转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 66 / 138 下载 TSV

上一页 66 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001255 Chr01 NC_080387.1:25190514-25190527promoter 内 1978-1991 bp + 2010 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 25192537-25198619(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTGGTTAGGTTGAC
SmilChr03G001472 Chr03 NC_080389.1:17564025-17564038promoter 内 1954-1967 bp + 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 17560909-17561991(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCATACCTACTACT
SmilChr02G003086 Chr02 NC_080388.1:51752142-51752155promoter 内 1814-1827 bp + 2174 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 51754329-51754979(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCGGTTAGGTAATG
SmilChr02G005065 Chr02 NC_080388.1:72327229-72327242promoter 内 1793-1806 bp - 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 72329437-72330275(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAACACCTAACCTA
SmilChr02G004773 Chr02 NC_080388.1:69893772-69893785promoter 内 1748-1761 bp + 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 69896025-69902499(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATGTTAGGTCGCC
SmilChr02G005182 Chr02 NC_080388.1:73115066-73115079promoter 内 1746-1759 bp - 2242 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 73110085-73112824(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCGGTTAGGTGGAT
SmilChr02G003623 Chr02 NC_080388.1:57528669-57528682promoter 内 1727-1740 bp + 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 57530943-57535126(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTCGGTAGGTATAA
SmilChr03G001018 Chr03 NC_080389.1:11708749-11708762promoter 内 1712-1725 bp + 2276 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 11711038-11712571(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATGTTAGGTTGTG
SmilChr01G004017 Chr01 NC_080387.1:58557899-58557912promoter 内 1554-1567 bp - 2434 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 58560346-58570392(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAGGACCTAACACA
SmilChr02G002987 Chr02 NC_080388.1:50500881-50500894promoter 内 1554-1567 bp + 2434 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 50503328-50506990(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGCGTTAGGTAGAT
SmilChr02G004300 Chr02 NC_080388.1:65378191-65378204promoter 内 1529-1542 bp - 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 65373806-65375732(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCTGTTAGGTAGTA
SmilChr01G005038 Chr01 NC_080387.1:68333739-68333752promoter 内 1468-1481 bp + 2520 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 68327239-68331219(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTATACCTAATTAC
SmilChr03G000924 Chr03 NC_080389.1:10573829-10573842promoter 内 1450-1463 bp + 2538 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 10576380-10579464(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCTGTTAGGTAGTA
SmilChr01G004516 Chr01 NC_080387.1:63290330-63290343promoter 内 1432-1445 bp - 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 63281065-63287774(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTATTAGGTAAAA
SmilChr01G000406 Chr01 NC_080387.1:8242980-8242993promoter 内 1429-1442 bp + 2559 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 8245552-8246573(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCGGTTAGGTAATA
SmilChr01G002015 Chr01 NC_080387.1:35718827-35718840promoter 内 1422-1435 bp - 2566 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 35712868-35716261(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CATATTAGGTATAG
SmilChr02G000262 Chr02 NC_080388.1:3414265-3414278promoter 内 1399-1412 bp + 2589 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3409681-3411676(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAACACCTAACTAA
SmilChr03G001306 Chr03 NC_080389.1:15321067-15321080promoter 内 1379-1392 bp - 2609 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 15309028-15318458(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAGGTTAGGTTTTA
SmilChr01G005823 Chr01 NC_080387.1:74238430-74238443promoter 内 1317-1330 bp + 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 74231108-74235759(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTGTACCTAAATTT
SmilChr02G002190 Chr02 NC_080388.1:39085776-39085789promoter 内 1208-1221 bp + 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 39088569-39089832(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GTGATTAGGTATAA
SmilChr01G005438 Chr01 NC_080387.1:71516750-71516763promoter 内 1165-1178 bp + 2823 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 71509433-71513927(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAAAACCTAACTAA
SmilChr01G000405 Chr01 NC_080387.1:8242980-8242993promoter 内 1128-1141 bp + 2860 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 8237862-8240120(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATTACCTAACCGA
SmilChr02G001645 Chr02 NC_080388.1:30521958-30521971promoter 内 1115-1128 bp - 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 30524844-30526432(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TACCACCTAACTAC
SmilChr01G000063 Chr01 NC_080387.1:1054650-1054663promoter 内 1041-1054 bp - 2947 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 1048335-1051703(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATGGTTAGGTGGTG
SmilChr02G002625 Chr02 NC_080388.1:45598950-45598963promoter 内 1002-1015 bp - 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 45591927-45595964(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATAGTTAGGCATCA
SmilChr01G006073 Chr01 NC_080387.1:76163854-76163867promoter 内 995-1008 bp - 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 76166860-76175433(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAAAACCTAACTCA
SmilChr02G001168 Chr02 NC_080388.1:21448194-21448207promoter 内 945-958 bp + 3043 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 21441617-21445151(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAATACCTAACAAA
SmilChr01G000476 Chr01 NC_080387.1:9704596-9704609promoter 内 742-755 bp + 3246 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 9707855-9708570(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAGGTTAGGTTTTA
SmilChr02G005302 Chr02 NC_080388.1:73964125-73964138promoter 内 701-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 73967425-73968899(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTAATTAGGTAAAC
SmilChr02G005598 Chr02 NC_080388.1:75712941-75712954promoter 内 692-705 bp + 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 75708951-75709645(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATGGACCTAACGTT
SmilChr01G004168 Chr01 NC_080387.1:60179533-60179546promoter 内 672-685 bp + 3316 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 60182862-60184442(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATGTTAGGTTGTG
SmilChr01G000367 Chr01 NC_080387.1:7613327-7613340promoter 内 667-680 bp + 3321 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 7609473-7610006(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TATGACCTAACCTA
SmilChr01G000202 Chr01 NC_080387.1:3478409-3478422promoter 内 602-615 bp - 3386 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 3470653-3475023(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GAAGTTAGGCTTGA
SmilChr02G002517 Chr02 NC_080388.1:43671199-43671212promoter 内 489-502 bp + 3499 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 43661535-43667700(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTAACCTAACAAA
SmilChr02G002626 Chr02 NC_080388.1:45598950-45598963promoter 内 451-464 bp - 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 45602500-45611229(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGATGCCTAACTAT
SmilChr02G001496 Chr02 NC_080388.1:27905720-27905733promoter 内 408-421 bp + 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 27900496-27902140(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAGCACCTAACCTA
SmilChr02G004548 Chr02 NC_080388.1:68031673-68031686promoter 内 337-350 bp - 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.6/ 100 1 68021422-68028022(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGAGTTAGGTGGTA
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