转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 68 / 137 下载 TSV

上一页 68 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G002531 Chr06 NC_080392.1:36321563-36321577promoter 内 1534-1548 bp - 2453 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 36316587-36319110(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCAACTTA
SmilChr05G001510 Chr05 NC_080391.1:13857068-13857082promoter 内 1431-1445 bp - 2556 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 13852314-13854512(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCATATTT
SmilChr02G005233 Chr02 NC_080388.1:73536946-73536960promoter 内 1000-1014 bp - 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 73532384-73533959(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGCGTCC
SmilChr04G003117 Chr04 NC_080390.1:47724750-47724764promoter 内 646-660 bp + 3341 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 47728105-47731383(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCATATTT
SmilChr03G001202 Chr03 NC_080389.1:13858277-13858291promoter 内 253-267 bp + 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 13862025-13862894(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCATATTT
SmilChr01G004509 Chr01 NC_080387.1:63175273-63175287promoter 内 232-246 bp + 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 2 63179042-63182578(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCTTCCAC
SmilChr07G000055 Chr07 NC_080393.1:240510-240524promoter 内 3954-3968 bp + 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 240557-241082(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCGGAACA
SmilChr01G004088 Chr01 NC_080387.1:59287592-59287606promoter 内 3878-3892 bp + 109 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 59287715-59289915(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTAACCCGG
SmilChr04G003671 Chr04 NC_080390.1:53167263-53167277promoter 内 3860-3874 bp - 127 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53167404-53170482(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTCGACACGTGGCA
SmilChr04G001013 Chr04 NC_080390.1:14124979-14124993promoter 内 3855-3869 bp - 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 14125125-14125916(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTATCTGACGTGTCG
SmilChr01G003610 Chr01 NC_080387.1:54652245-54652259promoter 内 3827-3841 bp - 160 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54652419-54653295(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGAGTTTACGTGGCA
SmilChr05G001113 Chr05 NC_080391.1:9283256-9283270promoter 内 3788-3802 bp + 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 9282220-9283057(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGAGTTTACGTGGCA
SmilChr04G001000 Chr04 NC_080390.1:13890200-13890214promoter 内 3774-3788 bp - 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 13890427-13890912(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTATCTGACGTGTCG
SmilChr02G003885 Chr02 NC_080388.1:60917194-60917208promoter 内 3722-3736 bp + 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 60917473-60924780(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAGATAG
SmilChr04G002701 Chr04 NC_080390.1:42515296-42515310promoter 内 3714-3728 bp - 273 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 42515583-42517194(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTAGTGACGTGGCC
SmilChr04G002662 Chr04 NC_080390.1:42024399-42024413promoter 内 3676-3690 bp - 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 42023639-42024088(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCTGTGCC
SmilChr07G001591 Chr07 NC_080393.1:13201349-13201363promoter 内 3618-3632 bp - 369 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 13201732-13202447(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGAGTTTACGTGGCA
SmilChr03G003002 Chr03 NC_080389.1:46870137-46870151promoter 内 3604-3618 bp + 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 46870534-46874631(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCACATAA
SmilChr02G001958 Chr02 NC_080388.1:35342878-35342892promoter 内 3447-3461 bp + 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 35343432-35344730(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCAGCT
SmilChr04G002484 Chr04 NC_080390.1:39672410-39672424promoter 内 3413-3427 bp - 574 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 39670015-39671836(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCAGTTTC
SmilChr03G004465 Chr03 NC_080389.1:62720028-62720042promoter 内 3379-3393 bp + 608 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 62715292-62719420(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGAAGACGTGGAA
SmilChr08G004448 Chr08 NC_080394.1:54209319-54209333promoter 内 3172-3186 bp - 815 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 54206478-54208504(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCATATTT
SmilChr07G001989 Chr07 NC_080393.1:17548182-17548196promoter 内 3145-3159 bp + 842 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 17549038-17550004(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTGTTCCAC
SmilChr05G002898 Chr05 NC_080391.1:34796165-34796179promoter 内 2999-3013 bp + 988 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 34797167-34797272(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATCCACGTCAGCTCT
SmilChr08G002024 Chr08 NC_080394.1:18049569-18049583promoter 内 2992-3006 bp - 995 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 18050578-18054065(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCTGTGACGTGGCC
SmilChr05G004320 Chr05 NC_080391.1:56860314-56860328promoter 内 2959-2973 bp + 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 56856445-56859286(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TAACACGACGTGGCA
SmilChr07G002952 Chr07 NC_080393.1:29937661-29937675promoter 内 2953-2967 bp + 1034 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 29928157-29936627(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATATTTGACGTGGCG
SmilChr07G002970 Chr07 NC_080393.1:30222748-30222762promoter 内 2910-2924 bp + 1077 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 30209884-30221671(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATATTTGACGTGGCG
SmilChr08G003361 Chr08 NC_080394.1:35031725-35031739promoter 内 2873-2887 bp + 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 35032853-35033776(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCTGTGCC
SmilChr01G000320 Chr01 NC_080387.1:6291843-6291857promoter 内 2818-2832 bp - 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6293026-6293592(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTTGACGTGGAG
SmilChr01G000321 Chr01 NC_080387.1:6296927-6296941promoter 内 2818-2832 bp - 1169 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 6298110-6298676(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGTGTTGACGTGGAG
SmilChr04G000074 Chr04 NC_080390.1:690560-690574promoter 内 2689-2703 bp + 1298 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 691872-693812(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGGGTAGT
SmilChr04G003686 Chr04 NC_080390.1:53273951-53273965promoter 内 2661-2675 bp + 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 53271866-53272625(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCTCTTACGTGGCA
SmilChr02G005404 Chr02 NC_080388.1:74575047-74575061promoter 内 2656-2670 bp - 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 74576392-74579080(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTTATCACGTGGCC
SmilChr07G000054 Chr07 NC_080393.1:240510-240524promoter 内 2598-2612 bp + 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 236810-239121(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGTTCCGACGTGGAG
SmilChr05G002624 Chr05 NC_080391.1:29584201-29584215promoter 内 2555-2569 bp + 1432 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.9/ 100 1 29585647-29590303(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCATATTT
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