转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003399; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009551-RA_Salv SmilChr02G003399 ERF XP_057793859.1 MP00240 CCACCTCCACCGCCA

可能结合的靶基因

9978 个结合位点 6368 个候选靶基因 第 57 / 128 下载 TSV

上一页 57 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001840 Chr05 NC_080391.1:18459471-18459485promoter 内 1107-1121 bp + 2880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 18462365-18467725(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCTCGCCACCGCCT
SmilChr03G003606 Chr03 NC_080389.1:54706963-54706977promoter 内 1044-1058 bp - 2943 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 54709920-54711214(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCGC
SmilChr05G004108 Chr05 NC_080391.1:54928024-54928038promoter 内 850-864 bp - 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 54931175-54933983(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGCAGA
SmilChr04G000429 Chr04 NC_080390.1:4536817-4536831promoter 内 796-810 bp + 3191 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 4540022-4540933(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCTCGCCACCGCCT
SmilChr07G001950 Chr07 NC_080393.1:16975124-16975138promoter 内 782-796 bp + 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 16978343-16979840(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTCTCGCCACCGCCT
SmilChr03G002799 Chr03 NC_080389.1:44489666-44489680promoter 内 637-651 bp - 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 44482541-44486316(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCACCTCCGCCGCTA
SmilChr04G002937 Chr04 NC_080390.1:45596987-45597001promoter 内 608-622 bp - 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 45600380-45602789(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGGGGTGG
SmilChr02G001427 Chr02 NC_080388.1:26929950-26929964promoter 内 568-582 bp - 3419 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 26933383-26936742(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGAGGG
SmilChr07G004575 Chr07 NC_080393.1:58531727-58531741promoter 内 396-410 bp - 3591 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 58535332-58536933(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGAGAGGG
SmilChr01G001365 Chr01 NC_080387.1:27019634-27019648promoter 内 212-226 bp + 3775 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 27023423-27025072(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCCTCTCCACCGCCC
SmilChr07G000630 Chr07 NC_080393.1:4258616-4258630promoter 内 129-143 bp + 3858 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 4251956-4254758(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCGC
SmilChr03G001888 Chr03 NC_080389.1:26343641-26343655promoter 内 114-128 bp + 3873 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 26347528-26349009(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCGGCCACCGCCT
SmilChr06G001912 Chr06 NC_080392.1:23099595-23099609promoter 内 23-37 bp + 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 23092120-23095631(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCGC
SmilChr06G001477 Chr06 NC_080392.1:15686783-15686797promoter 内 8-22 bp + 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 2 15690776-15692061(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCACCT
SmilChr07G002571 Chr07 NC_080393.1:24550528-24550542promoter 内 3776-3790 bp + 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 24549203-24550317(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGACG
SmilChr05G001560 Chr05 NC_080391.1:14296046-14296060promoter 内 3704-3718 bp - 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 14296343-14296823(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGAAGGAGG
SmilChr02G000703 Chr02 NC_080388.1:11243863-11243877promoter 内 3516-3530 bp + 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 11234694-11243392(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGAAGGAGG
SmilChr06G002421 Chr06 NC_080392.1:34966408-34966422promoter 内 3494-3508 bp + 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 34965148-34965915(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCTCTGG
SmilChr07G004173 Chr07 NC_080393.1:53679445-53679459promoter 内 3354-3368 bp + 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 53672621-53678812(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGAGAG
SmilChr03G002123 Chr03 NC_080389.1:33008662-33008676promoter 内 3268-3282 bp + 719 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 33009395-33015750(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCTCCTTCACCGCCG
SmilChr02G000711 Chr02 NC_080388.1:11456892-11456906promoter 内 3121-3135 bp + 866 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 11457772-11472778(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCAA
SmilChr08G000115 Chr08 NC_080394.1:723249-723263promoter 内 3109-3123 bp + 878 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 717236-722371(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGTGACGA
SmilChr03G001586 Chr03 NC_080389.1:20090853-20090867promoter 内 3107-3121 bp + 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 20091747-20094864(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCACCACCT
SmilChr05G003449 Chr05 NC_080391.1:45900083-45900097promoter 内 3107-3121 bp + 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 45898211-45899203(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCGC
SmilChr07G001902 Chr07 NC_080393.1:16427872-16427886promoter 内 3107-3121 bp - 880 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 16428766-16435894(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TAGCGGTGGTGGCGC
SmilChr05G003451 Chr05 NC_080391.1:45905555-45905569promoter 内 3106-3120 bp + 881 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 45903682-45904674(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCGC
SmilChr04G003792 Chr04 NC_080390.1:54092803-54092817promoter 内 3084-3098 bp + 903 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54089831-54091900(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGGGGTGG
SmilChr06G003293 Chr06 NC_080392.1:45476777-45476791promoter 内 2939-2953 bp + 1048 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 45477839-45479329(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAACCTCCACCGTCG
SmilChr02G002340 Chr02 NC_080388.1:41117116-41117130promoter 内 2886-2900 bp + 1101 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 41115239-41116015(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GGGCGGTGGGGGTGG
SmilChr02G003503 Chr02 NC_080388.1:56226871-56226885promoter 内 2878-2892 bp + 1109 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 56224579-56225762(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGCGAACG
SmilChr03G002102 Chr03 NC_080389.1:32567548-32567562promoter 内 2869-2883 bp + 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 32565460-32566430(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCGC
SmilChr05G000444 Chr05 NC_080391.1:3378391-3378405promoter 内 2773-2787 bp + 1214 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 3375357-3377177(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCTCTGG
SmilChr04G003691 Chr04 NC_080390.1:53307112-53307126promoter 内 2722-2736 bp + 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 53298624-53305847(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGATCG
SmilChr08G003211 Chr08 NC_080394.1:32924912-32924926promoter 内 2457-2471 bp - 1530 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 32926456-32928203(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGCGGTGGCGAGAG
SmilChr07G002231 Chr07 NC_080393.1:20522636-20522650promoter 内 2437-2451 bp + 1550 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 20518863-20521086(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGTGCCGC
SmilChr08G002792 Chr08 NC_080394.1:27625859-27625873promoter 内 2286-2300 bp - 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 27627574-27628949(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGGCGGTGGCGGTTT
SmilChr02G000497 Chr02 NC_080388.1:6844832-6844846promoter 内 2285-2299 bp + 1702 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 6846548-6849545(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTACGGCCACCGCCG
SmilChr06G002422 Chr06 NC_080392.1:34966408-34966422promoter 内 2266-2280 bp + 1721 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 34968143-34972739(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCAGAGCCACCGCCT
SmilChr08G001597 Chr08 NC_080394.1:13198183-13198197promoter 内 1910-1924 bp + 2077 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13196025-13196106(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 AGGTGGTGGAGGTGG
SmilChr07G002106 Chr07 NC_080393.1:19163028-19163042promoter 内 1855-1869 bp - 2132 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 19156201-19160896(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCGTCCACCGCCG
SmilChr07G002094 Chr07 NC_080393.1:19060172-19060186promoter 内 1806-1820 bp - 2181 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 19053381-19057991(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCGCGTCCACCGCCG
SmilChr01G001003 Chr01 NC_080387.1:21118054-21118068promoter 内 1753-1767 bp + 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 21120302-21128904(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TTGCCTCCACCGCCT
SmilChr05G003764 Chr05 NC_080391.1:50920067-50920081promoter 内 1719-1733 bp + 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50922349-50925121(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCAA
SmilChr06G000433 Chr06 NC_080392.1:3553739-3553753promoter 内 1681-1695 bp - 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 3556059-3560733(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CGGCGGTGGAGCTAG
SmilChr01G002831 Chr01 NC_080387.1:46921944-46921958promoter 内 1566-1580 bp - 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 46909817-46919523(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CTGCATCCACCGCCG
SmilChr05G003765 Chr05 NC_080391.1:50920067-50920081promoter 内 1503-1517 bp + 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50922565-50922673(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CCACCTCCGCCGCAA
SmilChr01G000848 Chr01 NC_080387.1:18325026-18325040promoter 内 1434-1448 bp + 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 18321602-18322473(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 CAGCGGTGGCGGACG
SmilChr07G001024 Chr07 NC_080393.1:7440944-7440958promoter 内 1403-1417 bp - 2584 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 7443542-7445967(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 ATGCGGTGGCGGAGG
SmilChr08G002332 Chr08 NC_080394.1:21972523-21972537promoter 内 1401-1415 bp - 2586 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 21965371-21969937(-) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 GCCCCTCCACCGCTG
SmilChr08G001624 Chr08 NC_080394.1:13438572-13438586promoter 内 1382-1396 bp - 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13441191-13444230(+) SMil_00009551-RA_Salv MP00240 TGACGGTGGAGGCCG