转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 62 / 160 下载 TSV

上一页 62 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004109 Chr03 NC_080389.1:59989960-59989970promoter 内 2902-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 59991059-59993709(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATAT
SmilChr05G000524 Chr05 NC_080391.1:4022329-4022339promoter 内 2896-2906 bp - 1095 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 4016728-4021234(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TCACGTAAACT
SmilChr05G001563 Chr05 NC_080391.1:14309069-14309079promoter 内 2875-2885 bp + 1116 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 14304820-14307953(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAATTACGTGG
SmilChr03G000979 Chr03 NC_080389.1:11071520-11071530promoter 内 2856-2866 bp + 1135 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 11072665-11074347(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATGTT
SmilChr02G003093 Chr02 NC_080388.1:51793557-51793567promoter 内 2832-2842 bp + 1159 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 51789092-51792398(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATATTACGTGT
SmilChr02G001708 Chr02 NC_080388.1:31431002-31431012promoter 内 2831-2841 bp + 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 31428694-31429842(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAATTACGTGG
SmilChr04G003826 Chr04 NC_080390.1:54362131-54362141promoter 内 2759-2769 bp + 1232 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 54363373-54365077(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAATTT
SmilChr02G004963 Chr02 NC_080388.1:71554103-71554113promoter 内 2656-2666 bp - 1335 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 71547117-71552768(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATAT
SmilChr01G001130 Chr01 NC_080387.1:22980854-22980864promoter 内 2597-2607 bp - 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 22978984-22979460(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAATTT
SmilChr05G004040 Chr05 NC_080391.1:54375546-54375556promoter 内 2591-2601 bp + 1400 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 54376956-54384086(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATGTT
SmilChr05G000899 Chr05 NC_080391.1:7117531-7117541promoter 内 2557-2567 bp - 1434 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 7118975-7119860(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGTTTACGTGA
SmilChr01G003796 Chr01 NC_080387.1:56340607-56340617promoter 内 2548-2558 bp + 1443 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 56342060-56343178(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAATTT
SmilChr01G002347 Chr01 NC_080387.1:40616422-40616432promoter 内 2539-2549 bp + 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 40608642-40614970(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAAATACGTGT
SmilChr02G002508 Chr02 NC_080388.1:43558436-43558446promoter 内 2518-2528 bp + 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 43559919-43564748(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTG
SmilChr02G003704 Chr02 NC_080388.1:58527908-58527918promoter 内 2518-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 58529391-58534339(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGTTTACGTGA
SmilChr02G002505 Chr02 NC_080388.1:43537670-43537680promoter 内 2476-2486 bp + 1515 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 43539195-43543984(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTG
SmilChr04G002704 Chr04 NC_080390.1:42562202-42562212promoter 内 2409-2419 bp - 1582 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 42563794-42565621(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAATTACGTGG
SmilChr02G005232 Chr02 NC_080388.1:73513444-73513454promoter 内 2390-2400 bp + 1601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 73515055-73516164(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATGTT
SmilChr01G003795 Chr01 NC_080387.1:56340607-56340617promoter 内 2374-2384 bp + 1617 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 56336337-56338990(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AAATTACGTGG
SmilChr04G003846 Chr04 NC_080390.1:54462726-54462736promoter 内 2369-2379 bp - 1622 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 54464358-54467976(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AACATACGTGT
SmilChr01G004104 Chr01 NC_080387.1:59553784-59553794promoter 内 2299-2309 bp - 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 59542606-59552092(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATAT
SmilChr02G001914 Chr02 NC_080388.1:34446948-34446958promoter 内 2294-2304 bp + 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 34443481-34445251(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AACATACGTGT
SmilChr05G002813 Chr05 NC_080391.1:33025230-33025240promoter 内 2272-2282 bp - 1719 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 33016490-33023511(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATAT
SmilChr02G003375 Chr02 NC_080388.1:54891338-54891348promoter 内 2232-2242 bp - 1759 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 54887308-54889579(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAATTT
SmilChr05G000372 Chr05 NC_080391.1:2760467-2760477promoter 内 2231-2241 bp + 1760 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 2762237-2764929(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAATTT
SmilChr02G004829 Chr02 NC_080388.1:70392907-70392917promoter 内 2205-2215 bp - 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 70386120-70391121(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CCACGTAATTT
SmilChr06G000210 Chr06 NC_080392.1:1425144-1425154promoter 内 2205-2215 bp + 1786 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 1418496-1423358(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AACATACGTGT
SmilChr03G003564 Chr03 NC_080389.1:54290791-54290801promoter 内 2201-2211 bp + 1790 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 54284146-54289001(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATATTACGTGT
SmilChr01G005438 Chr01 NC_080387.1:71515750-71515760promoter 内 2168-2178 bp + 1823 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 71509433-71513927(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AACATACGTGT
SmilChr05G001152 Chr05 NC_080391.1:9674943-9674953promoter 内 2149-2159 bp + 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 9676795-9679167(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAATAT
SmilChr04G003887 Chr04 NC_080390.1:54690058-54690068promoter 内 2136-2146 bp - 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 54684630-54688203(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTG
SmilChr05G001790 Chr05 NC_080391.1:17612024-17612034promoter 内 2041-2051 bp - 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 17613984-17616338(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CAAATACGTGT
SmilChr02G004964 Chr02 NC_080388.1:71554103-71554113promoter 内 2007-2017 bp - 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 71556097-71562272(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATATTACGTGT
SmilChr01G002688 Chr01 NC_080387.1:45108909-45108919promoter 内 1998-2008 bp + 1993 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 45104700-45106916(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ATATTACGTGT
SmilChr02G003426 Chr02 NC_080388.1:55467974-55467984promoter 内 1984-1994 bp + 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 55461968-55465967(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AACATACGTGT
SmilChr05G001204 Chr05 NC_080391.1:10126652-10126662promoter 内 1984-1994 bp + 2007 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.8/ 100 1 10128669-10130629(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTTG
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