靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr02G005502; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00022202-RA_Salv |
SmilChr02G005502 |
bHLH | XP_057792768.1 |
MP00082 |
TCACGTGG |
9435 个结合位点 6784 个候选靶基因 第 59 / 136 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr06G001934 |
Chr06 | NC_080392.1:23554172-23554179promoter 内 516-523 bp |
- | 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 23545456-23550694(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G003701 |
Chr01 | NC_080387.1:55405593-55405600promoter 内 512-519 bp |
- | 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 55396510-55402111(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr05G003396 |
Chr05 | NC_080391.1:45007582-45007589promoter 内 509-516 bp |
+ | 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 45011074-45012231(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr05G003803 |
Chr05 | NC_080391.1:51350898-51350905promoter 内 505-512 bp |
+ | 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 51354394-51354967(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G002691 |
Chr01 | NC_080387.1:45143128-45143135promoter 内 501-508 bp |
+ | 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 45146628-45150823(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr06G002540 |
Chr06 | NC_080392.1:36426384-36426391promoter 内 495-502 bp |
- | 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 36418599-36422885(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G001794 |
Chr01 | NC_080387.1:32809526-32809533promoter 内 491-498 bp |
+ | 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 32813036-32817226(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr02G002844 |
Chr02 | NC_080388.1:48574567-48574574promoter 内 486-493 bp |
+ | 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 48578082-48580292(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G000458 |
Chr01 | NC_080387.1:9353409-9353416promoter 内 484-491 bp |
- | 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 9347293-9349899(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr08G002668 |
Chr08 | NC_080394.1:26180839-26180846promoter 内 484-491 bp |
- | 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 26175276-26177329(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr06G000043 |
Chr06 | NC_080392.1:358469-358476promoter 内 481-488 bp |
+ | 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 361989-362903(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr07G002948 |
Chr07 | NC_080393.1:29873062-29873069promoter 内 474-481 bp |
+ | 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 29876589-29879014(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G001188 |
Chr01 | NC_080387.1:24034935-24034942promoter 内 462-469 bp |
+ | 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 24038474-24039574(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr03G003433 |
Chr03 | NC_080389.1:52698020-52698027promoter 内 461-468 bp |
- | 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 52693821-52694487(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr08G002923 |
Chr08 | NC_080394.1:29292480-29292487promoter 内 461-468 bp |
+ | 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 29296020-29299953(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G001074 |
Chr01 | NC_080387.1:22163191-22163198promoter 内 460-467 bp |
- | 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 22157957-22159657(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr03G000999 |
Chr03 | NC_080389.1:11323645-11323652promoter 内 459-466 bp |
- | 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 11318754-11320110(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G001483 |
Chr01 | NC_080387.1:28605704-28605711promoter 内 458-465 bp |
- | 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 28601175-28602168(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr07G002680 |
Chr07 | NC_080393.1:26203311-26203318promoter 内 451-458 bp |
- | 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 26196979-26199768(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr06G001529 |
Chr06 | NC_080392.1:16537156-16537163promoter 内 450-457 bp |
- | 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 16532992-16533612(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr02G002403 |
Chr02 | NC_080388.1:41907446-41907453promoter 内 447-454 bp |
+ | 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 41911000-41912329(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr03G001963 |
Chr03 | NC_080389.1:28131779-28131786promoter 内 447-454 bp |
- | 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 28123369-28128232(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr03G003040 |
Chr03 | NC_080389.1:47294053-47294060promoter 内 442-449 bp |
+ | 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 47297612-47299289(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr06G002635 |
Chr06 | NC_080392.1:37957445-37957452promoter 内 442-449 bp |
- | 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 37952896-37953893(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr05G003854 |
Chr05 | NC_080391.1:52087409-52087416promoter 内 435-442 bp |
+ | 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 52090975-52095282(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G005483 |
Chr01 | NC_080387.1:71789386-71789393promoter 内 434-441 bp |
+ | 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 71792953-71796786(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G004360 |
Chr01 | NC_080387.1:61794283-61794290promoter 内 432-439 bp |
- | 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 61789442-61790721(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr04G003697 |
Chr04 | NC_080390.1:53334394-53334401promoter 内 432-439 bp |
+ | 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 53337963-53340609(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr03G001440 |
Chr03 | NC_080389.1:17113532-17113539promoter 内 430-437 bp |
+ | 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 17117103-17118739(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr03G001551 |
Chr03 | NC_080389.1:19536957-19536964promoter 内 430-437 bp |
+ | 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 19540528-19540599(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr05G003883 |
Chr05 | NC_080391.1:52589940-52589947promoter 内 429-436 bp |
+ | 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 52593512-52597822(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr07G003995 |
Chr07 | NC_080393.1:51008341-51008348promoter 内 429-436 bp |
- | 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 51002214-51004776(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
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Chr04 | NC_080390.1:5192601-5192608promoter 内 410-417 bp |
- | 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 5187049-5189017(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
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- | 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 36878324-36878419(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
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- | 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 45372105-45378541(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
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+ | 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 75007221-75009530(+) |
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+ | 3599 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 14393427-14395516(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
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- | 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 6771295-6774452(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
CCACGTGG |
SmilChr01G005608 |
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- | 3613 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 72613265-72616085(-) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
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SmilChr02G005511 |
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+ | 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 75235004-75238347(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
MP00082 |
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+ | 3615 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 99.6/ 100 | 2 | 34318131-34318768(+) |
SMil_00022202-RA_Salv |
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SMil_00022202-RA_Salv |
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SMil_00022202-RA_Salv |
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MP00082 |
CCACGTGG |