SmilChr04G003551 Chr04 NC_080390.1:51870029-51870043promoter 内 703-717 bp - 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 51863397-51866745(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCCCTGCACCGCCA
SmilChr08G002841 Chr08 NC_080394.1:28279655-28279669promoter 内 421-435 bp - 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 28274361-28276089(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGTCTCCACCGCCG
SmilChr02G001871 Chr02 NC_080388.1:33995491-33995505promoter 内 397-411 bp + 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 33990153-33991901(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGCCGGTGGAGGTGG
SmilChr05G000469 Chr05 NC_080391.1:3550161-3550175promoter 内 372-386 bp + 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 3544513-3546546(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGAGATGG
SmilChr01G003829 Chr01 NC_080387.1:56628049-56628063promoter 内 292-306 bp - 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 56631758-56633259(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCTGTTG
SmilChr04G004179 Chr04 NC_080390.1:56373199-56373213promoter 内 259-273 bp + 3728 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 56376941-56383053(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCAGCCACCGCCT
SmilChr04G000456 Chr04 NC_080390.1:4834240-4834254promoter 内 145-159 bp - 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4824923-4830398(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCATCTCCACCGCCA
SmilChr07G002412 Chr07 NC_080393.1:22493327-22493341promoter 内 102-116 bp - 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 22486563-22489442(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TCCTCGCCACCGCCT
SmilChr05G002121 Chr05 NC_080391.1:22287271-22287285promoter 内 1920-1934 bp + 2067 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 22284437-22285204(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GAGCGGCGGAGGTGG
SmilChr04G001109 Chr04 NC_080390.1:15921264-15921278promoter 内 1034-1048 bp + 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 4 15924231-15929789(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACGGCCACCGCCA
SmilChr03G001083 Chr03 NC_080389.1:12539791-12539805promoter 内 2653-2667 bp - 1334 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 12541139-12542739(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCGGC
SmilChr05G002170 Chr05 NC_080391.1:23049360-23049374promoter 内 2332-2346 bp + 1655 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 23051029-23054239(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCGCGCCACCGCCT
SmilChr03G001193 Chr03 NC_080389.1:13747508-13747522promoter 内 1162-1176 bp - 2825 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 13750347-13751267(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGTGGCGGAGGTGG
SmilChr03G003366 Chr03 NC_080389.1:52009507-52009521promoter 内 1019-1033 bp - 2968 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 52005138-52006539(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGCTCGCCACCGCCG