转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 53 / 121 下载 TSV

上一页 53 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002165 Chr03 NC_080389.1:33693801-33693815promoter 内 2329-2343 bp + 1658 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 6 33688071-33692143(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGCCACT
SmilChr03G003260 Chr03 NC_080389.1:50497353-50497367promoter 内 2297-2311 bp - 1690 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 6 50495025-50495663(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATGCAGATCTGCA
SmilChr04G003559 Chr04 NC_080390.1:51966836-51966850promoter 内 2171-2185 bp + 1816 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 6 51968666-51970301(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGGT
SmilChr02G001173 Chr02 NC_080388.1:21557449-21557463promoter 内 2119-2133 bp + 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 6 21549114-21555581(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCCGCC
SmilChr04G001643 Chr04 NC_080390.1:27349069-27349083promoter 内 1056-1070 bp - 2931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 6 27352014-27353088(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCCGCC
SmilChr04G002301 Chr04 NC_080390.1:37252272-37252286promoter 内 494-508 bp + 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 6 37255779-37260849(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGTGGATCTGAT
SmilChr04G001208 Chr04 NC_080390.1:18714090-18714104promoter 内 3556-3570 bp - 431 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 5 18714535-18721749(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGCCGCC
SmilChr01G000955 Chr01 NC_080387.1:20208741-20208755promoter 内 2815-2829 bp + 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 5 20209927-20213471(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGTGGATCTGAT
SmilChr05G000975 Chr05 NC_080391.1:7879727-7879741promoter 内 2056-2070 bp + 1931 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 5 7881672-7883794(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGGT
SmilChr02G003735 Chr02 NC_080388.1:58986681-58986695promoter 内 1588-1602 bp - 2399 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 5 58981685-58984282(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGGT
SmilChr03G001552 Chr03 NC_080389.1:19554018-19554032promoter 内 533-547 bp - 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 5 19557486-19558284(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCCGCC
SmilChr04G000151 Chr04 NC_080390.1:1326469-1326483promoter 内 124-138 bp + 3863 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 5 1318684-1322606(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGCCGCC
SmilChr02G001705 Chr02 NC_080388.1:31360628-31360642promoter 内 3410-3424 bp - 577 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 4 31361219-31369495(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGCCGCC
SmilChr02G000307 Chr02 NC_080388.1:3867667-3867681promoter 内 2457-2471 bp + 1530 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 4 3869211-3870828(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCAGTGGATCTGAT
SmilChr04G000278 Chr04 NC_080390.1:2545798-2545812promoter 内 1738-1752 bp - 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 4 2548061-2548459(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGCCGCC
SmilChr02G000434 Chr02 NC_080388.1:5646998-5647012promoter 内 1583-1597 bp - 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 4 5649416-5652266(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTAAAGAC
SmilChr02G000499 Chr02 NC_080388.1:6871338-6871352promoter 内 1227-1241 bp + 2760 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 4 6874112-6877974(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTGCCAGATCTGAC
SmilChr02G000639 Chr02 NC_080388.1:9682860-9682874promoter 内 9-23 bp - 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 4 9674435-9678882(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCGGCAGATCTGGT
SmilChr04G001444 Chr04 NC_080390.1:23736031-23736045promoter 内 2980-2994 bp + 1007 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 23731533-23735024(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCCGCCGCC
SmilChr04G001701 Chr04 NC_080390.1:28151099-28151113promoter 内 2754-2768 bp - 1233 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 28138086-28149866(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATTGCCAGATCTGAC
SmilChr03G004057 Chr03 NC_080389.1:59519259-59519273promoter 内 1323-1337 bp - 2664 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 59521937-59522753(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CCCAGATCTACCGCT
SmilChr04G001702 Chr04 NC_080390.1:28151099-28151113promoter 内 631-645 bp - 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 3 28154469-28156233(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GTCAGATCTGGCAAT
SmilChr03G002135 Chr03 NC_080389.1:33233450-33233464promoter 内 3878-3892 bp - 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 33231916-33233341(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GACGCTAGATCTAAG
SmilChr04G001921 Chr04 NC_080390.1:31300353-31300367promoter 内 3412-3426 bp + 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 31294926-31299778(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGTTCCT
SmilChr04G003187 Chr04 NC_080390.1:48572869-48572883promoter 内 3276-3290 bp - 711 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 48573594-48576812(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTTAGATCTAATTTT
SmilChr04G001192 Chr04 NC_080390.1:18238526-18238540promoter 内 3269-3283 bp - 718 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 18239258-18241385(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTATTTAT
SmilChr01G001924 Chr01 NC_080387.1:34388926-34388940promoter 内 3258-3272 bp + 729 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 34384607-34388197(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCATTCTC
SmilChr05G000023 Chr05 NC_080391.1:104236-104250promoter 内 3241-3255 bp + 746 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 104996-116536(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATGCAGATCTGCA
SmilChr03G002843 Chr03 NC_080389.1:44974727-44974741promoter 内 2965-2979 bp + 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 44971882-44973705(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCCGCC
SmilChr04G001191 Chr04 NC_080390.1:18238526-18238540promoter 内 2753-2767 bp - 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 18236463-18237292(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATAAATAGATCTGAA
SmilChr03G003720 Chr03 NC_080389.1:56216763-56216777promoter 内 2683-2697 bp + 1304 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 56212604-56215459(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGCATAT
SmilChr01G005962 Chr01 NC_080387.1:75347515-75347529promoter 内 2490-2504 bp - 1497 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 75344639-75346018(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATATGCAGATCTGCA
SmilChr01G001419 Chr01 NC_080387.1:27773590-27773604promoter 内 2485-2499 bp + 1502 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 27775106-27775179(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGCGGTAGATCTGGG
SmilChr04G001663 Chr04 NC_080390.1:27598275-27598289promoter 内 2405-2419 bp + 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 27593220-27596693(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TGCAGATCTGCATAT
SmilChr03G001544 Chr03 NC_080389.1:19364371-19364385promoter 内 2257-2271 bp - 1730 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 19366115-19368463(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTACGTTC
SmilChr03G002847 Chr03 NC_080389.1:45035973-45035987promoter 内 2193-2207 bp + 1794 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.4/ 100 2 45029734-45034179(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGCCGCC
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