转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005851; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011948-RA_Salv SmilChr01G005851 MYB XP_057789306.1 MP00055 CAGATAAGGT

可能结合的靶基因

9685 个结合位点 6638 个候选靶基因 第 58 / 133 下载 TSV

上一页 58 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000519 Chr01 NC_080387.1:10620840-10620849promoter 内 1888-1897 bp - 2104 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 10622953-10623037(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr02G003496 Chr02 NC_080388.1:56201449-56201458promoter 内 1879-1888 bp + 2113 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 56185346-56199336(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr03G000812 Chr03 NC_080389.1:9295696-9295705promoter 内 1866-1875 bp + 2126 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 9297831-9300286(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGA
SmilChr01G002543 Chr01 NC_080387.1:43507094-43507103promoter 内 1855-1864 bp - 2137 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 43504852-43504957(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 AAGATAAGGG
SmilChr02G002664 Chr02 NC_080388.1:46139381-46139390promoter 内 1833-1842 bp + 2159 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 46134287-46137222(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr01G002288 Chr01 NC_080387.1:39684166-39684175promoter 内 1828-1837 bp + 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 39675208-39682002(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr02G002113 Chr02 NC_080388.1:37800062-37800071promoter 内 1823-1832 bp - 2169 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 37802240-37804528(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr01G004762 Chr01 NC_080387.1:65800942-65800951promoter 内 1820-1829 bp - 2172 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 65797080-65798770(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGA
SmilChr01G001029 Chr01 NC_080387.1:21440573-21440582promoter 内 1755-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 21435235-21438336(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGA
SmilChr01G005007 Chr01 NC_080387.1:68109395-68109404promoter 内 1748-1757 bp - 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 68111648-68111721(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCGA
SmilChr02G001225 Chr02 NC_080388.1:22523631-22523640promoter 内 1746-1755 bp - 2246 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 22525886-22527885(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr03G000682 Chr03 NC_080389.1:7629016-7629025promoter 内 1717-1726 bp + 2275 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 7625512-7626741(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr02G000140 Chr02 NC_080388.1:1871167-1871176promoter 内 1678-1687 bp - 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 1873490-1874531(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCGA
SmilChr01G002667 Chr01 NC_080387.1:44897303-44897312promoter 内 1659-1668 bp - 2333 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 44886469-44894970(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGA
SmilChr02G000775 Chr02 NC_080388.1:12725854-12725863promoter 内 1628-1637 bp - 2364 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 12722107-12723490(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGA
SmilChr02G000021 Chr02 NC_080388.1:168985-168994promoter 内 1600-1609 bp + 2392 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 162502-166593(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr02G001947 Chr02 NC_080388.1:35091085-35091094promoter 内 1589-1598 bp + 2403 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 35086837-35088682(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr02G004060 Chr02 NC_080388.1:62896385-62896394promoter 内 1565-1574 bp + 2427 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 62890608-62893958(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr02G000318 Chr02 NC_080388.1:3996805-3996814promoter 内 1473-1482 bp + 2519 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3993468-3994286(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr02G004427 Chr02 NC_080388.1:66597606-66597615promoter 内 1420-1429 bp - 2572 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 66600187-66603106(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr02G002675 Chr02 NC_080388.1:46346186-46346195promoter 内 1400-1409 bp + 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 46342933-46343594(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr01G004699 Chr01 NC_080387.1:65098473-65098482promoter 内 1399-1408 bp + 2593 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 65094038-65095880(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr02G005247 Chr02 NC_080388.1:73614154-73614163promoter 内 1362-1371 bp - 2630 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 73616793-73625585(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr01G002398 Chr01 NC_080387.1:41325648-41325657promoter 内 1356-1365 bp + 2636 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 41328293-41328628(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGA
SmilChr01G001839 Chr01 NC_080387.1:33320824-33320833promoter 内 1353-1362 bp - 2639 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 33323472-33324897(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCGA
SmilChr02G000843 Chr02 NC_080388.1:14325313-14325322promoter 内 1278-1287 bp - 2714 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 14328036-14329067(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr02G000983 Chr02 NC_080388.1:17297225-17297234promoter 内 1272-1281 bp - 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 17293506-17294505(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGA
SmilChr03G000102 Chr03 NC_080389.1:1133849-1133858promoter 内 1272-1281 bp - 2720 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 1136578-1142278(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr02G001575 Chr02 NC_080388.1:29256017-29256026promoter 内 1236-1245 bp + 2756 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 29251984-29253261(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr01G000145 Chr01 NC_080387.1:2438184-2438193promoter 内 1210-1219 bp - 2782 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 2440975-2446801(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 ACCTTATCGA
SmilChr02G001246 Chr02 NC_080388.1:22903211-22903220promoter 内 1190-1199 bp + 2802 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 22897350-22900409(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCCTTATCTC
SmilChr03G000908 Chr03 NC_080389.1:10403033-10403042promoter 内 1156-1165 bp + 2836 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 10405878-10409933(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCGATAAGGT
SmilChr02G003290 Chr02 NC_080388.1:54178783-54178792promoter 内 1154-1163 bp + 2838 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 54181630-54183611(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 TCGATAAGGT
SmilChr01G000520 Chr01 NC_080387.1:10620840-10620849promoter 内 1152-1161 bp - 2840 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 10623689-10623775(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
SmilChr01G001223 Chr01 NC_080387.1:24516314-24516323promoter 内 1138-1147 bp + 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 24519177-24522740(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGA
SmilChr02G005019 Chr02 NC_080388.1:71958714-71958723promoter 内 1138-1147 bp + 2854 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 71961577-71965484(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 GAGATAAGGA
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SmilChr02G002272 Chr02 NC_080388.1:40189420-40189429promoter 内 1117-1126 bp + 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 40185049-40186545(-) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT
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SmilChr03G000545 Chr03 NC_080389.1:5913770-5913779promoter 内 681-690 bp - 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 5917090-5926185(+) SMil_00011948-RA_Salv MP00055 CCCTTATCTT