转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 60 / 137 下载 TSV

上一页 60 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004017 Chr02 NC_080388.1:62467685-62467699promoter 内 2765-2779 bp + 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62458265-62466463(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCTCCTACGTGGCA
SmilChr03G003308 Chr03 NC_080389.1:51300567-51300581promoter 内 2745-2759 bp - 1242 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 51301823-51305094(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGTTGACGTGGAA
SmilChr08G001669 Chr08 NC_080394.1:13916122-13916136promoter 内 2672-2686 bp - 1315 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 13917451-13926217(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTAGATGACGTGTCG
SmilChr08G000025 Chr08 NC_080394.1:176246-176260promoter 内 2618-2632 bp + 1369 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 170780-174877(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGATGACGTGTCC
SmilChr08G000074 Chr08 NC_080394.1:431768-431782promoter 内 2604-2618 bp - 1383 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 433165-435581(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGATGACGTGTCC
SmilChr04G002541 Chr04 NC_080390.1:40697182-40697196promoter 内 2562-2576 bp - 1425 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 40698621-40704264(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGTTGACGTGGAA
SmilChr02G002784 Chr02 NC_080388.1:47919360-47919374promoter 内 2561-2575 bp - 1426 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 47920800-47924013(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCCACTGACGTGGCG
SmilChr08G003043 Chr08 NC_080394.1:30592224-30592238promoter 内 2560-2574 bp - 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 30593665-30596196(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCGTGCGACGTGGCC
SmilChr05G003417 Chr05 NC_080391.1:45397873-45397887promoter 内 2527-2541 bp - 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 45395742-45396413(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATTTAA
SmilChr05G001310 Chr05 NC_080391.1:11298137-11298151promoter 内 2509-2523 bp + 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 11294713-11296659(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCTCCTACGTGGCA
SmilChr04G003359 Chr04 NC_080390.1:50188940-50188954promoter 内 2497-2511 bp + 1490 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50190444-50193928(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAACACT
SmilChr01G004482 Chr01 NC_080387.1:62947970-62947984promoter 内 2483-2497 bp - 1504 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 62949488-62953834(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTACTCACGTGGCG
SmilChr03G001056 Chr03 NC_080389.1:12286568-12286582promoter 内 2466-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 12282066-12285047(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGAAGACGTGGCT
SmilChr05G003192 Chr05 NC_080391.1:40822032-40822046promoter 内 2421-2435 bp + 1566 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 40823612-40825571(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCTTCTTC
SmilChr05G000518 Chr05 NC_080391.1:3990695-3990709promoter 内 2377-2391 bp - 1610 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 3992319-3992398(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCCGGTGACGTGGAG
SmilChr05G002242 Chr05 NC_080391.1:24081673-24081687promoter 内 2342-2356 bp - 1645 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 24071315-24080028(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAACTCC
SmilChr04G001763 Chr04 NC_080390.1:28989584-28989598promoter 内 2327-2341 bp + 1660 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 28991258-28992659(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGGAGCC
SmilChr03G004284 Chr03 NC_080389.1:61260020-61260034promoter 内 2289-2303 bp + 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 61255628-61258322(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGTTGACGTGGAA
SmilChr03G003589 Chr03 NC_080389.1:54556141-54556155promoter 内 2286-2300 bp - 1701 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54552627-54554440(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGACACGTCATCATT
SmilChr03G001579 Chr03 NC_080389.1:19953326-19953340promoter 内 2283-2297 bp + 1704 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 19955044-19956198(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGTCTG
SmilChr02G001537 Chr02 NC_080388.1:28604903-28604917promoter 内 2248-2262 bp + 1739 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 28606656-28607825(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATTTAA
SmilChr08G000032 Chr08 NC_080394.1:198064-198078promoter 内 2211-2225 bp - 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 199854-223573(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGATGACGTGTCC
SmilChr05G003189 Chr05 NC_080391.1:40822032-40822046promoter 内 2198-2212 bp + 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 40817700-40820243(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGAAGACGTGGCT
SmilChr01G002999 Chr01 NC_080387.1:48976774-48976788promoter 内 2135-2149 bp - 1852 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 48970122-48974922(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTAGGAATT
SmilChr07G000682 Chr07 NC_080393.1:4634650-4634664promoter 内 2118-2132 bp + 1869 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 4629181-4632781(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCGGTGACGTGGAG
SmilChr08G004802 Chr08 NC_080394.1:57337305-57337319promoter 内 2101-2115 bp + 1886 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 57334724-57335419(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGATGACGTGTCC
SmilChr01G000666 Chr01 NC_080387.1:14819321-14819335promoter 内 2070-2084 bp + 1917 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 14814848-14817404(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGAAGACGTGGCT
SmilChr04G000859 Chr04 NC_080390.1:10901801-10901815promoter 内 2060-2074 bp + 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 10903742-10905247(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATGTTA
SmilChr08G000082 Chr08 NC_080394.1:469700-469714promoter 内 1927-1941 bp - 2060 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 471774-472547(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGATGACGTGTCC
SmilChr08G000091 Chr08 NC_080394.1:529385-529399promoter 内 1831-1845 bp - 2156 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 531555-534201(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGATGACGTGTCC
SmilChr08G000100 Chr08 NC_080394.1:619656-619670promoter 内 1800-1814 bp - 2187 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 621857-624360(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGATGACGTGTCC
SmilChr05G000888 Chr05 NC_080391.1:7033902-7033916promoter 内 1696-1710 bp - 2291 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 7036207-7039360(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCTCCTACGTGGCA
SmilChr08G004797 Chr08 NC_080394.1:57303609-57303623promoter 内 1678-1692 bp + 2309 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 57297734-57301300(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGATGACGTGTCC
SmilChr08G000098 Chr08 NC_080394.1:604835-604849promoter 内 1670-1684 bp - 2317 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 607166-610931(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGATGACGTGTCC
SmilChr01G002148 Chr01 NC_080387.1:37472143-37472157promoter 内 1658-1672 bp - 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 37474486-37476248(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATGTGACACGTGGCA
SmilChr07G001404 Chr07 NC_080393.1:10921936-10921950promoter 内 1630-1644 bp - 2357 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 10924307-10926416(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGTTGACGTGGAA
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SmilChr01G002741 Chr01 NC_080387.1:45711468-45711482promoter 内 1111-1125 bp + 2876 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 45714358-45719100(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCTCCTGC
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