转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009629-RA_Salv SmilChr03G004518 ERF XP_057799834.1 MP00529 CTCCACCGACAAAAT

可能结合的靶基因

9247 个结合位点 7559 个候选靶基因 第 62 / 152 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003062 Chr07 NC_080393.1:32008713-32008727promoter 内 128-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 32012586-32014209(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTATTGGCGGTGGAA
SmilChr04G003384 Chr04 NC_080390.1:50389816-50389830promoter 内 39-53 bp + 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50380709-50385868(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACGGCGACGGTGGAG
SmilChr08G004161 Chr08 NC_080394.1:50896101-50896115promoter 内 15-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 50889040-50892129(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CAGCACCGACGGCGG
SmilChr05G003870 Chr05 NC_080391.1:52304717-52304731promoter 内 3419-3433 bp + 568 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 52300572-52304149(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CAGATGGCGGTGGAG
SmilChr01G003714 Chr01 NC_080387.1:55481207-55481221promoter 内 3405-3419 bp + 582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 55481803-55486554(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCACACCGACAAAAT
SmilChr02G002004 Chr02 NC_080388.1:36186252-36186266promoter 内 2722-2736 bp + 1265 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 36187531-36187691(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTTCACCGACACGTG
SmilChr04G003206 Chr04 NC_080390.1:48905822-48905836promoter 内 2717-2731 bp + 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 48902219-48904552(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTAGTGGCGGTGGAT
SmilChr07G002328 Chr07 NC_080393.1:21593620-21593634promoter 内 2112-2126 bp - 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 21595509-21596860(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCCTTGTCGGTGAGA
SmilChr02G002540 Chr02 NC_080388.1:44234836-44234850promoter 内 1953-1967 bp + 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 44229787-44232802(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTAGTGTCGGTGCAT
SmilChr02G003289 Chr02 NC_080388.1:54169192-54169206promoter 内 1939-1953 bp + 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 54165330-54167144(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTAGTGTCGGTGCAT
SmilChr01G001346 Chr01 NC_080387.1:26720163-26720177promoter 内 1854-1868 bp - 2133 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 26722310-26731562(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCAGCGTCGGTGATT
SmilChr07G003383 Chr07 NC_080393.1:36645738-36645752promoter 内 667-681 bp + 3320 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 36641208-36642418(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AAGACGTCGGTGGAA
SmilChr07G003725 Chr07 NC_080393.1:45244008-45244022promoter 内 489-503 bp + 3498 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 45247520-45248515(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCGACCGACACCCT
SmilChr07G004605 Chr07 NC_080393.1:58857301-58857315promoter 内 302-316 bp - 3685 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 58850431-58853616(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAACACCGACACCAC
SmilChr01G003713 Chr01 NC_080387.1:55481207-55481221promoter 内 255-269 bp + 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 55473436-55477475(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATTTTGTCGGTGTGG
SmilChr06G002182 Chr06 NC_080392.1:30132114-30132128promoter 内 12-26 bp - 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 30136103-30141152(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCATGTCGGTGGGC
SmilChr03G004705 Chr03 NC_080389.1:64339524-64339538promoter 内 3966-3980 bp - 21 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 64335662-64339503(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGGCACCGACAGTGA
SmilChr01G005384 Chr01 NC_080387.1:71123354-71123368promoter 内 3955-3969 bp - 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 71121235-71123322(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCAAGAT
SmilChr01G005115 Chr01 NC_080387.1:68925035-68925049promoter 内 3867-3881 bp - 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 68919466-68924915(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCGACCGACACATT
SmilChr07G003384 Chr07 NC_080393.1:36645738-36645752promoter 内 3683-3697 bp + 304 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 36643727-36645434(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AAGACGTCGGTGGAA
SmilChr02G003855 Chr02 NC_080388.1:60314866-60314880promoter 内 3597-3611 bp - 390 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 60305438-60314476(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTTCACCGACATTGT
SmilChr02G002722 Chr02 NC_080388.1:47058325-47058339promoter 内 3570-3584 bp + 417 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47056261-47057908(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AAGTTGTCGGTGAGC
SmilChr01G003060 Chr01 NC_080387.1:49488897-49488911promoter 内 3550-3564 bp - 437 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 49489348-49493065(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGCGTGTCGGTGCTG
SmilChr01G005380 Chr01 NC_080387.1:71029970-71029984promoter 内 3542-3556 bp + 445 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 71030429-71031319(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGCCAAGAT
SmilChr06G000314 Chr06 NC_080392.1:2275219-2275233promoter 内 3528-3542 bp - 459 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2270788-2274760(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATTCACCGACAGCTG
SmilChr07G003841 Chr07 NC_080393.1:47572898-47572912promoter 内 3426-3440 bp - 561 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47571268-47572337(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AATCACCGACACTTA
SmilChr07G003683 Chr07 NC_080393.1:44342731-44342745promoter 内 3391-3405 bp + 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 44343341-44344703(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AATCACCGACACATA
SmilChr01G003289 Chr01 NC_080387.1:51592020-51592034promoter 内 3320-3334 bp + 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51592701-51596225(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGACGCCGACAAATA
SmilChr04G003010 Chr04 NC_080390.1:46491194-46491208promoter 内 3183-3197 bp - 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46492012-46494195(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTAGTGGCGGTGGAT
SmilChr08G004593 Chr08 NC_080394.1:55503655-55503669promoter 内 3133-3147 bp - 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 55500520-55502801(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CGACACCGACAGCCT
SmilChr05G003518 Chr05 NC_080391.1:46985100-46985114promoter 内 3075-3089 bp - 912 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46986026-46987370(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GGTACGTCGGTGGGC
SmilChr05G000393 Chr05 NC_080391.1:2962169-2962183promoter 内 3007-3021 bp - 980 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 2958246-2961189(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTTCGCCGACAAAAT
SmilChr08G003354 Chr08 NC_080394.1:34951256-34951270promoter 内 2602-2616 bp - 1385 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 34947150-34949871(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTTCGCCGACAAATG
SmilChr01G000269 Chr01 NC_080387.1:5207781-5207795promoter 内 2534-2548 bp - 1453 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 5209248-5209817(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AATACGTCGGTGGCT
SmilChr08G004464 Chr08 NC_080394.1:54318705-54318719promoter 内 2446-2460 bp + 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54316328-54317164(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTAGTGTCGGTGCAT
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