转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 53 / 134 下载 TSV

上一页 53 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003433 Chr08 NC_080394.1:36623665-36623679promoter 内 3972-3986 bp - 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 36623195-36623650(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGCTGCCGACGTTC
SmilChr07G004326 Chr07 NC_080393.1:55825719-55825733promoter 内 3823-3837 bp - 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 55822442-55825555(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGCTCGCCGACACAC
SmilChr04G002468 Chr04 NC_080390.1:39502927-39502941promoter 内 3776-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 39503152-39505282(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGTGTCGGCCACAC
SmilChr05G002543 Chr05 NC_080391.1:28379905-28379919promoter 内 3742-3756 bp + 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 28380164-28383807(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGAAGCCGACATCC
SmilChr07G002666 Chr07 NC_080393.1:25934968-25934982promoter 内 3722-3736 bp - 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 25935247-25937461(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGTGTCGGCCACAC
SmilChr07G004719 Chr07 NC_080393.1:60071488-60071502promoter 内 3712-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 60068475-60071213(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGCGGTTT
SmilChr05G001340 Chr05 NC_080391.1:11815659-11815673promoter 内 3681-3695 bp - 306 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 11815979-11817212(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCACGTCGGCAGTTG
SmilChr04G000727 Chr04 NC_080390.1:8532341-8532355promoter 内 3645-3659 bp + 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 8532697-8533659(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGTTTACCGACATGT
SmilChr02G003993 Chr02 NC_080388.1:62234001-62234015promoter 内 3635-3649 bp - 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 62230799-62233649(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GACTCACCGACATTC
SmilChr02G001276 Chr02 NC_080388.1:23403539-23403553promoter 内 3606-3620 bp - 381 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 23403934-23411765(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGTCATCA
SmilChr08G002415 Chr08 NC_080394.1:22958128-22958142promoter 内 3601-3615 bp + 386 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 22958528-22963101(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGGCGGCCGACAACT
SmilChr05G003555 Chr05 NC_080391.1:47460670-47460684promoter 内 3597-3611 bp + 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 47456353-47460280(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TATTGTCGGCGGCAG
SmilChr08G000893 Chr08 NC_080394.1:6622472-6622486promoter 内 3541-3555 bp - 446 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 6621348-6622026(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCTGCGCCGACAACC
SmilChr04G003464 Chr04 NC_080390.1:51122913-51122927promoter 内 3513-3527 bp + 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 51123401-51126909(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGAGGGCCGACATGA
SmilChr02G004040 Chr02 NC_080388.1:62716744-62716758promoter 内 3463-3477 bp + 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 62717282-62719057(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTCTCGCCGACACAC
SmilChr03G001877 Chr03 NC_080389.1:26050958-26050972promoter 内 3418-3432 bp - 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 26051541-26060128(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTGTGTCGGCGAGCC
SmilChr06G001688 Chr06 NC_080392.1:19226623-19226637promoter 内 3405-3419 bp + 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 19227219-19230301(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACCGCCGACACAT
SmilChr07G000558 Chr07 NC_080393.1:3851977-3851991promoter 内 3402-3416 bp - 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3846599-3851392(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCCAGCCGACATGC
SmilChr08G000230 Chr08 NC_080394.1:1546957-1546971promoter 内 3400-3414 bp - 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 1543301-1546370(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAGCTACCGACATTT
SmilChr07G000560 Chr07 NC_080393.1:3851977-3851991promoter 内 3383-3397 bp - 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 3850323-3851373(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCCAGCCGACATGC
SmilChr03G000862 Chr03 NC_080389.1:9834380-9834394promoter 内 3372-3386 bp + 615 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 9835009-9836011(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCCAGCCGACATGC
SmilChr05G001748 Chr05 NC_080391.1:17022270-17022284promoter 内 3325-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 17022946-17025027(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCCAGCCGACATGC
SmilChr01G004786 Chr01 NC_080387.1:66084245-66084259promoter 内 3299-3313 bp + 688 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 66084947-66086132(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCCAGCCGACATGC
SmilChr06G002389 Chr06 NC_080392.1:34689898-34689912promoter 内 3285-3299 bp + 702 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 34690614-34693094(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCGGAACCGACATGG
SmilChr01G001442 Chr01 NC_080387.1:28109736-28109750promoter 内 3247-3261 bp - 740 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 28102489-28108996(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGCTGCCGACAACA
SmilChr03G004140 Chr03 NC_080389.1:60237004-60237018promoter 内 3242-3256 bp + 745 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 60237763-60239550(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATTTTGCCGACGTCA
SmilChr06G002391 Chr06 NC_080392.1:34721524-34721538promoter 内 3239-3253 bp - 748 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 34722286-34723041(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGACGTCGGCACCAT
SmilChr08G002241 Chr08 NC_080394.1:20554500-20554514promoter 内 3164-3178 bp - 823 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 20552907-20553677(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATCCAGCCGACATGC
SmilChr08G004127 Chr08 NC_080394.1:50119347-50119361promoter 内 3096-3110 bp + 891 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 50116983-50118456(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTGTGTCGGCGAGCC
SmilChr08G004123 Chr08 NC_080394.1:50087531-50087545promoter 内 3087-3101 bp - 900 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 50088445-50089898(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTGTGTCGGCGAGCC
SmilChr07G004163 Chr07 NC_080393.1:53503181-53503195promoter 内 3067-3081 bp + 920 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 53504115-53508674(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCAATGCCGACACCG
SmilChr05G001396 Chr05 NC_080391.1:12525328-12525342promoter 内 3027-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 12526302-12531354(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACGATGCCGACAACG
SmilChr06G002453 Chr06 NC_080392.1:35315607-35315621promoter 内 3022-3036 bp - 965 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 35316586-35319706(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAATGTCGGCGGTTT
SmilChr06G000638 Chr06 NC_080392.1:5646174-5646188promoter 内 2990-3004 bp + 997 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 5647185-5648867(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGACCGACATGA
SmilChr03G003859 Chr03 NC_080389.1:57679607-57679621promoter 内 2982-2996 bp - 1005 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.1/ 100 1 57678022-57678602(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTATTGCCGACATAT
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