转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 58 / 152 下载 TSV

上一页 58 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001820 Chr01 NC_080387.1:33136016-33136034promoter 内 3977-3995 bp - 6 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33133079-33136010(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCCC
SmilChr03G000184 Chr03 NC_080389.1:1959393-1959411promoter 内 3968-3986 bp + 15 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 1959426-1962875(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCCC
SmilChr03G002595 Chr03 NC_080389.1:41249063-41249081promoter 内 3936-3954 bp + 47 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 41249128-41252082(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCCC
SmilChr02G002435 Chr02 NC_080388.1:42404527-42404545promoter 内 3906-3924 bp - 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 42401551-42404450(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCCC
SmilChr01G001290 Chr01 NC_080387.1:25688772-25688790promoter 内 3858-3876 bp - 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 25685523-25688647(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TATTATCAACCACCAACTC
SmilChr01G001230 Chr01 NC_080387.1:24723749-24723767promoter 内 3850-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 24723900-24725622(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGAGGGTTGTTGGAAGAT
SmilChr01G003102 Chr01 NC_080387.1:49835555-49835573promoter 内 3830-3848 bp + 153 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 49835726-49836121(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGCCAACAACCACCACCAC
SmilChr03G004152 Chr03 NC_080389.1:60328649-60328667promoter 内 3817-3835 bp - 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 60327817-60328483(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGTTCCAACTACCACAAA
SmilChr01G001440 Chr01 NC_080387.1:28073974-28073992promoter 内 3778-3796 bp - 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 28074197-28079798(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCAGCGATGGTTGGAGCAG
SmilChr02G003421 Chr02 NC_080388.1:55425192-55425210promoter 内 3755-3773 bp + 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55424065-55424964(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGAGGGTTGTTGGAAGAT
SmilChr01G000913 Chr01 NC_080387.1:19345622-19345640promoter 内 3663-3681 bp - 320 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 19345960-19346615(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTGATGTGGTTGTGGACG
SmilChr01G004426 Chr01 NC_080387.1:62364184-62364202promoter 内 3564-3582 bp - 419 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 62364621-62371979(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCAGGGTGGTTGAGTTGA
SmilChr03G000951 Chr03 NC_080389.1:10768222-10768240promoter 内 3540-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 10768683-10776552(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGGGGTGGTTAGGGGTA
SmilChr05G000271 Chr05 NC_080391.1:2087022-2087040promoter 内 3485-3503 bp - 498 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2084021-2086524(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCATCCCAACCAACTTAAT
SmilChr03G003680 Chr03 NC_080389.1:55646055-55646073promoter 内 3468-3486 bp - 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55638716-55645540(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTAACTCAACCACCGACCC
SmilChr01G003556 Chr01 NC_080387.1:54188635-54188653promoter 内 3463-3481 bp + 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54185514-54188115(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTATTGTGGTTGGTGACG
SmilChr01G002214 Chr01 NC_080387.1:38481287-38481305promoter 内 3455-3473 bp + 528 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38481833-38482558(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATATCACAACCACTTTTTC
SmilChr01G002805 Chr01 NC_080387.1:46593298-46593316promoter 内 3452-3470 bp - 531 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 46593847-46601851(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGGATGTGGTTGAATCTG
SmilChr02G003366 Chr02 NC_080388.1:54783616-54783634promoter 内 3405-3423 bp + 578 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 54780957-54783038(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACGAAGATGGTTGGGCGAG
SmilChr05G003046 Chr05 NC_080391.1:38255793-38255811promoter 内 3390-3408 bp + 593 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38256404-38256487(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACATATCT
SmilChr03G004248 Chr03 NC_080389.1:60971764-60971782promoter 内 3319-3337 bp + 664 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 60966271-60971100(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATGAGGTGGTTGTCTGGG
SmilChr02G002465 Chr02 NC_080388.1:43008713-43008731promoter 内 3285-3303 bp - 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 43009429-43013088(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAGAAAGTGGTTGAGCCCA
SmilChr05G003047 Chr05 NC_080391.1:38255793-38255811promoter 内 3267-3285 bp + 716 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 38256527-38257964(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACATATCT
SmilChr05G002490 Chr05 NC_080391.1:27563955-27563973promoter 内 3208-3226 bp + 775 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 27562330-27563180(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGAGGGTTGTTGGAAGAT
SmilChr05G002873 Chr05 NC_080391.1:34403817-34403835promoter 内 3200-3218 bp - 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 34404618-34405483(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGAGGGTTGTTGGAAGAT
SmilChr02G004532 Chr02 NC_080388.1:67894399-67894417promoter 内 3118-3136 bp - 865 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 67890055-67893534(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTCCTCAACCACACATCT
SmilChr01G001568 Chr01 NC_080387.1:29686167-29686185promoter 内 3053-3071 bp - 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 29683500-29685237(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACATATCT
SmilChr04G001684 Chr04 NC_080390.1:27875419-27875437promoter 内 3047-3065 bp + 936 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 27872470-27874483(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAGAAGTGGTTGGATTAT
SmilChr04G001676 Chr04 NC_080390.1:27776184-27776202promoter 内 3039-3057 bp - 944 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 27777146-27779100(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAAGAAGTGGTTGGATTAT
SmilChr03G004329 Chr03 NC_080389.1:61646312-61646330promoter 内 2999-3017 bp - 984 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 61638291-61645328(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACGCCCAACCACAACGTT
SmilChr03G000710 Chr03 NC_080389.1:7888186-7888204promoter 内 2963-2981 bp + 1020 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 7889224-7889565(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACATATCT
SmilChr01G002079 Chr01 NC_080387.1:36741426-36741444promoter 内 2956-2974 bp - 1027 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 36742471-36743140(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGAGGGTTGTTGGAAGAT
SmilChr05G001611 Chr05 NC_080391.1:14827496-14827514promoter 内 2947-2965 bp - 1036 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 14828550-14829011(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GATAAAGTGGTTGGCTGAT
SmilChr02G004276 Chr02 NC_080388.1:64957486-64957504promoter 内 2938-2956 bp - 1045 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 64954210-64956441(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATTTACAACCACTTCCTT
SmilChr02G001823 Chr02 NC_080388.1:33162204-33162222promoter 内 2878-2896 bp + 1105 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33158274-33161099(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAAAGTTGGTTGGAACTT
SmilChr03G002294 Chr03 NC_080389.1:36146361-36146379promoter 内 2868-2886 bp + 1115 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 36147494-36149380(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TACCCCTAACCACCCCCCC
SmilChr02G002726 Chr02 NC_080388.1:47170393-47170411promoter 内 2834-2852 bp + 1149 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 47166173-47169244(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAGAGGGTGGTTGAAAGAC
SmilChr03G000738 Chr03 NC_080389.1:8380989-8381007promoter 内 2805-2823 bp + 1178 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 8382185-8385838(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCCTTCCAACCAACACCTT
SmilChr03G000224 Chr03 NC_080389.1:2624517-2624535promoter 内 2731-2749 bp + 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 2625787-2628468(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCTTCAACCACAACATT
SmilChr03G000878 Chr03 NC_080389.1:9971548-9971566promoter 内 2635-2653 bp + 1348 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 9972914-9973365(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATTTCAACCACATATTC
SmilChr03G002136 Chr03 NC_080389.1:33248325-33248343promoter 内 2610-2628 bp + 1373 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 33240495-33246952(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGATAATTGGTTGGGGTAT
SmilChr05G001793 Chr05 NC_080391.1:17658114-17658132promoter 内 2542-2560 bp - 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 17659573-17659911(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTCAAGTGGTTGGATGCA
SmilChr02G004097 Chr02 NC_080388.1:63276289-63276307promoter 内 2470-2488 bp - 1513 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 63277820-63278786(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATATGTGGTTGAGATTG
SmilChr03G001828 Chr03 NC_080389.1:25031150-25031168promoter 内 2223-2241 bp + 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 25027158-25029390(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGAGGAGTGGTTGATGAGT
SmilChr02G000296 Chr02 NC_080388.1:3752646-3752664promoter 内 2205-2223 bp + 1778 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 3750134-3750868(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGGTGTTGGTTGGAAGGC
SmilChr03G004153 Chr03 NC_080389.1:60328649-60328667promoter 内 2135-2153 bp - 1848 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 60330515-60335182(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTGTGGTAGTTGGAACGC
SmilChr02G003814 Chr02 NC_080388.1:59763400-59763418promoter 内 2115-2133 bp + 1868 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59759174-59761532(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGACGGCGGTTGGAATTG
SmilChr01G003720 Chr01 NC_080387.1:55525871-55525889promoter 内 2104-2122 bp + 1879 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 55527768-55530226(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATCTTCCAACAACCCTCGC
SmilChr02G003806 Chr02 NC_080388.1:59682098-59682116promoter 内 2091-2109 bp + 1892 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59678296-59680206(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGGTGTTGGTTGGAAGGC
SmilChr02G003786 Chr02 NC_080388.1:59522653-59522671promoter 内 2067-2085 bp + 1916 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.3/ 100 1 59518475-59520737(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGACGGCGGTTGGAATTG