转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005502; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022202-RA_Salv SmilChr02G005502 bHLH XP_057792768.1 MP00082 TCACGTGG

可能结合的靶基因

9435 个结合位点 6784 个候选靶基因 第 59 / 136 下载 TSV

上一页 59 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G001934 Chr06 NC_080392.1:23554172-23554179promoter 内 516-523 bp - 3478 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 23545456-23550694(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G003701 Chr01 NC_080387.1:55405593-55405600promoter 内 512-519 bp - 3482 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 55396510-55402111(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G003396 Chr05 NC_080391.1:45007582-45007589promoter 内 509-516 bp + 3485 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 45011074-45012231(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G003803 Chr05 NC_080391.1:51350898-51350905promoter 内 505-512 bp + 3489 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 51354394-51354967(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G002691 Chr01 NC_080387.1:45143128-45143135promoter 内 501-508 bp + 3493 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 45146628-45150823(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr06G002540 Chr06 NC_080392.1:36426384-36426391promoter 内 495-502 bp - 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 36418599-36422885(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G001794 Chr01 NC_080387.1:32809526-32809533promoter 内 491-498 bp + 3503 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 32813036-32817226(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G002844 Chr02 NC_080388.1:48574567-48574574promoter 内 486-493 bp + 3508 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 48578082-48580292(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G000458 Chr01 NC_080387.1:9353409-9353416promoter 内 484-491 bp - 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 9347293-9349899(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr08G002668 Chr08 NC_080394.1:26180839-26180846promoter 内 484-491 bp - 3510 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 26175276-26177329(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr06G000043 Chr06 NC_080392.1:358469-358476promoter 内 481-488 bp + 3513 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 361989-362903(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G002948 Chr07 NC_080393.1:29873062-29873069promoter 内 474-481 bp + 3520 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 29876589-29879014(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G001188 Chr01 NC_080387.1:24034935-24034942promoter 内 462-469 bp + 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 24038474-24039574(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G003433 Chr03 NC_080389.1:52698020-52698027promoter 内 461-468 bp - 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 52693821-52694487(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr08G002923 Chr08 NC_080394.1:29292480-29292487promoter 内 461-468 bp + 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 29296020-29299953(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G001074 Chr01 NC_080387.1:22163191-22163198promoter 内 460-467 bp - 3534 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 22157957-22159657(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G000999 Chr03 NC_080389.1:11323645-11323652promoter 内 459-466 bp - 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 11318754-11320110(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G001483 Chr01 NC_080387.1:28605704-28605711promoter 内 458-465 bp - 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 28601175-28602168(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G002680 Chr07 NC_080393.1:26203311-26203318promoter 内 451-458 bp - 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 26196979-26199768(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr06G001529 Chr06 NC_080392.1:16537156-16537163promoter 内 450-457 bp - 3544 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 16532992-16533612(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G002403 Chr02 NC_080388.1:41907446-41907453promoter 内 447-454 bp + 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 41911000-41912329(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G001963 Chr03 NC_080389.1:28131779-28131786promoter 内 447-454 bp - 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 28123369-28128232(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G003040 Chr03 NC_080389.1:47294053-47294060promoter 内 442-449 bp + 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 47297612-47299289(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr06G002635 Chr06 NC_080392.1:37957445-37957452promoter 内 442-449 bp - 3552 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 37952896-37953893(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G003854 Chr05 NC_080391.1:52087409-52087416promoter 内 435-442 bp + 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 52090975-52095282(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G005483 Chr01 NC_080387.1:71789386-71789393promoter 内 434-441 bp + 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 71792953-71796786(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr01G004360 Chr01 NC_080387.1:61794283-61794290promoter 内 432-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 61789442-61790721(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G003697 Chr04 NC_080390.1:53334394-53334401promoter 内 432-439 bp + 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 53337963-53340609(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G001440 Chr03 NC_080389.1:17113532-17113539promoter 内 430-437 bp + 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 17117103-17118739(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr03G001551 Chr03 NC_080389.1:19536957-19536964promoter 内 430-437 bp + 3564 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 19540528-19540599(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr05G003883 Chr05 NC_080391.1:52589940-52589947promoter 内 429-436 bp + 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 52593512-52597822(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G003995 Chr07 NC_080393.1:51008341-51008348promoter 内 429-436 bp - 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 51002214-51004776(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr04G000479 Chr04 NC_080390.1:5192601-5192608promoter 内 410-417 bp - 3584 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 5187049-5189017(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr06G002569 Chr06 NC_080392.1:36882005-36882012promoter 内 408-415 bp - 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 36878324-36878419(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr07G003732 Chr07 NC_080393.1:45382131-45382138promoter 内 404-411 bp - 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 45372105-45378541(-) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
SmilChr02G005479 Chr02 NC_080388.1:75003616-75003623promoter 内 396-403 bp + 3598 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.6/ 100 2 75007221-75009530(+) SMil_00022202-RA_Salv MP00082 CCACGTGG
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