转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 64 / 135 下载 TSV

上一页 64 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001797 Chr01 NC_080387.1:32834115-32834129promoter 内 556-570 bp + 3431 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 32828472-32830684(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTGATAAGGTTGAC
SmilChr03G002946 Chr03 NC_080389.1:46205025-46205039promoter 内 495-509 bp - 3492 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 46198180-46201533(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAACACCTTATCAAT
SmilChr02G005403 Chr02 NC_080388.1:74570255-74570269promoter 内 478-492 bp - 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 74573778-74575362(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCGGATAAGAAATTA
SmilChr01G005273 Chr01 NC_080387.1:70156957-70156971promoter 内 207-221 bp + 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 70160751-70163867(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTAACTCTTATCCTT
SmilChr01G001702 Chr01 NC_080387.1:31460132-31460146promoter 内 205-219 bp - 3782 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 31463928-31468910(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCGGATAAGAATTTA
SmilChr02G005151 Chr02 NC_080388.1:72890794-72890808promoter 内 6-20 bp + 3981 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 2 72886312-72886813(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAACGAAAAA
SmilChr01G005295 Chr01 NC_080387.1:70272480-70272494promoter 内 3960-3974 bp + 27 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 70272521-70273706(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTAACTCTTATCCTT
SmilChr02G005432 Chr02 NC_080388.1:74746909-74746923promoter 内 3916-3930 bp - 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 74742249-74746838(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGCATCCTTATCTGA
SmilChr02G004193 Chr02 NC_080388.1:64251636-64251650promoter 内 3772-3786 bp + 215 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 64251865-64253084(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCCACCTTATCATT
SmilChr02G004721 Chr02 NC_080388.1:69458949-69458963promoter 内 3722-3736 bp + 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 69458613-69458684(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGAAAAT
SmilChr02G001946 Chr02 NC_080388.1:35082816-35082830promoter 内 3713-3727 bp + 274 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 35080855-35082542(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGGTAGT
SmilChr03G002662 Chr03 NC_080389.1:42280400-42280414promoter 内 3652-3666 bp + 335 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 42280749-42283805(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACTACCCTTATCTTT
SmilChr03G002412 Chr03 NC_080389.1:38364713-38364727promoter 内 3536-3550 bp - 451 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 38361917-38364262(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCATCCCTATCCTC
SmilChr01G002697 Chr01 NC_080387.1:45233447-45233461promoter 内 3532-3546 bp - 455 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 45233916-45235474(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGGGAGGT
SmilChr03G001807 Chr03 NC_080389.1:24676526-24676540promoter 内 3416-3430 bp - 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 24675884-24675955(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCAGCCTTATCAAC
SmilChr02G002776 Chr02 NC_080388.1:47832419-47832433promoter 内 3415-3429 bp + 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 47833005-47834022(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACACTCTTATCCCC
SmilChr02G003666 Chr02 NC_080388.1:58053303-58053317promoter 内 3340-3354 bp - 647 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 58053964-58056539(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGATGCA
SmilChr02G005289 Chr02 NC_080388.1:73898157-73898171promoter 内 3318-3332 bp + 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 73895707-73897488(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACGGATAAGGAGCAA
SmilChr02G003106 Chr02 NC_080388.1:51983110-51983124promoter 内 3310-3324 bp - 677 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 51983801-52028202(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTGGAA
SmilChr03G002334 Chr03 NC_080389.1:36819999-36820013promoter 内 3277-3291 bp + 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 36817041-36819289(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGGTGCCT
SmilChr02G004122 Chr02 NC_080388.1:63494376-63494390promoter 内 3193-3207 bp - 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 63492296-63493582(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GACAGCCTTATCTCC
SmilChr01G000380 Chr01 NC_080387.1:7817957-7817971promoter 内 3139-3153 bp + 848 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 7818819-7822732(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTCCCCTTATCTAC
SmilChr01G000732 Chr01 NC_080387.1:16288923-16288937promoter 内 3112-3126 bp - 875 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 16287167-16288048(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCCACCTTATCTCT
SmilChr02G001244 Chr02 NC_080388.1:22831516-22831530promoter 内 3054-3068 bp - 933 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 22832463-22836275(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAAGTTT
SmilChr02G002706 Chr02 NC_080388.1:46912120-46912134promoter 内 3025-3039 bp - 962 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 46906815-46911158(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGTACCTTATCCGA
SmilChr01G004058 Chr01 NC_080387.1:59014389-59014403promoter 内 3011-3025 bp - 976 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 59015379-59015451(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTGATAAGGTGTTG
SmilChr02G004372 Chr02 NC_080388.1:66073389-66073403promoter 内 2963-2977 bp - 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 66071276-66072365(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATTACATTATCCTA
SmilChr03G001013 Chr03 NC_080389.1:11635063-11635077promoter 内 2947-2961 bp + 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 11636117-11637926(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGTCCTTATCTTA
SmilChr01G000913 Chr01 NC_080387.1:19344873-19344887promoter 内 2914-2928 bp - 1073 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 19345960-19346615(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGAGAAAA
SmilChr03G001377 Chr03 NC_080389.1:16301491-16301505promoter 内 2913-2927 bp + 1074 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 16302579-16304191(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCCCACCTTATCTCT
SmilChr01G000445 Chr01 NC_080387.1:9103030-9103044promoter 内 2777-2791 bp - 1210 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9098871-9101820(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTTGTCCTTATCACC
SmilChr02G000289 Chr02 NC_080388.1:3678907-3678921promoter 内 2765-2779 bp + 1222 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 3676633-3677685(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTGGAC
SmilChr02G000348 Chr02 NC_080388.1:4516590-4516604promoter 内 2763-2777 bp - 1224 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 4517828-4518880(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTGGAC
SmilChr02G002655 Chr02 NC_080388.1:45995977-45995991promoter 内 2692-2706 bp + 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 45993513-45994682(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGATAAGGTCAGC
SmilChr02G003337 Chr02 NC_080388.1:54600638-54600652promoter 内 2572-2586 bp - 1415 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 54602067-54605264(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGATAAGGAAAGA
SmilChr03G001263 Chr03 NC_080389.1:14602631-14602645promoter 内 2463-2477 bp + 1524 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 14598107-14601107(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAGATAAGGGAAGA
SmilChr03G000666 Chr03 NC_080389.1:7458279-7458293promoter 内 2429-2443 bp + 1558 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 7459851-7462643(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CATGAGCTTATCCAA
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SmilChr02G001765 Chr02 NC_080388.1:32392413-32392427promoter 内 2106-2120 bp + 1881 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 32384930-32390532(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGTGATAAGGACAAG
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SmilChr02G001995 Chr02 NC_080388.1:36055296-36055310promoter 内 1924-1938 bp - 2063 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 36051445-36053233(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTTTCCTTATCTCT
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SmilChr03G000812 Chr03 NC_080389.1:9295695-9295709promoter 内 1865-1879 bp - 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 9297831-9300286(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGATAAGGACGTG
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SmilChr01G001523 Chr01 NC_080387.1:29181035-29181049promoter 内 1807-1821 bp - 2180 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.2/ 100 1 29183229-29186252(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTGGATAAGACTTCA