转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G000836; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008579-RA_Salv SmilChr07G000836 MYB_related XP_057772437.1 MP00568 TATGGATAAGGTTAT

可能结合的靶基因

9696 个结合位点 6611 个候选靶基因 第 55 / 133 下载 TSV

上一页 55 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001184 Chr02 NC_080388.1:21759705-21759719promoter 内 1620-1634 bp - 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 21756307-21757338(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAATGATAT
SmilChr02G001185 Chr02 NC_080388.1:21765121-21765135promoter 内 1620-1634 bp - 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 21761723-21762754(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAATGATAT
SmilChr02G003687 Chr02 NC_080388.1:58271465-58271479promoter 内 1527-1541 bp + 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 58273939-58274025(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGAGCTT
SmilChr01G005927 Chr01 NC_080387.1:75072995-75073009promoter 内 948-962 bp - 3039 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 75064532-75069956(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TCCGGATAAGCTTGA
SmilChr02G001868 Chr02 NC_080388.1:33963641-33963655promoter 内 683-697 bp + 3304 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 33959567-33960337(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTCTCTTATCCGCA
SmilChr01G003656 Chr01 NC_080387.1:55002419-55002433promoter 内 459-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 55005961-55010563(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAACATTAC
SmilChr03G000726 Chr03 NC_080389.1:8189648-8189662promoter 内 444-458 bp - 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 8193205-8194763(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGATACTTATCCTCA
SmilChr01G000428 Chr01 NC_080387.1:8584069-8584083promoter 内 284-298 bp + 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 8572479-8580366(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCACACTTATCCAAT
SmilChr01G000626 Chr01 NC_080387.1:14046747-14046761promoter 内 227-241 bp - 3760 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 14042541-14042987(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATGGATAACGTGGC
SmilChr01G005590 Chr01 NC_080387.1:72566080-72566094promoter 内 211-225 bp + 3776 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 72558686-72562304(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CTTGTCTTATCCACC
SmilChr02G004271 Chr02 NC_080388.1:64903982-64903996promoter 内 41-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 64907942-64908500(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CACCCCTTATCTTTT
SmilChr01G005758 Chr01 NC_080387.1:73675912-73675926promoter 内 7-21 bp - 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 73661649-73671932(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CGAGGATAAGAATGC
SmilChr03G000088 Chr03 NC_080389.1:1017044-1017058promoter 内 1-15 bp + 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 1008412-1013058(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AGGAGCTTATCCACT
SmilChr02G002613 Chr02 NC_080388.1:45307140-45307154promoter 内 3943-3957 bp + 44 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 45307198-45309376(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACCGGATAAGAAAAG
SmilChr01G003223 Chr01 NC_080387.1:50997431-50997445promoter 内 3890-3904 bp + 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50997542-51002729(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TATGGATAACGTGGC
SmilChr01G001989 Chr01 NC_080387.1:35318484-35318498promoter 内 3791-3805 bp + 196 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 35312795-35318288(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTAACCTTATCAAGA
SmilChr01G000059 Chr01 NC_080387.1:947071-947085promoter 内 3725-3739 bp + 262 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 945299-946809(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTTCTCTTATCCAAT
SmilChr01G004395 Chr01 NC_080387.1:62108584-62108598promoter 内 3475-3489 bp - 512 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62109110-62112274(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CCACCCTTATCTGGA
SmilChr03G001309 Chr03 NC_080389.1:15382205-15382219promoter 内 3394-3408 bp - 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 15382812-15388809(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACTCCCTTATCTTTT
SmilChr01G002765 Chr01 NC_080387.1:46051240-46051254promoter 内 3358-3372 bp - 629 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 46045836-46050611(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGAGATAAGGTACT
SmilChr03G001599 Chr03 NC_080389.1:20317710-20317724promoter 内 3313-3327 bp - 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 20318398-20319369(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CACCCCTTATCTTTT
SmilChr01G002195 Chr01 NC_080387.1:38108208-38108222promoter 内 3202-3216 bp + 785 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 38109007-38109480(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAGGGATAAGAAGTT
SmilChr01G002492 Chr01 NC_080387.1:42662709-42662723promoter 内 3139-3153 bp - 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 42663571-42665645(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GTATCATTATCCACA
SmilChr01G004613 Chr01 NC_080387.1:64089613-64089627promoter 内 3058-3072 bp + 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 64086966-64088684(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACATCCTTATCTATG
SmilChr02G001669 Chr02 NC_080388.1:30955150-30955164promoter 内 3045-3059 bp - 942 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 30949147-30954208(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 AAAAGATAAGGGGTG
SmilChr02G001150 Chr02 NC_080388.1:20958615-20958629promoter 内 3009-3023 bp - 978 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 20959607-20961547(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CACCCCTTATCTTTT
SmilChr02G000429 Chr02 NC_080388.1:5492315-5492329promoter 内 2884-2898 bp + 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 5488388-5491212(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 GATAGCTTATCCATT
SmilChr01G002989 Chr01 NC_080387.1:48824392-48824406promoter 内 2845-2859 bp - 1142 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 48818132-48823250(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATGAGATAAGGGTGA
SmilChr01G000336 Chr01 NC_080387.1:6864322-6864336promoter 内 2735-2749 bp - 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 6865588-6870420(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACTCCCTTATCTTTT
SmilChr01G004661 Chr01 NC_080387.1:64717668-64717682promoter 内 2728-2742 bp + 1259 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 64718941-64721423(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATAAGATAAGGGAAA
SmilChr02G002556 Chr02 NC_080388.1:44467360-44467374promoter 内 2721-2735 bp - 1266 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 44464058-44466094(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TAGAGATAAGGAGAA
SmilChr02G000151 Chr02 NC_080388.1:1991187-1991201promoter 内 2637-2651 bp + 1350 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 1992551-1995058(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ATTGGATAATATTAG
SmilChr02G001303 Chr02 NC_080388.1:24175713-24175727promoter 内 2602-2616 bp - 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 24174222-24174328(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTGGGATAAGTTAGG
SmilChr02G004390 Chr02 NC_080388.1:66250036-66250050promoter 内 2602-2616 bp - 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 66251435-66255580(+) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 CACATGTTATCCACT
SmilChr01G006039 Chr01 NC_080387.1:75891717-75891731promoter 内 2529-2543 bp - 1458 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 75886241-75890259(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 TTTGGATAAGCATCT
SmilChr01G004867 Chr01 NC_080387.1:66795285-66795299promoter 内 2402-2416 bp - 1585 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 66790523-66793700(-) SMil_00008579-RA_Salv MP00568 ACGGGATAAGGACAC
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