转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004313; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006423-RA_Salv SmilChr01G004313 bHLH XP_057783598.1 MP00308 AGCAACTTGCA

可能结合的靶基因

9826 个结合位点 6805 个候选靶基因 第 68 / 137 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002757 Chr02 NC_080388.1:47608609-47608619promoter 内 315-325 bp - 3676 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47612295-47615093(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TACAAGTTGAA
SmilChr03G002316 Chr03 NC_080389.1:36504117-36504127promoter 内 312-322 bp - 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 36497568-36500438(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAACTTGGA
SmilChr02G004253 Chr02 NC_080388.1:64702758-64702768promoter 内 304-314 bp + 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 64706455-64712404(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGGA
SmilChr01G005403 Chr01 NC_080387.1:71292149-71292159promoter 内 302-312 bp - 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71295848-71297322(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGAT
SmilChr03G000015 Chr03 NC_080389.1:146356-146366promoter 内 290-300 bp - 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 150067-153412(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAAGTTGTT
SmilChr03G003094 Chr03 NC_080389.1:47966758-47966768promoter 内 289-299 bp - 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47958809-47963056(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAACTTGTA
SmilChr02G004606 Chr02 NC_080388.1:68567262-68567272promoter 内 277-287 bp - 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 68561984-68563548(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TTCAACTTGGC
SmilChr02G000079 Chr02 NC_080388.1:1039814-1039824promoter 内 271-281 bp + 3720 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 1032482-1036094(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGAT
SmilChr01G004749 Chr01 NC_080387.1:65657590-65657600promoter 内 204-214 bp + 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 65661387-65669695(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGGA
SmilChr01G003649 Chr01 NC_080387.1:54963525-54963535promoter 内 175-185 bp + 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 54957857-54959709(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TACAAGTTGAA
SmilChr02G000133 Chr02 NC_080388.1:1840023-1840033promoter 内 137-147 bp - 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 1825850-1836169(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ATCAACTTGGA
SmilChr02G005156 Chr02 NC_080388.1:72927122-72927132promoter 内 132-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 72920166-72923263(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAACTTGTC
SmilChr01G003478 Chr01 NC_080387.1:53335613-53335623promoter 内 109-119 bp - 3882 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 53339505-53343594(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGAT
SmilChr02G003496 Chr02 NC_080388.1:56203223-56203233promoter 内 104-114 bp + 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 56185346-56199336(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGGA
SmilChr03G001460 Chr03 NC_080389.1:17448640-17448650promoter 内 104-114 bp + 3887 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 17442779-17444753(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TACAAGTTGAA
SmilChr03G003083 Chr03 NC_080389.1:47882345-47882355promoter 内 92-102 bp + 3899 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 47877677-47878446(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TACAAGTTGAA
SmilChr01G000823 Chr01 NC_080387.1:17764676-17764686promoter 内 50-60 bp + 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 17759797-17760735(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGAT
SmilChr02G002808 Chr02 NC_080388.1:48135543-48135553promoter 内 34-44 bp - 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 48139510-48141224(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGAT
SmilChr01G001523 Chr01 NC_080387.1:29179253-29179263promoter 内 25-35 bp - 3966 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 29183229-29186252(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TACAAGTTGAA
SmilChr02G005022 Chr02 NC_080388.1:71983863-71983873promoter 内 23-33 bp + 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.2/ 100 1 71978069-71979895(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGAT
SmilChr01G005722 Chr01 NC_080387.1:73394277-73394287promoter 内 2539-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 4 73389969-73392825(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGTT
SmilChr02G005406 Chr02 NC_080388.1:74587907-74587917promoter 内 3219-3229 bp + 772 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 74584570-74587135(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGAC
SmilChr03G001950 Chr03 NC_080389.1:27818375-27818385promoter 内 991-1001 bp - 3000 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 27821385-27823583(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAAGTTGGG
SmilChr01G000036 Chr01 NC_080387.1:587656-587666promoter 内 78-88 bp - 3913 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 3 582624-583743(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGTT
SmilChr02G000420 Chr02 NC_080388.1:5324887-5324897promoter 内 3879-3889 bp + 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 5325009-5328111(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGTT
SmilChr03G001071 Chr03 NC_080389.1:12423341-12423351promoter 内 3710-3720 bp + 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 12423632-12425057(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGTT
SmilChr03G000687 Chr03 NC_080389.1:7678377-7678387promoter 内 2884-2894 bp + 1107 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 7679494-7680619(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GACAACTTGGA
SmilChr02G002255 Chr02 NC_080388.1:39980735-39980745promoter 内 2794-2804 bp - 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 39981942-39983388(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 ACCAAGTTGGC
SmilChr03G000282 Chr03 NC_080389.1:3238266-3238276promoter 内 2762-2772 bp - 1229 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 3207949-3237037(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGTT
SmilChr03G000094 Chr03 NC_080389.1:1054249-1054259promoter 内 2699-2709 bp - 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 1041581-1052957(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGTT
SmilChr03G002789 Chr03 NC_080389.1:44397311-44397321promoter 内 2322-2332 bp + 1669 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 44398990-44400916(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGTT
SmilChr03G001938 Chr03 NC_080389.1:27516183-27516193promoter 内 2316-2326 bp + 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 27517868-27523585(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GTCAACTTGTT
SmilChr01G000755 Chr01 NC_080387.1:16621539-16621549promoter 内 2149-2159 bp + 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 16623391-16625864(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGGT
SmilChr01G000799 Chr01 NC_080387.1:17283006-17283016promoter 内 1992-2002 bp - 1999 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 17278698-17281007(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 GCCAACTTGGT
SmilChr01G003993 Chr01 NC_080387.1:58357835-58357845promoter 内 1728-1738 bp - 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 58360108-58362362(+) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 TCCAAGTTGTC
SmilChr03G001361 Chr03 NC_080389.1:15976731-15976741promoter 内 1346-1356 bp + 2645 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.1/ 100 2 15973052-15974086(-) SMil_00006423-RA_Salv MP00308 AACAAGTTGAC
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