转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 55 / 167 下载 TSV

上一页 55 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000997 Chr06 NC_080392.1:9833025-9833045promoter 内 2360-2380 bp - 1621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 9834666-9840780(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CCTTCCCTTATCTAAACCACT
SmilChr03G004659 Chr03 NC_080389.1:64078841-64078861promoter 内 2230-2250 bp + 1751 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 64080612-64082060(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACTATAATGGATAATAATAAT
SmilChr06G000284 Chr06 NC_080392.1:1955296-1955316promoter 内 2054-2074 bp + 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 1950068-1953369(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTAGCTTATCCTTAACATG
SmilChr02G004379 Chr02 NC_080388.1:66148046-66148066promoter 内 1923-1943 bp - 2058 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 66144318-66145988(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAGACAGTGGATAAGCTGGGA
SmilChr06G001329 Chr06 NC_080392.1:13796053-13796073promoter 内 1859-1879 bp - 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 13798195-13799504(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGAACCTTATCTATAATCTC
SmilChr08G000488 Chr08 NC_080394.1:3515802-3515822promoter 内 1789-1809 bp + 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 3511678-3513610(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTAATCTTATCCAAATCAAA
SmilChr01G004653 Chr01 NC_080387.1:64647888-64647908promoter 内 1773-1793 bp + 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 64640369-64645680(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATGTTCTTATCCTCAAATTC
SmilChr06G000285 Chr06 NC_080392.1:1955296-1955316promoter 内 1768-1788 bp + 2213 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 1957529-1957610(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CATGTTAAGGATAAGCTAAAA
SmilChr07G002153 Chr07 NC_080393.1:19720435-19720455promoter 内 1758-1778 bp + 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 19718141-19718212(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTGTACCTTATCCGCACTGTA
SmilChr03G004370 Chr03 NC_080389.1:61903873-61903893promoter 内 1549-1569 bp - 2432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 61906325-61910753(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTGTGATTATCCACACCTGC
SmilChr03G004403 Chr03 NC_080389.1:62210771-62210791promoter 内 1437-1457 bp - 2544 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 62213335-62217661(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCTGTGATTATCCACACCTGC
SmilChr01G004825 Chr01 NC_080387.1:66416818-66416838promoter 内 1173-1193 bp + 2808 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 66419646-66425315(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAAAAATTGGATAAAAAAAAT
SmilChr03G000599 Chr03 NC_080389.1:6654026-6654046promoter 内 1039-1059 bp - 2942 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 6647610-6651084(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAAGAAAAGATAAGGTGATG
SmilChr04G002907 Chr04 NC_080390.1:45333126-45333146promoter 内 982-1002 bp - 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 45326192-45330127(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCCACATAGGATAAGCTTAAT
SmilChr02G004533 Chr02 NC_080388.1:67906266-67906286promoter 内 870-890 bp - 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 67898323-67903155(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTAGGAATGGATAAGATCGTG
SmilChr04G000539 Chr04 NC_080390.1:5996020-5996040promoter 内 120-140 bp - 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 2 5999901-6020574(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGAATCTTATCCATTAAATC
SmilChr02G004534 Chr02 NC_080388.1:67906266-67906286promoter 内 3950-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 67904465-67906235(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GTAGGAATGGATAAGATCGTG
SmilChr03G001857 Chr03 NC_080389.1:25615055-25615075promoter 内 3943-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 25615113-25623695(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GCCAAATAGGATAAGATTTAT
SmilChr07G002562 Chr07 NC_080393.1:24352980-24353000promoter 内 3940-3960 bp - 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 24353041-24381863(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATTAAGCTTATCCTATGTGGC
SmilChr07G001855 Chr07 NC_080393.1:16082507-16082527promoter 内 3912-3932 bp + 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 16076869-16082438(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTTTTCCTTATCTGATTCAAT
SmilChr03G004635 Chr03 NC_080389.1:63972824-63972844promoter 内 3905-3925 bp - 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63971211-63972748(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAATATTAAGATAAGGAGAAA
SmilChr05G000370 Chr05 NC_080391.1:2752038-2752058promoter 内 3875-3895 bp + 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2752164-2754684(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAGATTTGGATAATATTAAA
SmilChr05G001781 Chr05 NC_080391.1:17540277-17540297promoter 内 3864-3884 bp + 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 17537517-17540160(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAGTCCTTATCCATTTTTTT
SmilChr06G001019 Chr06 NC_080392.1:10084327-10084347promoter 内 3847-3867 bp + 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10084481-10086508(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATAAAAGAGGATAAGTACAAT
SmilChr04G003529 Chr04 NC_080390.1:51656008-51656028promoter 内 3830-3850 bp + 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 51653252-51655857(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCCTCATTATCCATTTCAAG
SmilChr07G003058 Chr07 NC_080393.1:31958230-31958250promoter 内 3813-3833 bp + 168 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 31958418-31967616(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGATTTTGGATAATATTCAA
SmilChr01G003532 Chr01 NC_080387.1:53947158-53947178promoter 内 3788-3808 bp - 193 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 53935019-53946965(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAAAAGTGGATAATAATGAA
SmilChr03G000872 Chr03 NC_080389.1:9908597-9908617promoter 内 3750-3770 bp - 231 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9908848-9909798(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGACTTCTTATCCTATTATTT
SmilChr04G001774 Chr04 NC_080390.1:29180533-29180553promoter 内 3738-3758 bp + 243 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 29180796-29186120(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAGATTAGGATAAGCATTAA
SmilChr05G000939 Chr05 NC_080391.1:7562008-7562028promoter 内 3721-3741 bp + 260 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 7562288-7564893(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCGGATGTGGATAAAATTGTG
SmilChr04G001752 Chr04 NC_080390.1:28834927-28834947promoter 内 3688-3708 bp - 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28829378-28834634(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTAGATTAGGATAAGCATTAA
SmilChr05G001002 Chr05 NC_080391.1:8184486-8184506promoter 内 3677-3697 bp + 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 8184810-8189177(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCGGATGTGGATAAAATTGTG
SmilChr01G002886 Chr01 NC_080387.1:47479360-47479380promoter 内 3648-3668 bp + 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47479713-47482005(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGAGGAATGGATAAGGGTTAA
SmilChr03G003119 Chr03 NC_080389.1:48353502-48353522promoter 内 3629-3649 bp - 352 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 48353874-48354685(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTACTATTATCCACTATTTT
SmilChr08G000661 Chr08 NC_080394.1:4899669-4899689promoter 内 3612-3632 bp - 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4900058-4902172(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ACCTTATTTATCCATAATTTT
SmilChr03G003349 Chr03 NC_080389.1:51825998-51826018promoter 内 3606-3626 bp + 375 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 51826393-51831369(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 GAGAATTTGGATAAAACTAAT
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SmilChr02G000390 Chr02 NC_080388.1:4822933-4822953promoter 内 3317-3337 bp - 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 4823617-4830268(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATATATTTATCCATTCCTCG
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SmilChr01G003718 Chr01 NC_080387.1:55516624-55516644promoter 内 3095-3115 bp - 886 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55517530-55519386(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAGCACCTTATCCATATCCCA
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SmilChr05G003450 Chr05 NC_080391.1:45903645-45903665promoter 内 3074-3094 bp + 907 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 45901647-45902738(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGACTTCTTATCCTATTATTT