转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 63 / 135 下载 TSV

上一页 63 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005228 Chr01 NC_080387.1:69815034-69815048promoter 内 764-778 bp + 3223 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 69818271-69819493(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAAACCTTATCATT
SmilChr02G003143 Chr02 NC_080388.1:52443540-52443554promoter 内 740-754 bp - 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 52439416-52440293(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AACCACCTTATCTCT
SmilChr02G003525 Chr02 NC_080388.1:56407207-56407221promoter 内 727-741 bp + 3260 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 56410481-56413936(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AACCACCTTATCTCT
SmilChr01G004132 Chr01 NC_080387.1:59835379-59835393promoter 内 654-668 bp + 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 59838726-59842156(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCGGCCTTATCTTC
SmilChr01G002388 Chr01 NC_080387.1:41128227-41128241promoter 内 618-632 bp - 3369 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 41124302-41124858(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTACTCCTTATCATC
SmilChr01G000305 Chr01 NC_080387.1:5949091-5949105promoter 内 571-585 bp - 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 5952521-5955281(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGTAGCG
SmilChr03G001629 Chr03 NC_080389.1:20988814-20988828promoter 内 553-567 bp + 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 20992262-20994544(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATCGCCTTATCCGC
SmilChr01G004619 Chr01 NC_080387.1:64201935-64201949promoter 内 452-466 bp - 3535 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 64205484-64206311(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGTGGTT
SmilChr02G000730 Chr02 NC_080388.1:11837960-11837974promoter 内 448-462 bp - 3539 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 11841513-11842947(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGTGGTT
SmilChr01G005001 Chr01 NC_080387.1:68048760-68048774promoter 内 440-454 bp - 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 68052321-68052394(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGTGGTT
SmilChr02G005377 Chr02 NC_080388.1:74449166-74449180promoter 内 439-453 bp + 3548 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 74441904-74445618(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGTGGTT
SmilChr02G003373 Chr02 NC_080388.1:54866413-54866427promoter 内 381-395 bp + 3606 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 54870033-54880559(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATCGCCTTATCCGC
SmilChr02G001117 Chr02 NC_080388.1:20138701-20138715promoter 内 338-352 bp + 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 20132853-20135052(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGGCGAAG
SmilChr03G002178 Chr03 NC_080389.1:33853717-33853731promoter 内 290-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 33857428-33859654(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATCGCCTTATCCGC
SmilChr03G001228 Chr03 NC_080389.1:14161640-14161654promoter 内 215-229 bp - 3772 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 14165426-14166550(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGATGAGA
SmilChr01G000697 Chr01 NC_080387.1:15668256-15668270promoter 内 162-176 bp - 3825 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 15672095-15672531(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTGATT
SmilChr01G001253 Chr01 NC_080387.1:25168220-25168234promoter 内 117-131 bp - 3870 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 25172104-25174860(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGTGGTT
SmilChr02G001248 Chr02 NC_080388.1:22927665-22927679promoter 内 79-93 bp - 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 22931587-22932753(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGGTCCTC
SmilChr01G005184 Chr01 NC_080387.1:69553797-69553811promoter 内 13-27 bp - 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.3/ 100 1 69544994-69549823(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTAACCTCATCAAA
SmilChr02G004572 Chr02 NC_080388.1:68219025-68219039promoter 内 2735-2749 bp - 1252 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 7 68220291-68226607(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGATAAGGAAATT
SmilChr02G005365 Chr02 NC_080388.1:74350187-74350201promoter 内 3219-3233 bp + 768 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 4 74350969-74352510(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTCTCTTATCCTC
SmilChr02G001067 Chr02 NC_080388.1:18997530-18997544promoter 内 3648-3662 bp - 339 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 18990958-18997191(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCCACCTTATCTCT
SmilChr02G001954 Chr02 NC_080388.1:35254317-35254331promoter 内 3619-3633 bp - 368 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 35252986-35253949(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCCACCTTATCTCT
SmilChr03G001854 Chr03 NC_080389.1:25528260-25528274promoter 内 3225-3239 bp - 762 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 25527080-25527498(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCCACCTTATCTCT
SmilChr03G001820 Chr03 NC_080389.1:24846671-24846685promoter 内 2246-2260 bp + 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 24848426-24858099(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTACTCTTATCCAA
SmilChr03G000988 Chr03 NC_080389.1:11190697-11190711promoter 内 644-658 bp + 3343 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 3 11194054-11216604(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCCACCTTATCTCT
SmilChr02G000919 Chr02 NC_080388.1:15905456-15905470promoter 内 3984-3998 bp - 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 15903958-15905453(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATCATCTTATCCCA
SmilChr01G006037 Chr01 NC_080387.1:75874976-75874990promoter 内 3892-3906 bp + 95 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 75875085-75878965(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTAGTCGTTATCCTC
SmilChr01G005978 Chr01 NC_080387.1:75443420-75443434promoter 内 3809-3823 bp + 178 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 75438795-75443242(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGTGATT
SmilChr02G003336 Chr02 NC_080388.1:54600638-54600652promoter 内 3687-3701 bp - 300 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 54599667-54600338(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTTTCCTTATCTCA
SmilChr01G000659 Chr01 NC_080387.1:14696018-14696032promoter 内 3616-3630 bp + 371 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 14696403-14698547(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCCACCTTATCTCT
SmilChr01G002204 Chr01 NC_080387.1:38364348-38364362promoter 内 3391-3405 bp + 596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 38362829-38363752(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGAAAAT
SmilChr01G000422 Chr01 NC_080387.1:8482293-8482307promoter 内 3000-3014 bp + 987 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 8472285-8481306(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGGTAGT
SmilChr01G003780 Chr01 NC_080387.1:56191155-56191169promoter 内 2986-3000 bp - 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 56192170-56195736(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGTATCA
SmilChr03G002549 Chr03 NC_080389.1:40671872-40671886promoter 内 2935-2949 bp + 1052 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 40668849-40670820(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGAACTAA
SmilChr02G004954 Chr02 NC_080388.1:71494937-71494951promoter 内 2810-2824 bp + 1177 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 71491638-71493760(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAGATAAGGTAATT
SmilChr01G000123 Chr01 NC_080387.1:2060224-2060238promoter 内 2808-2822 bp - 1179 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 2057057-2059045(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCCACCTTATCTCT
SmilChr01G000203 Chr01 NC_080387.1:3481984-3481998promoter 内 2676-2690 bp + 1311 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 3483309-3484678(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCCACCTTATCTCT
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SmilChr01G001252 Chr01 NC_080387.1:25162296-25162310promoter 内 1909-1923 bp + 2078 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 25164388-25164972(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCCATCTTATCCGA
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SmilChr02G002753 Chr02 NC_080388.1:47559083-47559097promoter 内 1764-1778 bp - 2223 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 47556057-47556860(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAAATCTTATCCTG
SmilChr02G002755 Chr02 NC_080388.1:47588231-47588245promoter 内 1726-1740 bp + 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 47590506-47591247(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAAATCTTATCCTG
SmilChr02G000655 Chr02 NC_080388.1:9938105-9938119promoter 内 1652-1666 bp - 2335 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 9933779-9935770(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGTGTCCTTATCTTT
SmilChr01G000731 Chr01 NC_080387.1:16270489-16270503promoter 内 1554-1568 bp - 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 16265866-16268056(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCCACCTTATCTCT
SmilChr02G000672 Chr02 NC_080388.1:10360768-10360782promoter 内 1411-1425 bp + 2576 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 10363358-10368799(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAAAACCTTATCAGT
SmilChr02G003164 Chr02 NC_080388.1:52680817-52680831promoter 内 1382-1396 bp - 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 52675067-52678212(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAGCTCCTTATCTTA
SmilChr02G005414 Chr02 NC_080388.1:74606447-74606461promoter 内 1263-1277 bp - 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 74609185-74610719(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCGGATAAGAAATTA
SmilChr01G005918 Chr01 NC_080387.1:75021130-75021144promoter 内 1023-1037 bp + 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 75017240-75018166(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGTGGGC
SmilChr02G003968 Chr02 NC_080388.1:61827569-61827583promoter 内 836-850 bp + 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 61823186-61824418(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAGATAAGGTCGAT