转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00019539-RA_Salv SmilChr04G003955 ERF XP_057805828.1 MP00120 GATATTGTCGGTGGT

可能结合的靶基因

7514 个结合位点 6144 个候选靶基因 第 58 / 123 下载 TSV

上一页 58 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G002917 Chr01 NC_080387.1:47888760-47888774promoter 内 1048-1062 bp - 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 47891713-47901820(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCCGCCGACAATCGA
SmilChr07G001711 Chr07 NC_080393.1:14492012-14492026promoter 内 714-728 bp - 3273 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 14495299-14496084(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCAAC
SmilChr03G000506 Chr03 NC_080389.1:5449651-5449665promoter 内 607-621 bp + 3380 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 5453045-5453746(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGTGGGTCGGTGGG
SmilChr03G001606 Chr03 NC_080389.1:20413542-20413556promoter 内 598-612 bp - 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 20407165-20410153(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GCTGATGACGGTGGT
SmilChr04G003997 Chr04 NC_080390.1:55338969-55338983promoter 内 101-115 bp + 3886 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 55342869-55345759(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AAGTTTGTCGGTGAA
SmilChr05G004115 Chr05 NC_080391.1:54999835-54999849promoter 内 90-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 55003746-55006348(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACCCACCC
SmilChr06G002182 Chr06 NC_080392.1:30132113-30132127promoter 内 11-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 2 30136103-30141152(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ATTCATGTCGGTGGG
SmilChr03G000608 Chr03 NC_080389.1:6715960-6715974promoter 内 3982-3996 bp + 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 6714808-6715955(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCT
SmilChr03G001234 Chr03 NC_080389.1:14250803-14250817promoter 内 3982-3996 bp + 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 14249971-14250798(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCGCT
SmilChr08G001779 Chr08 NC_080394.1:15007146-15007160promoter 内 3974-3988 bp + 13 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 15004612-15007133(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACGCAACA
SmilChr01G003987 Chr01 NC_080387.1:58302776-58302790promoter 内 3913-3927 bp - 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 58302864-58303077(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGCACCGACAGAAAA
SmilChr02G005265 Chr02 NC_080388.1:73744895-73744909promoter 内 3869-3883 bp + 118 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 73744097-73744777(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCTAC
SmilChr01G000688 Chr01 NC_080387.1:15392677-15392691promoter 内 3544-3558 bp + 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 15393134-15396782(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTAATTGTCGGCGGT
SmilChr06G002931 Chr06 NC_080392.1:42167635-42167649promoter 内 3467-3481 bp - 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 42163729-42167115(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCAGCGTCGGTGAT
SmilChr04G000185 Chr04 NC_080390.1:1641633-1641647promoter 内 3423-3437 bp - 564 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 1635759-1641069(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCGGCGGCGGTGGT
SmilChr02G003508 Chr02 NC_080388.1:56269692-56269706promoter 内 3373-3387 bp - 614 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 56265476-56269078(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GATGTTGTCGGCGAA
SmilChr02G005266 Chr02 NC_080388.1:73744895-73744909promoter 内 3355-3369 bp + 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 73745541-73756597(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTAGGCGGCGGTGGT
SmilChr07G000985 Chr07 NC_080393.1:7148034-7148048promoter 内 3325-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 7148710-7149603(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGTGGGTCGGTGGG
SmilChr02G001516 Chr02 NC_080388.1:28275984-28275998promoter 内 3284-3298 bp + 703 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 28275200-28275281(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACCCACCC
SmilChr04G003234 Chr04 NC_080390.1:49163450-49163464promoter 内 3245-3259 bp + 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 49159480-49162708(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCAAC
SmilChr04G003329 Chr04 NC_080390.1:50014469-50014483promoter 内 3245-3259 bp + 742 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 50010495-50013727(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 ACCACCGCCGCCAAC
SmilChr01G000106 Chr01 NC_080387.1:1845652-1845666promoter 内 3243-3257 bp + 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 1846410-1848742(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGAGGGTCGGTGGG
SmilChr06G000480 Chr06 NC_080392.1:3908417-3908431promoter 内 3233-3247 bp + 754 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 3909185-3910626(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGTGGGTCGGTGGG
SmilChr02G005294 Chr02 NC_080388.1:73925014-73925028promoter 内 3142-3156 bp - 845 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 73922742-73924169(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TCAGCTGTCGGTGAA
SmilChr02G003803 Chr02 NC_080388.1:59662344-59662358promoter 内 3004-3018 bp + 983 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 59659322-59661361(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACCCACCC
SmilChr08G000660 Chr08 NC_080394.1:4901348-4901362promoter 内 2998-3012 bp + 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 4894143-4900359(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GTCACCGACAGGAGT
SmilChr07G001574 Chr07 NC_080393.1:12979002-12979016promoter 内 2995-3009 bp - 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 12980008-12983199(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACCCACCC
SmilChr08G001651 Chr08 NC_080394.1:13713143-13713157promoter 内 2924-2938 bp - 1063 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 13714220-13715021(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACCCACCC
SmilChr03G004217 Chr03 NC_080389.1:60747096-60747110promoter 内 2889-2903 bp + 1098 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 60745839-60745998(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACCCACCC
SmilChr02G001176 Chr02 NC_080388.1:21638649-21638663promoter 内 2865-2879 bp - 1122 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 21634500-21637527(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CGACCTGTCGGTGAA
SmilChr03G002561 Chr03 NC_080389.1:40794904-40794918promoter 内 2799-2813 bp + 1188 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 40796106-40802176(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGTGGGTCGGTGGG
SmilChr07G002904 Chr07 NC_080393.1:29460251-29460265promoter 内 2772-2786 bp + 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 29461480-29466946(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGTCTCGTCGGTGAG
SmilChr08G001780 Chr08 NC_080394.1:15007146-15007160promoter 内 2708-2722 bp + 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 15008439-15010005(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 TGTTGCGTCGGTGCT
SmilChr01G000755 Chr01 NC_080387.1:16622040-16622054promoter 内 2650-2664 bp - 1337 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 16623391-16625864(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CTCACCGACATTCAC
SmilChr02G003804 Chr02 NC_080388.1:59662344-59662358promoter 内 2646-2660 bp + 1341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 59663699-59667162(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGTGGGTCGGTGGG
SmilChr08G002259 Chr08 NC_080394.1:20846229-20846243promoter 内 2578-2592 bp + 1409 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 20847652-20856964(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 GGGTGGGTCGGTGGG
SmilChr02G003729 Chr02 NC_080388.1:58923929-58923943promoter 内 2560-2574 bp - 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 58925370-58929358(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACCCACCC
SmilChr02G001512 Chr02 NC_080388.1:28143289-28143303promoter 内 2522-2536 bp - 1465 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 28144768-28222538(+) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 AGCACCGACAGAGAT
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SmilChr07G002787 Chr07 NC_080393.1:27772128-27772142promoter 内 1939-1953 bp + 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.8/ 100 1 27762704-27770080(-) SMil_00019539-RA_Salv MP00120 CCCACCGACCCACCC