转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB XP_057794421.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 66 / 160 下载 TSV

上一页 66 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002595 Chr04 NC_080390.1:41381052-41381062promoter 内 2897-2907 bp - 1094 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 41378180-41379958(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCCTA
SmilChr05G001889 Chr05 NC_080391.1:19192203-19192213promoter 内 2895-2905 bp + 1096 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 19193309-19202492(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCCAA
SmilChr06G002358 Chr06 NC_080392.1:34382505-34382515promoter 内 2847-2857 bp + 1144 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 34376447-34381361(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCTAACGGTTA
SmilChr08G000512 Chr08 NC_080394.1:3731343-3731353promoter 内 2821-2831 bp + 1170 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 3732523-3733484(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTAGA
SmilChr06G001780 Chr06 NC_080392.1:20823825-20823835promoter 内 2793-2803 bp + 1198 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 20825033-20829097(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGCT
SmilChr08G000087 Chr08 NC_080394.1:501639-501649promoter 内 2790-2800 bp + 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 502850-505776(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTACCT
SmilChr05G003531 Chr05 NC_080391.1:47184234-47184244promoter 内 2691-2701 bp + 1300 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 47176137-47182934(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGCTACGGTTA
SmilChr07G003407 Chr07 NC_080393.1:37003752-37003762promoter 内 2684-2694 bp + 1307 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 37005069-37006744(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCCAA
SmilChr05G000402 Chr05 NC_080391.1:3039334-3039344promoter 内 2559-2569 bp - 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 3034937-3037902(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTAGA
SmilChr04G003053 Chr04 NC_080390.1:47099534-47099544promoter 内 2553-2563 bp + 1438 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 47100982-47101959(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTAGA
SmilChr05G002401 Chr05 NC_080391.1:26505194-26505204promoter 内 2519-2529 bp + 1472 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 26506676-26509653(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGCT
SmilChr03G002036 Chr03 NC_080389.1:30719811-30719821promoter 内 2517-2527 bp - 1474 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 30721295-30721639(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCTAACGGTTA
SmilChr06G002506 Chr06 NC_080392.1:35938803-35938813promoter 内 2451-2461 bp - 1540 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 35936050-35937263(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTACG
SmilChr04G000045 Chr04 NC_080390.1:423131-423141promoter 内 2402-2412 bp - 1589 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 419699-421542(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGAA
SmilChr02G003078 Chr02 NC_080388.1:51711271-51711281promoter 内 2384-2394 bp - 1607 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 51712888-51716962(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGCTACGGTTA
SmilChr05G003532 Chr05 NC_080391.1:47184234-47184244promoter 内 2363-2373 bp + 1628 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 47185872-47186684(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGCT
SmilChr01G005269 Chr01 NC_080387.1:70126113-70126123promoter 内 2328-2338 bp + 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 70127786-70128712(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTAGA
SmilChr06G002058 Chr06 NC_080392.1:27097433-27097443promoter 内 2293-2303 bp + 1698 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 27099141-27101398(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCCTA
SmilChr03G000389 Chr03 NC_080389.1:4300236-4300246promoter 内 2291-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 4297428-4298536(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTCTACGGTTA
SmilChr01G002941 Chr01 NC_080387.1:48188085-48188095promoter 内 2250-2260 bp - 1741 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 48189836-48193856(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTGGACGGTTA
SmilChr02G003071 Chr02 NC_080388.1:51567450-51567460promoter 内 2227-2237 bp + 1764 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 51561803-51565686(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTCTACGGTTA
SmilChr02G001055 Chr02 NC_080388.1:18817944-18817954promoter 内 2103-2113 bp + 1888 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 18819842-18819997(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGTA
SmilChr02G001058 Chr02 NC_080388.1:18826005-18826015promoter 内 2102-2112 bp + 1889 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 18827904-18828059(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGTA
SmilChr03G004336 Chr03 NC_080389.1:61705792-61705802promoter 内 2085-2095 bp - 1906 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 61697804-61703886(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGTA
SmilChr05G002675 Chr05 NC_080391.1:30231470-30231480promoter 内 2034-2044 bp + 1957 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 30225388-30229513(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCTAACGGTTA
SmilChr07G000991 Chr07 NC_080393.1:7215427-7215437promoter 内 1938-1948 bp + 2053 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 7217490-7217561(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCCTA
SmilChr07G002990 Chr07 NC_080393.1:30511485-30511495promoter 内 1937-1947 bp + 2054 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 30508547-30509431(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CGTAACGGTTA
SmilChr04G002674 Chr04 NC_080390.1:42158095-42158105promoter 内 1874-1884 bp - 2117 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 42154381-42155978(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGCT
SmilChr07G001547 Chr07 NC_080393.1:12567010-12567020promoter 内 1829-1839 bp + 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 12569182-12580651(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGAA
SmilChr06G002531 Chr06 NC_080392.1:36321281-36321291promoter 内 1820-1830 bp + 2171 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 36316587-36319110(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTGGACGGTTA
SmilChr06G000784 Chr06 NC_080392.1:7351866-7351876promoter 内 1802-1812 bp - 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 7348467-7349677(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGCT
SmilChr01G002984 Chr01 NC_080387.1:48769388-48769398promoter 内 1799-1809 bp + 2192 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 48764304-48767196(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CGTAACGGTTA
SmilChr05G003792 Chr05 NC_080391.1:51264238-51264248promoter 内 1747-1757 bp + 2244 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 51258290-51261994(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CGTAACGGTTA
SmilChr02G001056 Chr02 NC_080388.1:18817944-18817954promoter 内 1719-1729 bp + 2272 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 18820226-18823614(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTAGTA
SmilChr04G001998 Chr04 NC_080390.1:32337449-32337459promoter 内 1668-1678 bp + 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 32335047-32335126(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTCTACGGTTA
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