转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 57 / 162 下载 TSV

上一页 57 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004692 Chr03 NC_080389.1:64291275-64291293promoter 内 960-978 bp + 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 64285803-64288252(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTCTACGGAGGAGTCAACG
SmilChr06G002023 Chr06 NC_080392.1:26099653-26099671promoter 内 881-899 bp - 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 26093238-26096551(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTAGAACCTTAAC
SmilChr08G000833 Chr08 NC_080394.1:6164882-6164900promoter 内 774-792 bp + 3209 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 6168109-6171817(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTCTGCCTTGGCA
SmilChr03G002593 Chr03 NC_080389.1:41238275-41238293promoter 内 749-767 bp + 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 41233848-41235041(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ACCTGTGCCAGAGTCAACC
SmilChr01G001335 Chr01 NC_080387.1:26534301-26534319promoter 内 474-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 26537828-26539671(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTCTGCCTTGGCA
SmilChr02G004090 Chr02 NC_080388.1:63181273-63181291promoter 内 300-318 bp - 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 63172916-63177590(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTCTGTCGATCTT
SmilChr06G000705 Chr06 NC_080392.1:6302988-6303006promoter 内 295-313 bp - 3688 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 6298107-6299300(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTAGGTCAGAGGG
SmilChr07G003344 Chr07 NC_080393.1:35855823-35855841promoter 内 101-119 bp + 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 35838530-35851941(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAGATCGACAGAGTCAACA
SmilChr03G002269 Chr03 NC_080389.1:35821223-35821241promoter 内 3977-3995 bp + 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35819285-35821217(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTGCATTTGCAGGTCAACG
SmilChr07G004719 Chr07 NC_080393.1:60071237-60071255promoter 内 3959-3977 bp - 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60068475-60071213(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCAATTTTCATTT
SmilChr07G004725 Chr07 NC_080393.1:60126667-60126685promoter 内 3959-3977 bp - 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60123770-60126643(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCAATTTTCATTT
SmilChr05G000261 Chr05 NC_080391.1:2000258-2000276promoter 内 3958-3976 bp + 25 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1998283-2000233(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATGAATTGATAAGTCAACG
SmilChr08G003117 Chr08 NC_080394.1:31425926-31425944promoter 内 3951-3969 bp + 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 31425976-31429123(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTCGATCAATTTT
SmilChr01G003212 Chr01 NC_080387.1:50901281-50901299promoter 内 3944-3962 bp - 39 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50894465-50901242(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTTTGCGCAATC
SmilChr05G000751 Chr05 NC_080391.1:5812555-5812573promoter 内 3918-3936 bp + 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5811765-5812490(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 ATAAATAAGCTAGTCAACG
SmilChr07G004201 Chr07 NC_080393.1:54091996-54092014promoter 内 3908-3926 bp + 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54090843-54091921(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CAACTACTGAAAGTCAACG
SmilChr01G002020 Chr01 NC_080387.1:35772643-35772661promoter 内 3883-3901 bp + 100 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35772761-35775153(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCACGGACCGGTT
SmilChr03G003761 Chr03 NC_080389.1:56747611-56747629promoter 内 3869-3887 bp - 114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56743824-56747497(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTTGATCTTCTT
SmilChr07G002305 Chr07 NC_080393.1:21329069-21329087promoter 内 3824-3842 bp - 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 21329246-21331388(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGAATTGGTCTAGTCAACG
SmilChr03G002453 Chr03 NC_080389.1:38901249-38901267promoter 内 3818-3836 bp + 165 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38894974-38901084(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GACCAGAAAAAAGTCAACA
SmilChr01G002055 Chr01 NC_080387.1:36330489-36330507promoter 内 3794-3812 bp - 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 36330696-36335084(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AACCGGTCCGTGGTCAACG
SmilChr01G002019 Chr01 NC_080387.1:35772643-35772661promoter 内 3788-3806 bp + 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35768220-35772448(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AACCGGTCCGTGGTCAACG
SmilChr06G000188 Chr06 NC_080392.1:1302669-1302687promoter 内 3763-3781 bp - 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 1302907-1306336(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTATAAAAAAAAGTCAACA
SmilChr08G003630 Chr08 NC_080394.1:39586241-39586259promoter 内 3753-3771 bp - 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 39586489-39586826(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGGAACACAAAAGTCAAAG
SmilChr08G003631 Chr08 NC_080394.1:39610273-39610291promoter 内 3753-3771 bp - 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 39610521-39610858(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGGAACACAAAAGTCAAAG
SmilChr04G000408 Chr04 NC_080390.1:4260647-4260665promoter 内 3726-3744 bp + 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4260922-4284704(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTTTTTTCAACGG
SmilChr04G003112 Chr04 NC_080390.1:47681054-47681072promoter 内 3698-3716 bp + 285 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47679646-47680769(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TCTTTATTCTCAGTCAACG
SmilChr02G001945 Chr02 NC_080388.1:35073446-35073464promoter 内 3545-3563 bp + 438 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 35073902-35076549(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GGTTGACTTCGCTTTACGC
SmilChr07G000893 Chr07 NC_080393.1:6418586-6418604promoter 内 3544-3562 bp + 439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6419043-6423948(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTGGTCGCAGCT
SmilChr07G000891 Chr07 NC_080393.1:6386030-6386048promoter 内 3540-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6386491-6391552(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TGTTGACTTGGTCGCAGCT
SmilChr07G004729 Chr07 NC_080393.1:60168980-60168998promoter 内 3459-3477 bp - 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 60166129-60168456(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCAATTTTCATTT
SmilChr08G002703 Chr08 NC_080394.1:26605573-26605591promoter 内 3439-3457 bp + 544 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 26601037-26605029(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CAAAAGGCTCCGGTCAACG
SmilChr07G003040 Chr07 NC_080393.1:31487575-31487593promoter 内 3382-3400 bp - 601 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 31488194-31489840(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTCATCAGAAAAGTCAACT
SmilChr04G001713 Chr04 NC_080390.1:28313418-28313436promoter 内 3378-3396 bp + 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28308093-28312813(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCTGCAAACTTAGTCAACC
SmilChr07G001234 Chr07 NC_080393.1:9452091-9452109promoter 内 3366-3384 bp - 617 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9452726-9452799(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAAAGATTCATAGTCAACG
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