转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000741; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002054-RA_Salv SmilChr05G000741 ARF XP_057764423.1 MP00021 TTGTCGGAAA

可能结合的靶基因

9812 个结合位点 7629 个候选靶基因 第 55 / 153 下载 TSV

上一页 55 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001605 Chr05 NC_080391.1:14797614-14797623promoter 内 2400-2409 bp + 1592 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 14795008-14796022(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAG
SmilChr01G004030 Chr01 NC_080387.1:58707910-58707919promoter 内 2375-2384 bp - 1617 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 58706212-58706293(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAA
SmilChr01G001329 Chr01 NC_080387.1:26462450-26462459promoter 内 2365-2374 bp - 1627 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 26464086-26473494(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAG
SmilChr01G004808 Chr01 NC_080387.1:66301720-66301729promoter 内 2296-2305 bp + 1696 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 66295259-66300024(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTTCCGACCA
SmilChr01G000443 Chr01 NC_080387.1:9001714-9001723promoter 内 2289-2298 bp - 1703 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 8995181-9000011(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGTCGGAAC
SmilChr01G003526 Chr01 NC_080387.1:53891598-53891607promoter 内 2277-2286 bp + 1715 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 53893322-53895242(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAA
SmilChr03G002143 Chr03 NC_080389.1:33383287-33383296promoter 内 2183-2192 bp + 1809 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 33379773-33381478(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAG
SmilChr02G004436 Chr02 NC_080388.1:66747641-66747650promoter 内 2122-2131 bp - 1870 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 66749520-66753009(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAG
SmilChr03G004101 Chr03 NC_080389.1:59903234-59903243promoter 内 2081-2090 bp - 1911 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 59905154-59908956(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAG
SmilChr03G000423 Chr03 NC_080389.1:4604795-4604804promoter 内 2063-2072 bp + 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 4600185-4602866(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAG
SmilChr04G002428 Chr04 NC_080390.1:38913103-38913112promoter 内 2056-2065 bp + 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 38915048-38917431(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAA
SmilChr03G004107 Chr03 NC_080389.1:59966539-59966548promoter 内 2022-2031 bp - 1970 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 59968518-59972315(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAG
SmilChr04G001048 Chr04 NC_080390.1:14907988-14907997promoter 内 1870-1879 bp + 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 14910119-14910960(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGTCGGAAC
SmilChr02G003383 Chr02 NC_080388.1:54946383-54946392promoter 内 1841-1850 bp - 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 54948543-54951563(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAG
SmilChr02G000983 Chr02 NC_080388.1:17296823-17296832promoter 内 1674-1683 bp - 2318 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 17293506-17294505(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAA
SmilChr05G000278 Chr05 NC_080391.1:2161606-2161615promoter 内 1657-1666 bp + 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 2163950-2167847(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAA
SmilChr02G004868 Chr02 NC_080388.1:70781743-70781752promoter 内 1646-1655 bp + 2346 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 70784098-70786981(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAA
SmilChr02G004435 Chr02 NC_080388.1:66747641-66747650promoter 内 1518-1527 bp - 2474 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 66741004-66745167(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAA
SmilChr04G003112 Chr04 NC_080390.1:47683263-47683272promoter 内 1498-1507 bp - 2494 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 47679646-47680769(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAAC
SmilChr04G000402 Chr04 NC_080390.1:4193468-4193477promoter 内 1443-1452 bp + 2549 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 4196026-4201934(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TGGTCGGAAC
SmilChr03G002027 Chr03 NC_080389.1:30396626-30396635promoter 内 1337-1346 bp - 2655 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 30399290-30401540(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAG
SmilChr05G001840 Chr05 NC_080391.1:18459585-18459594promoter 内 1221-1230 bp - 2771 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 18462365-18467725(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAG
SmilChr01G001931 Chr01 NC_080387.1:34469996-34470005promoter 内 1084-1093 bp + 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 34472913-34474261(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAA
SmilChr03G004345 Chr03 NC_080389.1:61732594-61732603promoter 内 1011-1020 bp - 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 61735584-61736510(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAG
SmilChr03G004099 Chr03 NC_080389.1:59888166-59888175promoter 内 999-1008 bp - 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 59881633-59885173(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAA
SmilChr04G003914 Chr04 NC_080390.1:54857889-54857898promoter 内 907-916 bp + 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 54860983-54863021(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAA
SmilChr03G002407 Chr03 NC_080389.1:38259601-38259610promoter 内 809-818 bp - 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 38262793-38265735(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 GTTCCGACCA
SmilChr04G000628 Chr04 NC_080390.1:7145418-7145427promoter 内 750-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 7141268-7142176(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAAC
SmilChr01G004740 Chr01 NC_080387.1:65596693-65596702promoter 内 666-675 bp + 3326 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 65592655-65593367(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAG
SmilChr01G000633 Chr01 NC_080387.1:14219935-14219944promoter 内 526-535 bp - 3466 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 14213891-14216469(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAAC
SmilChr03G004476 Chr03 NC_080389.1:62877146-62877155promoter 内 499-508 bp - 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 62872153-62873653(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAA
SmilChr03G002895 Chr03 NC_080389.1:45681183-45681192promoter 内 261-270 bp - 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 45672567-45677452(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 ATGTCGGAAC
SmilChr05G000125 Chr05 NC_080391.1:1014814-1014823promoter 内 185-194 bp + 3807 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 1005997-1011007(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAG
SmilChr02G000495 Chr02 NC_080388.1:6836781-6836790promoter 内 131-140 bp + 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 6832840-6832920(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 TTTCCGACAG
SmilChr03G002145 Chr03 NC_080389.1:33383287-33383296promoter 内 128-137 bp + 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 33387160-33388898(+) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAA
SmilChr01G004029 Chr01 NC_080387.1:58707910-58707919promoter 内 7-16 bp - 3985 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.2/ 100 2 58701536-58703925(-) SMil_00002054-RA_Salv MP00021 CTGTCGGAAA
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