转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003973; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011986-RA_Salv SmilChr04G003973 HD-ZIP XP_057805857.1 MP00013 TAATGATTGG

可能结合的靶基因

9712 个结合位点 5927 个候选靶基因 第 61 / 119 下载 TSV

上一页 61 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000308 Chr01 NC_080387.1:5996912-5996921promoter 内 620-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 6000293-6003053(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGG
SmilChr02G000444 Chr02 NC_080388.1:5820530-5820539promoter 内 581-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 5816373-5817119(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGA
SmilChr01G000268 Chr01 NC_080387.1:5189021-5189030promoter 内 572-581 bp + 3420 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 5192450-5194560(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCATGATTGC
SmilChr02G001946 Chr02 NC_080388.1:35086085-35086094promoter 内 449-458 bp + 3543 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 35080855-35082542(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGG
SmilChr01G001397 Chr01 NC_080387.1:27462483-27462492promoter 内 446-455 bp + 3546 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 27466038-27466984(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCATGATTGC
SmilChr02G000005 Chr02 NC_080388.1:42803-42812promoter 内 436-445 bp + 3556 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 34537-39247(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGA
SmilChr01G000624 Chr01 NC_080387.1:13980327-13980336promoter 内 427-436 bp + 3565 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 13983901-13987114(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCATGATTGC
SmilChr01G003986 Chr01 NC_080387.1:58303277-58303286promoter 内 399-408 bp + 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 58299614-58299684(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGA
SmilChr01G001242 Chr01 NC_080387.1:24913439-24913448promoter 内 389-398 bp - 3603 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 24917051-24919720(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGG
SmilChr02G000861 Chr02 NC_080388.1:14781731-14781740promoter 内 317-326 bp - 3675 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 14785415-14786777(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGA
SmilChr02G000671 Chr02 NC_080388.1:10356761-10356770promoter 内 268-277 bp - 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 10352142-10353037(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCATGATTGC
SmilChr02G002033 Chr02 NC_080388.1:36618436-36618445promoter 内 223-232 bp + 3769 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 36622214-36622996(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCATGATTGC
SmilChr01G004029 Chr01 NC_080387.1:58707719-58707728promoter 内 198-207 bp + 3794 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 58701536-58703925(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGG
SmilChr02G000227 Chr02 NC_080388.1:2945477-2945486promoter 内 164-173 bp - 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 2949314-2950388(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGA
SmilChr01G000977 Chr01 NC_080387.1:20667908-20667917promoter 内 155-164 bp - 3837 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 20662598-20664071(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCATGATTGC
SmilChr01G000670 Chr01 NC_080387.1:14839595-14839604promoter 内 135-144 bp - 3857 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 14835325-14835738(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCATGATTGC
SmilChr02G001771 Chr02 NC_080388.1:32481208-32481217promoter 内 88-97 bp + 3904 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 32472307-32477304(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GCAATCATGA
SmilChr01G000548 Chr01 NC_080387.1:11343262-11343271promoter 内 85-94 bp + 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 11347178-11347583(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCATGATTGC
SmilChr01G000576 Chr01 NC_080387.1:11983373-11983382promoter 内 76-85 bp + 3916 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 11987298-11989109(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCATGATTGC
SmilChr02G000354 Chr02 NC_080388.1:4572759-4572768promoter 内 23-32 bp + 3969 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.6/ 100 1 4576737-4577192(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 TCATGATTGC
SmilChr01G003846 Chr01 NC_080387.1:56779142-56779151promoter 内 1702-1711 bp + 2290 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 56773403-56776852(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACC
SmilChr01G003820 Chr01 NC_080387.1:56543903-56543912promoter 内 1284-1293 bp - 2708 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 3 56546620-56550205(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACC
SmilChr01G001748 Chr01 NC_080387.1:32221371-32221380promoter 内 3971-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 32221401-32235748(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACC
SmilChr01G001749 Chr01 NC_080387.1:32221371-32221380promoter 内 2959-2968 bp - 1033 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 32222413-32224941(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACC
SmilChr01G000075 Chr01 NC_080387.1:1324906-1324915promoter 内 2936-2945 bp + 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 1320766-1323850(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACC
SmilChr02G002278 Chr02 NC_080388.1:40267367-40267376promoter 内 2901-2910 bp + 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 40268467-40269588(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGTTGATTGG
SmilChr02G003093 Chr02 NC_080388.1:51793533-51793542promoter 内 2857-2866 bp + 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 51789092-51792398(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACC
SmilChr01G001984 Chr01 NC_080387.1:35220665-35220674promoter 内 2818-2827 bp + 1174 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 35221848-35224928(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGTTGATTGG
SmilChr02G002008 Chr02 NC_080388.1:36224222-36224231promoter 内 2196-2205 bp + 1796 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 36216486-36222426(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACC
SmilChr01G001476 Chr01 NC_080387.1:28554633-28554642promoter 内 2039-2048 bp - 1953 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 28551799-28552680(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGTTGATTGG
SmilChr01G005153 Chr01 NC_080387.1:69316885-69316894promoter 内 1798-1807 bp + 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 69319088-69323489(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGTTGATTGG
SmilChr02G002350 Chr02 NC_080388.1:41265720-41265729promoter 内 1233-1242 bp + 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 41268488-41273790(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGTTGATTGG
SmilChr02G003733 Chr02 NC_080388.1:58972196-58972205promoter 内 873-882 bp - 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 58964002-58969077(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGTTGATTGG
SmilChr01G000758 Chr01 NC_080387.1:16646344-16646353promoter 内 845-854 bp - 3147 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 16649500-16652729(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACC
SmilChr01G001477 Chr01 NC_080387.1:28554633-28554642promoter 内 726-735 bp - 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 28557908-28560722(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACC
SmilChr01G003706 Chr01 NC_080387.1:55414331-55414340promoter 内 481-490 bp + 3511 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 55417851-55420324(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGTTGATTGG
SmilChr02G001963 Chr02 NC_080388.1:35454595-35454604promoter 内 3833-3842 bp + 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 35451519-35454436(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACC
SmilChr01G003589 Chr01 NC_080387.1:54433914-54433923promoter 内 3572-3581 bp - 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54434343-54437470(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACC
SmilChr01G005902 Chr01 NC_080387.1:74914117-74914126promoter 内 2862-2871 bp - 1130 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 74909548-74912987(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGTTGATTGG
SmilChr02G004154 Chr02 NC_080388.1:63848283-63848292promoter 内 2834-2843 bp - 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 63849450-63852102(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACC
SmilChr02G000284 Chr02 NC_080388.1:3637950-3637959promoter 内 2816-2825 bp - 1176 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 3635326-3636774(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGTTGATTGG
SmilChr02G001009 Chr02 NC_080388.1:17843888-17843897promoter 内 2810-2819 bp - 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 17841831-17842706(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGTTGATTGG
SmilChr01G001032 Chr01 NC_080387.1:21478406-21478415promoter 内 2794-2803 bp - 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 21476350-21477208(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGTTGATTGG
SmilChr01G002522 Chr01 NC_080387.1:43185743-43185752promoter 内 2794-2803 bp + 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 43186950-43188398(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGTTGATTGG
SmilChr01G004395 Chr01 NC_080387.1:62107893-62107902promoter 内 2784-2793 bp - 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 62109110-62112274(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACC
SmilChr02G002670 Chr02 NC_080388.1:46279838-46279847promoter 内 2783-2792 bp + 1209 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 46281056-46282147(+) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGTTGATTGG
SmilChr01G003026 Chr01 NC_080387.1:49314822-49314831promoter 内 2636-2645 bp - 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 49310146-49313466(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGTTGATTGG
SmilChr02G000592 Chr02 NC_080388.1:8482441-8482450promoter 内 2396-2405 bp + 1596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 8471205-8480845(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACC
SmilChr01G002700 Chr01 NC_080387.1:45270208-45270217promoter 内 2366-2375 bp - 1626 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 45267047-45268582(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 GGTTGATTGG
SmilChr01G005465 Chr01 NC_080387.1:71656233-71656242promoter 内 1828-1837 bp + 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 71651753-71654069(-) SMil_00011986-RA_Salv MP00013 CCAATCAACC