转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004579; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010264-RA_Salv SmilChr01G004579 MYB XP_057787263.1 MP00132 CTTTTCCAACCACCTTTTC

可能结合的靶基因

9926 个结合位点 7583 个候选靶基因 第 66 / 152 下载 TSV

上一页 66 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001610 Chr03 NC_080389.1:20494936-20494954promoter 内 2136-2154 bp - 1847 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 20492099-20493089(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCACTACAACCACTACCCA
SmilChr05G000333 Chr05 NC_080391.1:2483055-2483073promoter 内 2127-2145 bp + 1856 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 2478314-2481199(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTGAGGTGGTTGTATGAA
SmilChr03G002753 Chr03 NC_080389.1:43754494-43754512promoter 内 2100-2118 bp - 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 43756395-43758734(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
SmilChr01G003887 Chr01 NC_080387.1:57191408-57191426promoter 内 2070-2088 bp + 1913 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 57188378-57189495(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ACAAAAGTGGTTGACTGGG
SmilChr03G003803 Chr03 NC_080389.1:57116736-57116754promoter 内 2049-2067 bp - 1934 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 57111623-57114802(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTCCCCCGACCACCTACTC
SmilChr05G000751 Chr05 NC_080391.1:5814425-5814443promoter 内 2048-2066 bp - 1935 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5811765-5812490(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CACACCCAACCACTGGCGG
SmilChr01G003141 Chr01 NC_080387.1:50245509-50245527promoter 内 2047-2065 bp + 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 50247463-50250725(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTCATCT
SmilChr05G001134 Chr05 NC_080391.1:9470419-9470437promoter 内 2004-2022 bp - 1979 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 9472416-9475494(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGTCGTTGGTTGGGGAGA
SmilChr03G002666 Chr03 NC_080389.1:42361333-42361351promoter 内 1971-1989 bp + 2012 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 42363363-42364288(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATTTACCAACCACCAATAT
SmilChr04G000029 Chr04 NC_080390.1:298812-298830promoter 内 1904-1922 bp - 2079 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 300909-302369(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGTAATTTGGTTGGGAGAG
SmilChr03G004741 Chr03 NC_080389.1:64544912-64544930promoter 内 1892-1910 bp + 2091 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 64539766-64542821(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GTTAGAGTAGTTGGAAGGT
SmilChr01G000318 Chr01 NC_080387.1:6170892-6170910promoter 内 1840-1858 bp + 2143 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 6173053-6173990(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTACCCCAACCACAAGAGG
SmilChr05G002832 Chr05 NC_080391.1:33653103-33653121promoter 内 1836-1854 bp + 2147 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 33646582-33650956(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
SmilChr03G002817 Chr03 NC_080389.1:44654837-44654855promoter 内 1831-1849 bp + 2152 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 44650403-44652685(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CGGTGGGTGGTTGTGGACT
SmilChr04G001217 Chr04 NC_080390.1:19000875-19000893promoter 内 1828-1846 bp - 2155 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 18996105-18998720(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTCATCT
SmilChr04G003663 Chr04 NC_080390.1:53091412-53091430promoter 内 1794-1812 bp + 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 53087306-53089223(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCCGTAGTGGTTGCAGAGG
SmilChr05G001276 Chr05 NC_080391.1:10915451-10915469promoter 内 1787-1805 bp + 2196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 10910348-10913255(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTGTGGTGGTTGGCATCT
SmilChr05G002308 Chr05 NC_080391.1:24929915-24929933promoter 内 1744-1762 bp + 2239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 24932172-24933743(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTCATCT
SmilChr05G001777 Chr05 NC_080391.1:17478537-17478555promoter 内 1731-1749 bp + 2252 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 17475644-17476285(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGAGTGTGGTTGGTGCGT
SmilChr04G001957 Chr04 NC_080390.1:31765554-31765572promoter 内 1670-1688 bp - 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 31767885-31769396(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TCAAAGGTGGTTGATAGAA
SmilChr03G000175 Chr03 NC_080389.1:1899547-1899565promoter 内 1609-1627 bp - 2374 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 1901939-1903356(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTTGAGTGGTTGGAGGCT
SmilChr01G000616 Chr01 NC_080387.1:13580374-13580392promoter 内 1573-1591 bp - 2410 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 13577044-13577964(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTCATCT
SmilChr04G001278 Chr04 NC_080390.1:20371457-20371475promoter 内 1547-1565 bp - 2436 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 20363576-20369021(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTCATCT
SmilChr04G003107 Chr04 NC_080390.1:47634313-47634331promoter 内 1492-1510 bp + 2491 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 47627519-47631822(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGTTGGGTGGTTGGTGAGC
SmilChr03G000476 Chr03 NC_080389.1:5050394-5050412promoter 内 1480-1498 bp + 2503 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5047238-5047891(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GGGGAGGTGGTGGGGTTGG
SmilChr03G001496 Chr03 NC_080389.1:18256390-18256408promoter 内 1372-1390 bp + 2611 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 18253381-18253779(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CTTGAGGTGGTTGTGCAGT
SmilChr03G004060 Chr03 NC_080389.1:59545325-59545343promoter 内 1360-1378 bp - 2623 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 59547966-59550566(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGGGAAGTGGTTGGTTTCA
SmilChr04G000506 Chr04 NC_080390.1:5521099-5521117promoter 内 1346-1364 bp + 2637 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 5516429-5518462(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
SmilChr04G001715 Chr04 NC_080390.1:28359631-28359649promoter 内 1341-1359 bp + 2642 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 28362291-28365900(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGTATCAACCACCACTCT
SmilChr04G000311 Chr04 NC_080390.1:2858408-2858426promoter 内 1243-1261 bp + 2740 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 2861166-2861804(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CAATCTCAACCACTCATCT
SmilChr04G002105 Chr04 NC_080390.1:33995549-33995567promoter 内 1243-1261 bp - 2740 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 33998307-34003165(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATGCAAGTGGTTGGTAGGT
SmilChr01G004040 Chr01 NC_080387.1:58817441-58817459promoter 内 1215-1233 bp + 2768 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 58820227-58822393(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCAACCCAACCACACTCAT
SmilChr02G004510 Chr02 NC_080388.1:67623521-67623539promoter 内 1127-1145 bp - 2856 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 67626395-67631109(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTCTTAGTGGTTGGGATTG
SmilChr01G000897 Chr01 NC_080387.1:19053682-19053700promoter 内 1034-1052 bp - 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 19056649-19058109(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 GAGACGGTGGTTGGTTCCA
SmilChr01G005202 Chr01 NC_080387.1:69697499-69697517promoter 内 1022-1040 bp + 2961 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 69693884-69694538(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
SmilChr02G004014 Chr02 NC_080388.1:62449826-62449844promoter 内 994-1012 bp + 2989 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 62444752-62446837(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG
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SmilChr03G000426 Chr03 NC_080389.1:4651520-4651538promoter 内 744-762 bp + 3239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 4646667-4648281(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 CCTTGAGTGGTTGGAGGCT
SmilChr01G001557 Chr01 NC_080387.1:29589933-29589951promoter 内 740-758 bp + 3243 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 29593194-29595995(+) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTTTGCCAACCACTGTACC
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SmilChr02G004000 Chr02 NC_080388.1:62347374-62347392promoter 内 641-659 bp + 3342 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 62339553-62344032(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 TTGGAGATGGTTGGAGGGA
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SmilChr04G002846 Chr04 NC_080390.1:44582066-44582084promoter 内 554-572 bp + 3429 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 44578040-44578637(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 ATATTTGTGGTTGAGGCTG
SmilChr04G002656 Chr04 NC_080390.1:41969060-41969078promoter 内 544-562 bp + 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 41963246-41965621(-) SMil_00010264-RA_Salv MP00132 AGATGAGTGGTTGAGATTG