转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G000162; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008183-RA_Salv SmilChr04G000162 MYB XP_057807467.1 MP00134 TCCACCTACCACCAC

可能结合的靶基因

8676 个结合位点 7078 个候选靶基因 第 55 / 142 下载 TSV

上一页 55 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G004015 Chr07 NC_080393.1:51221025-51221039promoter 内 140-154 bp - 3847 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 51224886-51226869(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TAGTAGGTAGGTGGC
SmilChr01G004022 Chr01 NC_080387.1:58628338-58628352promoter 内 135-149 bp + 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 58632204-58636130(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCGAAAA
SmilChr06G001417 Chr06 NC_080392.1:14872374-14872388promoter 内 91-105 bp - 3896 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 14864871-14868478(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACCAATAG
SmilChr07G004447 Chr07 NC_080393.1:57095728-57095742promoter 内 3158-3172 bp - 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 57094348-57094899(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTTATA
SmilChr07G004465 Chr07 NC_080393.1:57236420-57236434promoter 内 3158-3172 bp + 829 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 57237263-57237814(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTACCTTATA
SmilChr02G000959 Chr02 NC_080388.1:16698706-16698720promoter 内 3026-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 16699681-16700841(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTAGT
SmilChr03G003458 Chr03 NC_080389.1:52961664-52961678promoter 内 2567-2581 bp - 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 3 52963098-52968142(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTGAAGTTAGGTGGA
SmilChr06G002416 Chr06 NC_080392.1:34902342-34902356promoter 内 3979-3993 bp - 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 34899507-34902334(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCCACTT
SmilChr05G003611 Chr05 NC_080391.1:48174290-48174304promoter 内 3857-3871 bp + 130 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 48174434-48175735(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCAACTACCACAAC
SmilChr03G002559 Chr03 NC_080389.1:40746713-40746727promoter 内 3574-3588 bp - 413 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 40747140-40750800(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AAGATGGTAGGTGTA
SmilChr07G003607 Chr07 NC_080393.1:42320486-42320500promoter 内 3563-3577 bp - 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 42319340-42320062(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ATCAACTACCACAAC
SmilChr07G001750 Chr07 NC_080393.1:14834154-14834168promoter 内 2958-2972 bp - 1029 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 14826030-14833125(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTTACCTACCAAAAC
SmilChr03G001278 Chr03 NC_080389.1:14968614-14968628promoter 内 2956-2970 bp + 1031 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 14969659-14969730(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AGTACCTACCTCCTC
SmilChr01G005589 Chr01 NC_080387.1:72560949-72560963promoter 内 2648-2662 bp + 1339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 72558686-72559610(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTGCGTTAGGTGGA
SmilChr08G003121 Chr08 NC_080394.1:31504764-31504778promoter 内 2620-2634 bp + 1367 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 31506145-31507974(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GACAACTACCACACC
SmilChr07G003742 Chr07 NC_080393.1:45618455-45618469promoter 内 2383-2397 bp - 1604 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 45620073-45620591(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTAGT
SmilChr05G003088 Chr05 NC_080391.1:39069970-39069984promoter 内 2314-2328 bp - 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 39071657-39073120(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTTGAGGTAGGTGTT
SmilChr03G000654 Chr03 NC_080389.1:7259411-7259425promoter 内 2179-2193 bp + 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 7261233-7262247(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CTCACCTACTCCCTC
SmilChr03G002557 Chr03 NC_080389.1:40746713-40746727promoter 内 1751-1765 bp - 2236 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 40741252-40744477(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TACACCTACCATCTT
SmilChr02G001435 Chr02 NC_080388.1:27046601-27046615promoter 内 920-934 bp - 3067 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 27049682-27054230(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTGTA
SmilChr03G002447 Chr03 NC_080389.1:38864524-38864538promoter 内 596-610 bp + 3391 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 38858640-38861133(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAAAAGGTAGGTGGC
SmilChr01G005581 Chr01 NC_080387.1:72525746-72525760promoter 内 292-306 bp + 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 72520570-72522051(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTGCGTTAGGTGGA
SmilChr02G001436 Chr02 NC_080388.1:27046601-27046615promoter 内 90-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 2 27050512-27052404(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TTGGTGGTTGTTGTA
SmilChr02G001041 Chr02 NC_080388.1:18491204-18491218promoter 内 3985-3999 bp + 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 18491220-18493750(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCTAACTACCACTCA
SmilChr06G002415 Chr06 NC_080392.1:34894651-34894665promoter 内 3979-3993 bp - 8 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 34891816-34894643(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCCACTT
SmilChr08G004877 Chr08 NC_080394.1:57883880-57883894promoter 内 3944-3958 bp + 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 57878383-57883837(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTAGT
SmilChr02G003405 Chr02 NC_080388.1:55226779-55226793promoter 内 3938-3952 bp + 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 55223116-55226730(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GAGCGGGTAGGTGAC
SmilChr08G004258 Chr08 NC_080394.1:52061012-52061026promoter 内 3913-3927 bp - 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 52058314-52060938(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCCACTT
SmilChr08G004259 Chr08 NC_080394.1:52068683-52068697promoter 内 3913-3927 bp - 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 52065880-52068609(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GCCACCTACCCACTT
SmilChr04G003683 Chr04 NC_080390.1:53259797-53259811promoter 内 3912-3926 bp + 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 53259886-53260749(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 ACCACCTAACTCACC
SmilChr08G000016 Chr08 NC_080394.1:128295-128309promoter 内 3876-3890 bp + 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 128420-131539(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 TCCACCTAACTACTC
SmilChr02G004748 Chr02 NC_080388.1:69689713-69689727promoter 内 3786-3800 bp + 201 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 69684844-69689512(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGTTAGGTGGA
SmilChr05G004111 Chr05 NC_080391.1:54958418-54958432promoter 内 3712-3726 bp + 275 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 54956469-54958143(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 AATGTGGTAGGTAGT
SmilChr04G001549 Chr04 NC_080390.1:25586677-25586691promoter 内 3673-3687 bp - 314 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 25585530-25586363(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GTCACCTACCAACAA
SmilChr05G001662 Chr05 NC_080391.1:15727325-15727339promoter 内 3519-3533 bp - 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 15727807-15729588(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGCTTGGTAGGTAAA
SmilChr03G001034 Chr03 NC_080389.1:12046315-12046329promoter 内 3313-3327 bp + 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 12040241-12045641(-) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 GGTGTGGTAGTTGTC
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SmilChr03G003794 Chr03 NC_080389.1:57031093-57031107promoter 内 2608-2622 bp + 1379 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.4/ 100 1 57032486-57035206(+) SMil_00008183-RA_Salv MP00134 CCCACCTACTAAATC
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