转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000619; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006374-RA_Salv SmilChr05G000619 WRKY XP_057764205.1 MP00167 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9756 个结合位点 6439 个候选靶基因 第 53 / 129 下载 TSV

上一页 53 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000321 Chr02 NC_080388.1:4034576-4034586promoter 内 345-355 bp + 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 4038232-4039837(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CAGAGTCAACC
SmilChr02G001084 Chr02 NC_080388.1:19425168-19425178promoter 内 276-286 bp + 3715 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 2 19417826-19421453(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GGTTGACTCTT
SmilChr03G000930 Chr03 NC_080389.1:10620444-10620454promoter 内 3924-3934 bp + 67 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 10620521-10654750(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATAAGTCAACA
SmilChr01G000172 Chr01 NC_080387.1:2833390-2833400promoter 内 3923-3933 bp - 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 2833468-2836431(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTCT
SmilChr03G000457 Chr03 NC_080389.1:4869680-4869690promoter 内 3857-3867 bp - 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4865793-4869546(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATAAGTCAACA
SmilChr01G001649 Chr01 NC_080387.1:30551441-30551451promoter 内 3849-3859 bp - 142 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 30549545-30551299(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATAAGTCAACA
SmilChr02G000616 Chr02 NC_080388.1:8977922-8977932promoter 内 3814-3824 bp + 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 8978109-8984463(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATAAGTCAACA
SmilChr01G001723 Chr01 NC_080387.1:31774991-31775001promoter 内 3791-3801 bp + 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 31774114-31774791(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTCT
SmilChr01G004548 Chr01 NC_080387.1:63608328-63608338promoter 内 3750-3760 bp + 241 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 63605638-63608087(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GGTTGACTCTG
SmilChr01G003291 Chr01 NC_080387.1:51607633-51607643promoter 内 3691-3701 bp + 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 51604540-51607333(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTCT
SmilChr01G002033 Chr01 NC_080387.1:35943581-35943591promoter 内 3550-3560 bp + 441 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 35944032-35944170(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATAAGTCAACA
SmilChr03G000509 Chr03 NC_080389.1:5488737-5488747promoter 内 3528-3538 bp + 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 5489210-5490217(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATAAGTCAACA
SmilChr03G000983 Chr03 NC_080389.1:11146541-11146551promoter 内 3500-3510 bp + 491 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 11147042-11148049(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATAAGTCAACA
SmilChr01G000589 Chr01 NC_080387.1:12816353-12816363promoter 内 3478-3488 bp + 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 12816876-12820859(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGAAGTCAAAG
SmilChr01G001232 Chr01 NC_080387.1:24768100-24768110promoter 内 3470-3480 bp - 521 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24762242-24767579(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATAAGTCAACA
SmilChr01G005592 Chr01 NC_080387.1:72568570-72568580promoter 内 3363-3373 bp - 628 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 72569208-72572399(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTACT
SmilChr02G004687 Chr02 NC_080388.1:69193954-69193964promoter 内 3279-3289 bp + 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 69190049-69193242(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTTAT
SmilChr02G002656 Chr02 NC_080388.1:45997949-45997959promoter 内 3275-3285 bp - 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45994844-45997233(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATAAGTCAACA
SmilChr02G004236 Chr02 NC_080388.1:64544353-64544363promoter 内 3273-3283 bp - 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 64545081-64552300(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTCT
SmilChr02G002775 Chr02 NC_080388.1:47813729-47813739promoter 内 3222-3232 bp + 769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 47814508-47817471(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTAGTCAACT
SmilChr02G002140 Chr02 NC_080388.1:38536174-38536184promoter 内 3217-3227 bp - 774 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 38536958-38539443(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTCT
SmilChr01G002550 Chr01 NC_080387.1:43604934-43604944promoter 内 3183-3193 bp + 808 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 43605752-43610948(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATAAGTCAACA
SmilChr03G000860 Chr03 NC_080389.1:9819916-9819926promoter 内 3178-3188 bp + 813 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 9820739-9825687(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGAAGTCAAAG
SmilChr03G000943 Chr03 NC_080389.1:10709405-10709415promoter 内 2936-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 10707604-10708350(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTTAT
SmilChr03G000946 Chr03 NC_080389.1:10741316-10741326promoter 内 2936-2946 bp + 1055 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 10739515-10740261(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTTAT
SmilChr01G000089 Chr01 NC_080387.1:1641343-1641353promoter 内 2931-2941 bp + 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 1638153-1640283(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTTAT
SmilChr01G003416 Chr01 NC_080387.1:52796598-52796608promoter 内 2914-2924 bp + 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 52797685-52800784(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATAAGTCAACA
SmilChr01G002736 Chr01 NC_080387.1:45694853-45694863promoter 内 2811-2821 bp - 1180 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 45696043-45696201(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 AGTTGACTACT
SmilChr01G002977 Chr01 NC_080387.1:48717092-48717102promoter 内 2627-2637 bp - 1364 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 48714807-48715728(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CAGAGTCAACC
SmilChr01G001234 Chr01 NC_080387.1:24768100-24768110promoter 内 2572-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 24769529-24773415(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 TGTTGACTTAT
SmilChr01G005014 Chr01 NC_080387.1:68155127-68155137promoter 内 2568-2578 bp - 1423 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 68147387-68153704(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 ATAAGTCAACA
SmilChr02G002331 Chr02 NC_080388.1:41006638-41006648promoter 内 2517-2527 bp - 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 41008122-41013262(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTCT
SmilChr01G003218 Chr01 NC_080387.1:50953192-50953202promoter 内 2385-2395 bp - 1606 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 50954808-50957390(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTCT
SmilChr02G000340 Chr02 NC_080388.1:4385908-4385918promoter 内 2378-2388 bp - 1613 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 4387531-4388307(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTCT
SmilChr02G005580 Chr02 NC_080388.1:75631046-75631056promoter 内 2356-2366 bp - 1635 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 75632691-75636781(+) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 CTTTGACTTCT
SmilChr01G004783 Chr01 NC_080387.1:66030594-66030604promoter 内 2182-2192 bp + 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.7/ 100 1 66028084-66028785(-) SMil_00006374-RA_Salv MP00167 GGTTGACTCTT
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