转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 64 / 152 下载 TSV

上一页 64 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G000147 Chr01 NC_080387.1:2548490-2548508promoter 内 3891-3909 bp + 92 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 2545090-2548398(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAAGTGGTGGTTGAACAAC
SmilChr04G003435 Chr04 NC_080390.1:50911687-50911705promoter 内 3799-3817 bp + 184 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 50908225-50911503(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GACGAATTGGTTGGAAAGA
SmilChr01G006100 Chr01 NC_080387.1:76485739-76485757promoter 内 3695-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 76486045-76487897(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGCACGGTGGTTGGCGTCC
SmilChr02G002121 Chr02 NC_080388.1:37964813-37964831promoter 内 3666-3684 bp - 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 37962620-37964496(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGTTACAACCACTCTCTC
SmilChr03G000822 Chr03 NC_080389.1:9417082-9417100promoter 内 3525-3543 bp + 458 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 9416518-9416624(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGGCGGTGGTTGCAAAAA
SmilChr02G005266 Chr02 NC_080388.1:73744899-73744917promoter 内 3359-3377 bp - 624 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 73745541-73756597(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCGGCGGTGGTTAGGGATA
SmilChr04G003291 Chr04 NC_080390.1:49628290-49628308promoter 内 3330-3348 bp + 653 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 49628961-49629032(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCAACTCAACCACCATGTC
SmilChr03G002474 Chr03 NC_080389.1:39201575-39201593promoter 内 3294-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 39195515-39200886(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTCATCT
SmilChr03G003404 Chr03 NC_080389.1:52405453-52405471promoter 内 3240-3258 bp - 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 52406214-52406799(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGAATGTGGTTGAGAACT
SmilChr01G004002 Chr01 NC_080387.1:58411833-58411851promoter 内 3224-3242 bp + 759 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 58412610-58415919(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTCTCCAACCAATTTTCT
SmilChr05G002150 Chr05 NC_080391.1:22713929-22713947promoter 内 3216-3234 bp - 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 22707872-22713162(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAATTCAACCACAACCCC
SmilChr04G001290 Chr04 NC_080390.1:20566745-20566763promoter 内 3089-3107 bp + 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 20567657-20568346(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TGACCCCAACCACATGACG
SmilChr04G004135 Chr04 NC_080390.1:56156172-56156190promoter 内 3078-3096 bp - 905 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 56157095-56162754(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCTTAAGTGGTTGGAATTT
SmilChr02G002800 Chr02 NC_080388.1:48094849-48094867promoter 内 3043-3061 bp + 940 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 48092925-48093909(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
SmilChr03G003403 Chr03 NC_080389.1:52405453-52405471promoter 内 2984-3002 bp - 999 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 52400849-52404454(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTTCTCAACCACATTCAA
SmilChr02G005428 Chr02 NC_080388.1:74729487-74729505promoter 内 2880-2898 bp - 1103 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 74725462-74728384(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCTTCACAACCACTTTTCT
SmilChr04G004039 Chr04 NC_080390.1:55615436-55615454promoter 内 2658-2676 bp + 1325 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 55612476-55614111(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
SmilChr03G003405 Chr03 NC_080389.1:52405453-52405471promoter 内 2482-2500 bp - 1501 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 52406972-52407911(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGAATGTGGTTGAGAACT
SmilChr03G000232 Chr03 NC_080389.1:2756578-2756596promoter 内 2447-2465 bp - 1536 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 2752746-2755042(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTGTTCCAACCACTACAAA
SmilChr04G003287 Chr04 NC_080390.1:49549671-49549689promoter 内 2415-2433 bp + 1568 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 49551257-49551328(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GCAACTCAACCACCATGTC
SmilChr02G004005 Chr02 NC_080388.1:62378021-62378039promoter 内 2271-2289 bp - 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 62379751-62380769(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCGTTGTTGGTTGGGGATT
SmilChr03G004161 Chr03 NC_080389.1:60393764-60393782promoter 内 2266-2284 bp - 1717 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 60391093-60392047(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATCTCCCAACCATTTCCTC
SmilChr02G001894 Chr02 NC_080388.1:34242908-34242926promoter 内 2229-2247 bp - 1754 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 34244680-34245578(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAGGTGTTGGTTGGAAGAC
SmilChr01G004873 Chr01 NC_080387.1:66835455-66835473promoter 内 2201-2219 bp - 1782 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 66837255-66837328(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAACGGTGGTTGTGGGAA
SmilChr04G003419 Chr04 NC_080390.1:50776857-50776875promoter 内 1987-2005 bp + 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 50778871-50782878(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACCCTGCAACCACTGCTCC
SmilChr04G003257 Chr04 NC_080390.1:49306460-49306478promoter 内 1947-1965 bp + 2036 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 49300848-49304424(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAACTGTGGTTGGGAAGA
SmilChr01G004874 Chr01 NC_080387.1:66835455-66835473promoter 内 1883-1901 bp - 2100 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 66837573-66839486(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAAACGGTGGTTGTGGGAA
SmilChr01G001244 Chr01 NC_080387.1:24940292-24940310promoter 内 1839-1857 bp + 2144 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 24935348-24938148(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAACTGTGGTTGGGAAGA
SmilChr04G002762 Chr04 NC_080390.1:43372034-43372052promoter 内 1775-1793 bp + 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 43368473-43369826(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAGTGTGGTTGGTGCGT
SmilChr04G004134 Chr04 NC_080390.1:56156172-56156190promoter 内 1749-1767 bp - 2234 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 56152353-56153938(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AAATTCCAACCACTTAAGA
SmilChr03G000853 Chr03 NC_080389.1:9762484-9762502promoter 内 1622-1640 bp + 2361 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 9757011-9760123(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTTGAGTGGTTGGAGGCT
SmilChr01G002099 Chr01 NC_080387.1:37033175-37033193promoter 内 1593-1611 bp + 2390 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 37029265-37030785(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TAGATGGTGGTTGTGAAAA
SmilChr04G000207 Chr04 NC_080390.1:1832967-1832985promoter 内 1528-1546 bp - 2455 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 1835440-1839166(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTGAAAGTGGTTGTAGCAT
SmilChr01G004872 Chr01 NC_080387.1:66835455-66835473promoter 内 1518-1536 bp - 2465 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 66831346-66832990(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCCCACAACCACCGTTTT
SmilChr05G002681 Chr05 NC_080391.1:30291824-30291842promoter 内 1509-1527 bp - 2474 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 30294316-30295011(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
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SmilChr01G005006 Chr01 NC_080387.1:68112798-68112816promoter 内 3920-3938 bp - 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 68107762-68112735(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AATGCTCAACCACCAGCAT
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SmilChr02G002201 Chr02 NC_080388.1:39235121-39235139promoter 内 3874-3892 bp - 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 39230773-39235012(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCCCAACCACACATCT
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